| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,048,430 | A→G | 16.2% | W88R (TGG→CGG) ‡ | gfcC ← | putative O‑antigen capsule production periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,048,430 | 0 | A | G | 16.2% | 212.7 / 35.6 | 99 | W88R (TGG→CGG) | gfcC | putative O‑antigen capsule production periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/39); new base G (8/8); total (52/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.94e-02 | |||||||||||
CCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGC > NC_000913/1048331‑1048528 | ccAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCa < 1:2448948/100‑1 (MQ=255) cAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAg < 2:901090/100‑1 (MQ=255) cAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCCTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAg < 1:706486/100‑1 (MQ=255) aGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAgg < 2:802645/100‑1 (MQ=255) gTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAgg < 2:2347179/99‑1 (MQ=255) ttGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGaag < 2:2132766/100‑1 (MQ=255) ttGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGAGTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACAGCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGgag < 1:1467973/100‑1 (MQ=255) tGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGaagc < 2:165667/100‑1 (MQ=255) tGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGaagc > 1:1909072/1‑100 (MQ=255) gACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCTGGGaagc‑‑a < 2:1506829/100‑1 (MQ=255) ccGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGaagc‑‑aag > 2:1526006/1‑100 (MQ=255) ccGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGaagc‑‑aag < 1:2061891/100‑1 (MQ=255) cGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCTGGGaagc‑‑agaa < 1:878692/100‑4 (MQ=255) cGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGaagc‑‑aagc > 2:183500/1‑100 (MQ=255) ggTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCTGGGaagc‑‑agaag < 1:2208216/100‑5 (MQ=255) ggTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCTGGGaagc‑‑agaag < 2:1552893/100‑5 (MQ=255) ggTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCTGGGaagc‑‑agaag < 1:1476801/100‑5 (MQ=255) ggTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCt > 2:706307/1‑100 (MQ=255) gTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCTGGGaagc‑‑agaagc < 2:1261592/100‑6 (MQ=255) gTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCTGGGaagc‑‑agaagc < 2:1783059/100‑6 (MQ=255) aGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGTCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGc < 1:1603750/100‑1 (MQ=255) aGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCTGGGaagc‑‑agaagctga < 1:533783/100‑9 (MQ=255) aGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGaagc‑‑aagc > 1:393159/1‑95 (MQ=255) gACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCAt < 1:356862/100‑1 (MQ=255) gACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCAt > 1:281381/1‑100 (MQ=255) gACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCAt < 2:1493307/100‑1 (MQ=255) aCCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATg < 2:1840439/100‑1 (MQ=255) aCCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATg < 2:550551/100‑1 (MQ=255) gATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCATGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCCGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGt < 1:1552072/100‑1 (MQ=255) atatTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGtt < 1:1887755/100‑1 (MQ=255) tatTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTg > 2:1121820/1‑100 (MQ=255) attgagattgagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTgg < 1:1523858/100‑1 (MQ=255) attgagattgagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTgg > 2:165084/1‑100 (MQ=255) ttgagattgagTAACGGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCTACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTgg > 1:381293/1‑99 (MQ=255) gagattgagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAg < 1:694432/100‑1 (MQ=255) agattgagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGt < 1:2023511/100‑1 (MQ=255) gattgagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTc < 1:2435230/100‑1 (MQ=255) gattgagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTc < 2:1496568/100‑1 (MQ=255) gattgagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTc > 2:495907/1‑100 (MQ=255) attgagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCt > 2:2055557/1‑100 (MQ=255) tgagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCttt > 1:798395/1‑100 (MQ=255) tgagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCtt < 2:2117488/99‑1 (MQ=255) gagTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTa > 1:1854027/1‑100 (MQ=255) agTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTa > 1:1526617/1‑99 (MQ=255) agTAACGGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTaa < 1:844074/100‑1 (MQ=255) gTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAg < 1:1183295/100‑1 (MQ=255) gTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAg < 1:1245387/100‑1 (MQ=255) gctgGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCttt > 1:2001006/1‑100 (MQ=255) ctgGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTa < 2:651119/100‑1 (MQ=255) tgGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAg > 1:1979920/1‑100 (MQ=255) cgcACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCtt > 2:1236411/1‑100 (MQ=255) agcACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTACCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCtt > 2:266007/2‑100 (MQ=255) agcACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTACCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCtt > 2:266088/2‑100 (MQ=255) gcACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCttt > 2:425370/1‑100 (MQ=255) gcACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCttt > 1:1127212/1‑100 (MQ=255) aCGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTcg > 1:1759755/1‑100 (MQ=255) cGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTcgc > 2:783584/1‑100 (MQ=255) tttAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCa > 2:916160/1‑100 (MQ=255) tttAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTCCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTATAGCTTTCGCCGCa > 1:1858728/1‑100 (MQ=255) tAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCaga > 1:1834200/1‑100 (MQ=255) tAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCaga > 2:1815717/1‑100 (MQ=255) tCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTc < 1:1150906/100‑1 (MQ=255) tCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTc < 1:1689708/100‑1 (MQ=255) cGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCg < 1:998994/100‑1 (MQ=255) cGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTGCGCCGCAGAGTCg < 1:1603434/100‑1 (MQ=255) gTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCgg > 2:2256820/1‑100 (MQ=255) gTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCgg < 1:219117/100‑1 (MQ=255) ttGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTGCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGGAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGt < 1:1733255/100‑1 (MQ=255) tgtcgccACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTc < 1:554490/97‑1 (MQ=255) tGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTc < 2:2495231/100‑1 (MQ=255) ccgccACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAg > 1:1717218/1‑100 (MQ=255) ccgccACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAg > 2:2102841/1‑100 (MQ=255) cgccACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGc > 2:1928183/1‑100 (MQ=255) ccACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCaa > 2:407311/1‑100 (MQ=255) caTCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGc > 1:1985933/1‑100 (MQ=255) cgtcAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAgg > 2:1669733/1‑100 (MQ=255) cgtcAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAgg < 2:1253848/100‑1 (MQ=255) gtcAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGGTGGTAGTCTTTAAGCACTGTAGCATTCGCTGCAGAGACGGGAAGCAAGGCACCAgga > 1:1985040/1‑99 (MQ=255) tcAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGcc > 1:2222443/1‑100 (MQ=255) tcAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGcc > 2:1530755/1‑100 (MQ=255) cacagcttGCTTCCTGGGAAGCAGAAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGc > 2:1065376/8‑100 (MQ=37) acagcttGCTTCCTGGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGccac > 2:1907344/7‑100 (MQ=255) gCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGccacc < 2:1274349/100‑1 (MQ=255) cagcttGCTTCCTGGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGccacc > 1:297447/6‑100 (MQ=255) cagcttGCTTCCTGGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGccacc > 2:82593/6‑100 (MQ=255) agcttGCTTCCTGGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGccacca > 1:2008820/5‑100 (MQ=255) ttCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCag > 1:1919749/1‑100 (MQ=255) ttCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCag < 1:2343903/100‑1 (MQ=255) ttCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCag > 1:1098026/1‑100 (MQ=255) gcttGCTTCCTGGGAAGC‑‑AGGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCag > 1:1440758/4‑100 (MQ=255) gcttGCTTCCTGGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTTGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCag > 1:786324/4‑100 (MQ=255) gcttGCTTCCTGGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGACACCAGGCCACCag > 2:842119/4‑100 (MQ=255) gCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGCGGc > 1:1246114/1‑100 (MQ=255) gCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGc < 1:1525997/100‑1 (MQ=255) gCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAACAAGGCACCAGGCCACCAGAGGc < 2:947138/100‑1 (MQ=255) cTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCg < 1:89105/100‑1 (MQ=255) ccAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATcg > 1:1873510/1‑100 (MQ=255) ccAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATcg > 2:152074/1‑100 (MQ=255) ccAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATcg > 1:360111/1‑100 (MQ=255) cAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATcgc > 2:816377/1‑100 (MQ=255) | CCAGTTTGACCGGTAAGCGACCAGTGATATTGAGATTGAGTAACTGCTGGCGCACGGATTTAATCGTTGCCGCCACATCGTCGTCAGCTTCTGCTTCCCAGGAAGC‑‑AAGCTGTGCCATGACATGTTGGTAGTCTTTAAGCGCTTTAGCTTTCGCCGCAGAGTCGGTCAGCAAGGCACCAGGCCACCAGAGGCGATCGC > NC_000913/1048331‑1048528 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |