| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,469,733 | (T)8→7 | coding (603/1332 nt) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,469,726 | 0 | T | . | 96.1% | 524.6 / 13.5 | 128 | coding (596/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/1); new base . (52/71); total (56/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
CAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAGGTGTTG > NC_000913/2469628‑2469821 | cAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatattatatt > 1:2199083/1‑100 (MQ=255)cAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatattatatt > 2:31084/1‑100 (MQ=255) aaaTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttt < 1:2636777/100‑1 (MQ=255) aaaTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAAAATATAAAAATAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttt < 2:1029859/100‑1 (MQ=255) tctCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttt < 1:2087713/98‑1 (MQ=255) aTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttg < 1:1129082/100‑2 (MQ=255) aTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttg < 2:2728710/100‑2 (MQ=255) tCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttga < 1:2650817/100‑3 (MQ=255) tCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttga > 1:1602304/1‑98 (MQ=255) cTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttaga > 2:2087700/1‑97 (MQ=255) tATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttgata < 2:986315/100‑5 (MQ=255) aTGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAg < 2:2217663/100‑1 (MQ=255) tGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGa < 1:2430579/100‑1 (MQ=255) gCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGac > 1:2723053/1‑100 (MQ=255) cTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGaca > 1:1569662/1‑100 (MQ=255) tGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACaaa < 2:1025840/100‑1 (MQ=255) gCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAAc < 1:305486/100‑1 (MQ=255) gCTATTTTTTTCGATGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACaaa > 2:1791511/1‑99 (MQ=255) tattttttttCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACAAAc > 1:1562858/4‑100 (MQ=255) cTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTT‑ATAGACACAAAc > 2:1731991/1‑99 (MQ=255) tATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTT‑ATTGACACTAACt > 2:1310853/1‑99 (MQ=255) 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> 1:1373368/1‑100 (MQ=255) ttCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAAttatta > 2:343302/1‑100 (MQ=255) tCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTaa < 1:1835850/100‑1 (MQ=255) cGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTaaa > 1:2288452/1‑100 (MQ=255) tGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCt > 1:149739/1‑100 (MQ=255) tGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCt > 1:2132554/1‑100 (MQ=255) ngCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCt > 2:934872/2‑100 (MQ=255) gCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTg < 2:360790/100‑1 (MQ=255) cTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGt < 1:1231961/100‑1 (MQ=255) aataTCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAatat > 2:419855/1‑100 (MQ=255) aataTCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAatat > 2:651800/1‑100 (MQ=255) aataTCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAatat > 2:2225494/1‑100 (MQ=255) atCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCg < 2:2198620/100‑1 (MQ=255) atCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCg < 2:1602294/100‑1 (MQ=255) tCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCgt < 1:1728581/100‑1 (MQ=255) 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tatTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAata < 2:358750/100‑1 (MQ=255) atTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAatat < 2:1952836/100‑1 (MQ=255) ttAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATAtt > 1:2576595/1‑100 (MQ=255) taCCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTg < 1:1290117/99‑1 (MQ=255) aaCCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTg < 1:2637139/100‑1 (MQ=255) aaCCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTg < 2:1918433/100‑1 (MQ=255) aCCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACATAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGc < 2:1856340/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |