| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 755,958 | G→A | A18T (GCA→ACA) | sdhA → | succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 755,958 | 0 | G | A | 97.4% | 384.3 / ‑0.4 | 117 | A18T (GCA→ACA) | sdhA | succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (60/54); total (62/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCGCAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATACCGTTTCTGCG > NC_000913/755861‑756053 | tggtggTTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGcaca < 1:806810/100‑1 (MQ=255) ttccgatctcGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAg < 1:2148895/91‑1 (MQ=255) ggtggtTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAg < 1:1255289/100‑1 (MQ=255) ggtggtTCACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGcaca > 2:1517291/1‑99 (MQ=255) gtggtTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAgg < 1:2877187/100‑1 (MQ=255) tccgatcttGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTa < 1:1442686/92‑1 (MQ=255) ggtTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTa > 1:2445597/1‑100 (MQ=255) tttACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATg < 1:101532/100‑1 (MQ=255) tACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTCGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATgcg > 2:2315462/1‑100 (MQ=255) cGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAgagatcggaa > 2:2148882/1‑91 (MQ=255) cGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATgcgcg < 1:2073410/100‑1 (MQ=255) tGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTaagatcgga > 2:1442679/1‑92 (MQ=255) tGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGcgcgcg < 2:1001366/100‑1 (MQ=255) gATTTATGGATTCGTTGTGGTGCGGGGTGTGTGAGGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCgcgg > 2:1320901/1‑100 (MQ=255) aTTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCgcggc < 1:2132176/100‑1 (MQ=255) tttATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCgcggcg > 1:530189/1‑100 (MQ=255) tttATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCgcggcg > 2:1179278/1‑100 (MQ=255) ttATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGgcgc < 1:2359177/100‑1 (MQ=255) ttATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGgcgc < 2:2576270/100‑1 (MQ=255) tATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCt > 2:64766/1‑100 (MQ=255) aTGGATTCGTTGTGGTGTGGTGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGTTATGCGCGCGGCTCTg < 2:1723486/100‑1 (MQ=255) aTGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTg < 1:1651390/100‑1 (MQ=255) aTGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTg < 1:2759593/100‑1 (MQ=255) tGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGc > 1:1683829/1‑100 (MQ=255) gATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCaa > 2:1136575/1‑100 (MQ=255) aTTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCaaa > 1:1802321/1‑100 (MQ=255) ttCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAAt < 1:1376743/100‑1 (MQ=255) cGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAAttt < 1:532173/100‑1 (MQ=255) gTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTc > 2:257275/1‑100 (MQ=255) gTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTc < 2:864886/100‑1 (MQ=255) gTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTc > 1:2798778/1‑100 (MQ=255) tgtggtgtggGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTccc < 2:1438924/100‑1 (MQ=255) tgtggtgtggGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTccc < 1:334722/100‑1 (MQ=255) gtggGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCg > 2:292206/1‑100 (MQ=255) tggGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCgg > 2:2336862/1‑100 (MQ=255) ggTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCa < 2:186284/100‑1 (MQ=255) tgtgtgATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGa < 1:2185005/100‑1 (MQ=255) tgtgATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGAcc < 2:896682/100‑1 (MQ=255) tctgatgaAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGAcc < 2:1794770/98‑1 (MQ=255) tgatgaAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCtg > 1:2119333/1‑100 (MQ=255) gatgaAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCtgt > 1:1088512/1‑100 (MQ=255) atgaAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCtgtg > 1:420245/1‑100 (MQ=255) atgaAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCtgtg > 1:50801/1‑100 (MQ=255) tgaAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTgc < 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tgTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGctctct > 2:1569549/2‑100 (MQ=255) aGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGctctct > 1:1370028/1‑100 (MQ=255) aGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGctctc < 2:1983003/99‑1 (MQ=255) aGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGACTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGctctct > 1:1757940/1‑100 (MQ=255) gTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTa < 2:862531/100‑1 (MQ=255) tCAGAGAATTTGATGAAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTaa < 1:2845788/100‑1 (MQ=255) agagAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAg < 2:599669/100‑1 (MQ=255) agagAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAg < 2:627548/100‑1 (MQ=255) agagAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAg > 1:265732/1‑100 (MQ=255) agagAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAg < 1:2749145/100‑1 (MQ=255) gagaATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGt > 2:1096970/1‑100 (MQ=255) gagaATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGt > 2:1473264/1‑100 (MQ=255) gagaATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGt > 2:1473389/1‑100 (MQ=255) agaATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTc < 2:798701/100‑1 (MQ=255) aTTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTc > 2:2071865/1‑100 (MQ=255) tttGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTcc < 1:2706156/100‑1 (MQ=255) gATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGa < 1:1136579/100‑1 (MQ=255) gATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGa > 1:1916567/1‑100 (MQ=255) aTGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGAc > 2:2228844/1‑100 (MQ=255) aTGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGAc > 1:1771587/1‑100 (MQ=255) aTGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGAc < 1:472123/100‑1 (MQ=255) gCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGAccc > 2:1874284/1‑100 (MQ=255) gCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGAccc > 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tgATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCa < 2:1220336/100‑1 (MQ=255) tgATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCa > 1:2200978/1‑100 (MQ=255) gATTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCAt > 2:685023/1‑100 (MQ=255) aTTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATa > 1:171526/1‑100 (MQ=255) aTTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATa > 1:2357757/1‑100 (MQ=255) aTTGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATa > 2:54259/1‑100 (MQ=255) tGGTGCCGGTGGCGCAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATAcc > 1:193047/1‑100 (MQ=255) tGGTGCCGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATAcc > 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ccGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATACCGTTTc < 2:2892305/100‑1 (MQ=255) ccGGTGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATACCGTTTc < 1:2641622/100‑1 (MQ=255) tGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATACCGTTTCTgcg < 2:2549922/100‑1 (MQ=255) tGGCACAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATACCGTTTCTgcg < 1:292207/100‑1 (MQ=255) | TGGTGGTTTACGTGATTTATGGATTCGTTGTGGTGTGGGGTGTGTGATGAAATTGCCAGTCAGAGAATTTGATGCAGTTGTGATTGGTGCCGGTGGCGCAGGTATGCGCGCGGCGCTGCAAATTTCCCAGAGCGGCCAGACCTGTGCGCTGCTCTCTAAAGTCTTCCCGACCCGTTCCCATACCGTTTCTGCG > NC_000913/755861‑756053 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |