| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 755,958 | G→A | 78.8% | A18T (GCA→ACA) | sdhA → | succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 755,958 | 0 | G | A | 78.8% | 166.7 / 40.2 | 89 | A18T (GCA→ACA) | sdhA | succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/10); new base A (39/30); total (49/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCGCAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATACCGTTTCTGCGC > NC_000913/755859‑756054 | aCTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGgcg > 2:728615/1‑100 (MQ=255) ggtggtTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAg > 2:1434581/1‑100 (MQ=255) ggtggtTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAg > 2:1459386/1‑100 (MQ=255) ggtggtTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAg > 2:1680529/1‑100 (MQ=255) gtggtTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAgg < 2:912360/100‑1 (MQ=255) ggtTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTa > 1:708113/1‑100 (MQ=255) ggtTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTa > 2:1948863/1‑100 (MQ=255) ggtTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTAGTGCCGGTGGCACAGGTa > 1:2299930/1‑100 (MQ=255) gtTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCGCAGGTAt < 2:2243760/100‑1 (MQ=255) tttACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCGCAGGTa < 1:1572755/98‑1 (MQ=255) tttACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATg > 1:2506302/1‑100 (MQ=255) tttACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATg > 2:1513910/1‑100 (MQ=255) tttACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGACAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATg < 1:935606/100‑1 (MQ=255) cGTGATGTATGGATTCGTTGTGGAGTGGGTTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGTGCAAGTATgcgcg > 1:1827473/1‑100 (MQ=255) tGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGcgcgcg > 1:9777/1‑100 (MQ=255) gATTTATCGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCgcgg > 2:1355125/1‑100 (MQ=255) aTTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCGCAGGTATGCGCgcggc > 2:1137145/1‑100 (MQ=255) tttATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCgcggcg > 2:413197/1‑100 (MQ=255) aTGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTg < 2:228206/100‑1 (MQ=255) aTGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTg < 1:1513901/100‑1 (MQ=255) aTGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTg > 2:1640955/1‑100 (MQ=255) 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1:1050308/100‑1 (MQ=255) tggtgtggGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCag > 2:739081/1‑100 (MQ=255) tggtgtggGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCag < 1:2568820/100‑1 (MQ=255) tggtgtggGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCag < 1:1656905/100‑1 (MQ=255) ggtgtggGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCGCAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCaga > 2:2360726/1‑100 (MQ=255) ggtgtggGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCaga > 1:336459/1‑100 (MQ=255) ggtgtggGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCaga > 2:1733492/1‑100 (MQ=255) tggGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCgg < 2:1663953/100‑1 (MQ=255) gggTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGcc < 1:1653027/100‑1 (MQ=255) gggTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGcc > 2:2297346/1‑100 (MQ=255) ggTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCGCAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCa > 1:46410/1‑100 (MQ=255) tgtgtgATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGa < 2:296086/100‑1 (MQ=255) gtgtgATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCGCAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGAc < 2:2421288/100‑1 (MQ=255) tgtgATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCGCAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGAcc < 2:145444/100‑1 (MQ=255) tgtgATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGAcc < 2:537579/100‑1 (MQ=255) tgtgATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGAcc > 2:802979/1‑100 (MQ=255) tgtgATGAAACTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCGCAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGAcc < 2:1961831/100‑1 (MQ=255) tgatgaAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCtg > 2:53976/1‑100 (MQ=255) gatgaAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCtgt > 2:1179094/1‑100 (MQ=255) gatgaAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCtgt > 2:1179696/1‑100 (MQ=255) gatgaAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCtgt > 1:1042843/1‑100 (MQ=255) atgaAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCtgtg > 1:319874/1‑100 (MQ=255) tgaAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTgc > 1:433124/1‑100 (MQ=255) tgaAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTgc < 1:1062343/100‑1 (MQ=255) tgaAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTgc > 2:1969281/1‑100 (MQ=255) aaaTTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCCCAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTgcgc > 2:715097/1‑100 (MQ=255) aaTTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCgct < 2:1349960/100‑1 (MQ=255) ttGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCgctgc < 2:1114675/100‑1 (MQ=255) ttGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCgctg < 1:2547289/99‑1 (MQ=255) gcctgTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGctc < 2:1028605/96‑1 (MQ=255) cAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGctctc > 1:2377895/1‑100 (MQ=255) gTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGTTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGctctcca < 2:1754396/100‑3 (MQ=255) tCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTaa < 1:1224292/100‑1 (MQ=255) cAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCGCAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTaaa > 2:230880/1‑100 (MQ=255) cAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTaaa < 1:1754826/100‑1 (MQ=255) agagAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAg < 2:2472212/100‑1 (MQ=255) agagAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAg < 2:1420474/100‑1 (MQ=255) gagaATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCGCAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGt > 2:1518627/1‑100 (MQ=255) agaATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTc < 1:1160640/100‑1 (MQ=255) aaTTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCtt > 2:1999834/1‑100 (MQ=255) tttGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTcc < 1:1733483/100‑1 (MQ=255) tttGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTcc < 1:1999823/100‑1 (MQ=255) aTGCAGTTGTGTTTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGAc > 1:234726/1‑100 (MQ=255) cAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCg > 2:584634/1‑100 (MQ=255) cAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCg > 2:967859/1‑100 (MQ=255) aGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGGCCCGt > 2:1614842/1‑100 (MQ=255) gtgATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTccc > 2:1432246/1‑100 (MQ=255) gtgATTGGTGCCGGTGGCACAGGTAGGCGCGCGACGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTccc < 1:1540182/100‑1 (MQ=255) tgATTGGTGCCGGTGGCGCAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCa < 2:1286186/100‑1 (MQ=255) tgATTGGTGCCGGTGGCGCAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCa > 2:717304/1‑100 (MQ=255) gATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCAt > 2:2210892/1‑100 (MQ=255) aTTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATa > 1:742658/1‑100 (MQ=255) ttGGTGCCGGTGGCGCCGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATAc < 1:1515434/100‑1 (MQ=255) ggTGCCGGTGGCGCAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATACCg > 1:2164522/1‑100 (MQ=255) ggTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATACCg < 1:2239895/100‑1 (MQ=255) gCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCGTCCCGACCCGTTCCCATACCGttt > 1:2428379/1‑100 (MQ=255) ggTGGCGCAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGGGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTATAGTCTTCCCGTCCCGTTCCCCTACCGTTTCtn < 1:1074991/100‑2 (MQ=255) ggTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATACCGTTTCTg > 1:2225381/1‑100 (MQ=255) ggTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAAATTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTCAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATACCGTTTCTg > 1:194926/1‑100 (MQ=255) tGGCGCAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATACCGTTTCTgcg < 2:2543990/100‑1 (MQ=255) tGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAAGTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAATGTCTTCCCGACCCGTTCCCATACCGTTTCTgcg < 1:1557195/100‑1 (MQ=255) ggCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATACCGTTTCTgcgc < 1:1852030/100‑1 (MQ=255) | ACTGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCGCAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATACCGTTTCTGCGC > NC_000913/755859‑756054 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |