| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,594,256 | (C)8→7 | pseudogene (3732/3861 nt) | yneO ← | pseudogene, AidA homolog |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,594,249 | 0 | C | . | 96.6% | 374.6 / 5.4 | 88 | pseudogene (3739/3861 nt) | yneO | pseudogene, AidA homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base . (48/37); total (49/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
CACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGC > NC_000913/1594150‑1594344 | cACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTc > 1:964913/1‑100 (MQ=255) aCCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTcc > 2:1455273/1‑100 (MQ=255) aCCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTcc < 1:2534220/100‑1 (MQ=255) ccTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTccc > 2:556550/1‑100 (MQ=255) ccTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTccc > 2:2211017/1‑100 (MQ=255) ccTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTccc > 2:352864/1‑100 (MQ=255) tGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTccccc < 2:1389604/100‑1 (MQ=255) tGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTccccc > 1:2594924/1‑100 (MQ=255) tGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTccccc > 2:2261456/1‑100 (MQ=255) tGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTccccc > 1:1967218/1‑100 (MQ=255) gCAGTGGTGACATTTCCCTACATCACACAGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTccccc < 2:2450310/99‑1 (MQ=255) gCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATAGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTcccccc > 2:1550907/1‑100 (MQ=255) aGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTccccccca < 1:352865/100‑2 (MQ=255) gtggtgACGTTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTcccccccac < 1:2311649/100‑3 (MQ=255) gtggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTcccccccac < 1:2383408/100‑3 (MQ=255) tggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTcccccccacg < 1:154393/100‑4 (MQ=255) tggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCAc < 1:220741/100‑1 (MQ=255) ggtgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTcccccccacga > 1:1886703/1‑96 (MQ=255) tgACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGata > 1:1273912/1‑100 (MQ=255) gACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGatat < 1:657717/100‑1 (MQ=255) aCATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATc < 2:1815543/100‑1 (MQ=255) cATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATcc > 2:217869/1‑100 (MQ=255) aTTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCcg > 2:2189664/1‑100 (MQ=255) cccGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCcgtcgt > 2:2383618/1‑100 (MQ=255) cccGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCcgtcgt < 1:1303520/100‑1 (MQ=255) ccGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTa > 2:2367221/1‑100 (MQ=255) ccGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTa > 2:1378546/1‑100 (MQ=255) cGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATCAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTa > 1:2576458/1‑99 (MQ=255) cacCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATAc < 2:2268865/100‑1 (MQ=255) cacCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATAc > 1:415730/1‑100 (MQ=255) ccGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATAcgc > 1:287418/1‑100 (MQ=255) tGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCcgcg > 2:1220640/1‑100 (MQ=255) tGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCcgcg > 2:2041810/1‑100 (MQ=255) gTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCgg > 2:2192996/1‑100 (MQ=255) gTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCgg < 2:2793097/100‑1 (MQ=255) gTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCgg > 1:42386/1‑100 (MQ=255) tATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGaa > 2:1933877/1‑100 (MQ=255) tATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGaa > 2:2394981/1‑100 (MQ=255) tATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGaa > 2:2492483/1‑100 (MQ=255) naTGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGaa > 1:1068449/2‑100 (MQ=255) ggATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCg > 1:2107673/1‑100 (MQ=255) gATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgt < 1:918996/100‑1 (MQ=255) tatTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttg > 2:2863267/1‑100 (MQ=255) ttAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgtt < 2:229305/100‑1 (MQ=255) ttAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgtt > 2:1096218/1‑100 (MQ=255) aTGTGCTGAGTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCACCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAag < 2:2500391/100‑1 (MQ=255) gtgtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAagag > 1:2570759/1‑100 (MQ=255) gtgtTGACTTGCCACATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAagag < 2:1967204/100‑1 (MQ=255) gtTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTc > 1:2582422/1‑100 (MQ=255) ttGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCa < 2:848433/100‑1 (MQ=255) ttGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCa < 1:1487647/100‑1 (MQ=255) tGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAg > 2:121068/1‑100 (MQ=255) tGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAg < 2:2023234/100‑1 (MQ=255) tGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAg < 2:2298274/100‑1 (MQ=255) ctctGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGa > 1:2074914/4‑100 (MQ=255) ttGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATc > 1:1798963/1‑100 (MQ=255) 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1:1965148/1‑100 (MQ=255) tAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTAccc < 2:1693394/100‑1 (MQ=255) aaTGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCa < 1:2363148/100‑1 (MQ=255) aTGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAg < 2:283035/100‑1 (MQ=255) gCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGttt > 1:2823362/1‑100 (MQ=255) gCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGttt < 2:2191840/100‑1 (MQ=255) cAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGtttt < 2:1273907/100‑1 (MQ=255) agagTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTg > 1:2576300/1‑100 (MQ=255) 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2:461682/1‑100 (MQ=255) ggAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACAt > 1:467133/1‑100 (MQ=255) ggAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACAt > 2:925266/1‑100 (MQ=255) ggAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACAt > 2:1050370/1‑100 (MQ=255) ggAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACAt > 1:86655/1‑100 (MQ=255) ggAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACAt > 1:2665327/1‑100 (MQ=255) gAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATc < 2:285179/100‑1 (MQ=255) gAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATc < 1:1056774/100‑1 (MQ=255) 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> 1:916106/1‑100 (MQ=255) aaGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgcta < 1:1860770/100‑1 (MQ=255) aGCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctac < 1:1601493/100‑1 (MQ=255) gCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctacc < 2:287417/100‑1 (MQ=255) gCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctacc > 2:1846763/1‑100 (MQ=255) gCAATTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct > 2:1797066/1‑97 (MQ=255) aaTTT‑CCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgctaccgc < 2:2823341/100‑1 (MQ=255) | CACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGC > NC_000913/1594150‑1594344 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |