| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,346,794 | A→G | intergenic (‑52/‑2) | gmr ← / → ymiB | cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase; csgD regulator; modulator of RNase II stability/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,346,794 | 0 | A | G | 99.2% | 463.0 / ‑5.0 | 133 | intergenic (‑52/‑2) | gmr/ymiB | cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase; csgD regulator; modulator of RNase II stability/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (72/59); total (74/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
CGAGAAAGTTGTACAACGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTGGAAAAACGCCAGTTTTCAAACGA > NC_000913/1346700‑1346889 | agaAAGTTGTACAACGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACt > 2:2380793/1‑100 (MQ=255) agaAAGTTGTACAACGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACt > 2:1084451/1‑100 (MQ=255) gaAAGTTGTACAACGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACtt < 1:696934/100‑1 (MQ=255) aaaGTTGTACAACGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACtga < 1:1963669/100‑3 (MQ=255) aaaGTTGTACAACGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTa > 1:677249/1‑100 (MQ=255) aaGTTGTACAACGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTAc > 1:942304/1‑100 (MQ=255) aGTTGTACAACGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTACGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACa < 2:1333665/100‑1 (MQ=255) gTTGTACAACGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACAt < 1:2111957/100‑1 (MQ=255) tGTACAACGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGa > 1:1877661/1‑100 (MQ=255) aCAACGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAAt < 2:987726/100‑1 (MQ=255) cAACGTTGTTGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAAtt < 2:1823661/100‑1 (MQ=255) cAACGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAAtt > 1:1317759/1‑100 (MQ=255) aaCGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTa > 2:923801/1‑100 (MQ=255) aaCGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTa > 1:2300116/1‑100 (MQ=255) aaCGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTa < 1:1298172/100‑1 (MQ=255) aCGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTaa > 1:2676456/1‑100 (MQ=255) aCGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTaa > 1:342225/1‑100 (MQ=255) gTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAATAGCATGACTTACATGAAATTAAc > 2:562833/1‑99 (MQ=255) tgtgGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAAcggc < 1:1374935/100‑1 (MQ=255) tgtgGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAAcggc > 2:2836506/1‑100 (MQ=255) ggACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACggcggc < 2:41708/100‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGc > 2:1032998/1‑100 (MQ=255) tAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCa > 2:2581342/1‑100 (MQ=255) aCGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCTGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCAt < 2:260863/99‑1 (MQ=255) aCGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATGAAAGGAACACCATGAGTTACATGAGATTAACGGCGGCTAAACGCAtt > 2:1948296/1‑100 (MQ=255) aCGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCAtt < 2:757894/100‑1 (MQ=255) gTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑tt > 2:1807848/1‑100 (MQ=255) ttttCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑ttt < 1:1272242/100‑1 (MQ=255) ttCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑ttttt < 1:1033000/100‑1 (MQ=255) tCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGCAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑ttttt > 2:2348642/1‑99 (MQ=255) tCATGATGAATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑tttttt < 2:960071/100‑1 (MQ=255) cATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑ttttttt < 2:1295307/100‑1 (MQ=255) cATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑ttttttt > 1:74815/1‑100 (MQ=255) atgatgCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑tttttttt < 2:1940596/100‑1 (MQ=255) tgatgCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTta < 1:274239/100‑1 (MQ=255) tgatgCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTta < 2:1062698/100‑1 (MQ=255) gatgCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGGAGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTtat < 2:652674/100‑1 (MQ=255) gatgCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTtat < 1:913826/100‑1 (MQ=255) atgCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTtata < 2:404327/100‑1 (MQ=255) tgCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTtatat > 1:1186524/1‑100 (MQ=255) tgCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTtatat > 2:2441168/1‑100 (MQ=255) tgCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTtatat < 2:923639/100‑1 (MQ=255) gCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTtatata > 2:733708/1‑100 (MQ=255) cATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTatatat < 2:2327034/100‑1 (MQ=255) cATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTatatat > 1:342706/1‑100 (MQ=255) cATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTatatat > 2:1805125/1‑100 (MQ=255) cATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTatatat < 1:1052652/100‑1 (MQ=255) cATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTagatat > 1:2476240/1‑100 (MQ=255) atCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATAtattta > 1:938067/1‑100 (MQ=255) atCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATAtattta > 1:1160702/1‑100 (MQ=255) atCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATAtattta < 1:1453510/100‑1 (MQ=255) ccttttatttAACCGCGGACTCCGCTGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATAtatttat > 1:1039635/9‑100 (MQ=37) cttttatttAACCGCGGACTCCGCTGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATAtatttatt > 1:2081326/8‑100 (MQ=37) cctccGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGTCTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATAtatttatt < 2:307259/100‑1 (MQ=255) cctccGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATAtatttatt > 1:123407/1‑100 (MQ=255) cctccGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATAtatttatt > 1:1789617/1‑100 (MQ=255) ctccGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATatttattt < 1:2707688/100‑1 (MQ=255) ctccGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATatttattt < 2:2036045/100‑1 (MQ=255) ctccGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATatttattt > 1:2237730/1‑100 (MQ=255) tccGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATATTTATTTg < 2:239436/100‑1 (MQ=255) ggTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGTCTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATATTTATTTGt < 2:797110/98‑1 (MQ=255) ttAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATATTTATTTGTAATc > 2:1103708/1‑100 (MQ=255) ttAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATATTTATTTGTAATc < 2:1278450/100‑1 (MQ=255) tAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATTAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATATTTATTTGTAATcc < 2:976630/100‑1 (MQ=255) aCAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAg > 2:2126238/1‑100 (MQ=255) 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> 1:1623895/1‑100 (MQ=255) gTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTGGaa > 2:2234637/1‑100 (MQ=255) gTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTGGaa > 2:169569/1‑100 (MQ=255) gTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑GTTTTTTTATTTATTTATTTGTAATCCAGtttt > 2:1900837/1‑96 (MQ=255) tCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTGTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTggga > 2:2881277/1‑97 (MQ=255) cgcgGTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTGGaaaaa > 2:1980848/1‑100 (MQ=255) ggTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTGGAAAAACg < 2:1234447/99‑1 (MQ=255) gTTAAATAAAAGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTGGAAAAACGcc > 2:372441/1‑100 (MQ=255) 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aaaGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTGGAAAAACGCCAGTTTTCa < 2:1659227/100‑1 (MQ=255) aaGGAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTGGAAAAACGCCAGTTTTCaa < 1:2318810/100‑1 (MQ=255) ggAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTGGAAAAACGCCAGTTTTCAAAc < 2:1535384/100‑1 (MQ=255) ggAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTGGAAAAACGCCAGTTTTCAAAc > 1:297983/1‑100 (MQ=255) ggAACAGCATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTGGAAAAACGCCAGTTTTCAAAc > 1:952569/1‑100 (MQ=255) | CGAGAAAGTTGTACAACGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTG‑TTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTGGAAAAACGCCAGTTTTCAAACGA > NC_000913/1346700‑1346889 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |