| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,508,682 | T→A | 15.6% | pseudogene (261/267 nt) | insM ← | pseudogene, IS600 transposase;IS, phage, Tn; Transposon‑related functions; extrachromosomal; transposon related |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,508,682 | 0 | T | A | 15.6% | 274.2 / 38.6 | 109 | pseudogene (261/267 nt) | insM | pseudogene, IS600 transposase;IS, phage, Tn; Transposon‑related functions; extrachromosomal; transposon related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/48); new base A (6/11); total (50/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGG > NC_000913/4508585‑4508780 | ggCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGc > 2:2269228/1‑100 (MQ=32) gCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCt > 1:2509777/1‑100 (MQ=33) cTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCtt < 1:1377379/100‑1 (MQ=35) ttttCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCtttt > 2:949035/1‑100 (MQ=38) ttCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCtttttt < 1:102135/100‑1 (MQ=38) tCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCttttttt < 1:2361726/100‑1 (MQ=38) ctctGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTaa > 2:881879/1‑100 (MQ=38) tctGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAat < 2:1244448/100‑1 (MQ=38) tctGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAat < 1:224174/100‑1 (MQ=38) tatgctgTAAATGTTCGTATCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTa < 1:2015326/96‑1 (MQ=255) ctgTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTAGCTTTTTTTAatatat > 2:2264163/1‑100 (MQ=14) ctgTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAAACCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGACTCTACAGTTGCTTTTTTTAatatat > 1:2555156/1‑100 (MQ=255) tgTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAtc > 1:916190/1‑100 (MQ=40) tgTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATAtc > 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aaTGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGc < 2:822369/100‑1 (MQ=255) aaTGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGc < 1:1647067/100‑1 (MQ=255) aaTGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACAAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGc < 2:1100842/100‑1 (MQ=255) gTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCa < 2:2572074/100‑1 (MQ=255) ttCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCaa > 1:633378/1‑100 (MQ=255) tCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAg < 2:2041177/100‑1 (MQ=255) cGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAg < 2:585324/99‑1 (MQ=255) tctcATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCg > 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aTTCAAAAAACCGCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCGAGCt > 2:1699304/1‑100 (MQ=255) ttCAAAAATCCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGGTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTAGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCGAGCt < 2:2098699/99‑1 (MQ=255) ttCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCGAGCtt < 2:916193/100‑1 (MQ=255) cAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCGAGCTTCa < 2:1687012/100‑1 (MQ=255) cAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCGAGCTTCa > 1:2587698/1‑100 (MQ=255) aaaaaaCCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCGAGCTTCAt < 1:566472/100‑1 (MQ=255) aaaaaaCCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCGAGCTTCAt > 2:2572594/1‑100 (MQ=255) aaaaaaCCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCGAGCTTCAt > 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aGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCGAGTTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCa > 2:2065884/1‑100 (MQ=255) ttGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAgg < 1:358561/100‑1 (MQ=255) tGCTTTTTTTTTTTTTTTTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGTCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGttttt > 1:1953041/1‑87 (MQ=255) tGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCACAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAgg > 1:625892/1‑99 (MQ=255) | GGCTTTTTCCTCTGCTGTAAATGTTCGTCTCATTCAAAAAACCTCCGCAACCCCATGTTTTCACATAACTGTTGCGTTGACCAATTGAATCTACAGTTGCTTTTTTTAATATATCTCGCTCAAGGCGAGCTTCATTTAACGCCTTACGCAGTTGCAGAATTTCAGATTCCAGTTCAGCCACCGTGCGGGAACCAGG > NC_000913/4508585‑4508780 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |