| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,776,420 | T→C | 15.0% | V12A (GTA→GCA) | yfjY → | CP4‑57 prophage; putative DNA repair protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,776,420 | 0 | T | C | 15.0% | 237.4 / 33.8 | 100 | V12A (GTA→GCA) | yfjY | CP4‑57 prophage; putative DNA repair protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/46); new base C (8/7); total (47/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CGGGATTACGCTCTGCAGCACCCTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAACAGGCGTGGCATTCACCTCCACTCAGGCT > NC_000913/2776321‑2776517 | cGGGATTACGCTCTGCAGCACCCTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGt < 2:1779385/100‑1 (MQ=255) ggATTACGCTCTGCAGCACCCTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTAc > 2:2332208/1‑100 (MQ=255) ggATTACGCTCTGCAGCACCCTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTAc > 1:1559928/1‑100 (MQ=255) gATTACGCTCTGCAGCACCCTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACt < 1:472552/100‑1 (MQ=255) ttACGCTCTGCAGCACCCTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTc < 1:2017229/100‑1 (MQ=255) aCGCTCTGCAGCACCCTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCa > 1:1545855/1‑100 (MQ=255) 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2:1545845/100‑1 (MQ=255) ctGCAGCACCCTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGAc < 1:947219/100‑1 (MQ=255) tGCAGCACCCTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGAcc > 1:1255601/1‑100 (MQ=255) tGCAGCACCCTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGAcc < 2:2242325/100‑1 (MQ=255) ncagcaCCCTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGCACTTCCACTGACCg > 1:2070566/2‑100 (MQ=255) gcagcaCCCTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGCACTTCCACTGACCg < 1:2261592/100‑1 (MQ=255) gcaCCCTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGcac > 2:1716723/1‑100 (MQ=255) gcaCCCTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGcac < 1:188587/100‑1 (MQ=255) caCCCTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGcaca > 2:616056/1‑100 (MQ=255) aCCCTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACaa < 2:1131956/100‑1 (MQ=255) cccTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAAc < 2:2122528/100‑1 (MQ=255) ccTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACg < 1:848450/100‑1 (MQ=255) aTCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGCACTTCCACTGACCGCACAACGCACgg < 1:1277000/100‑1 (MQ=255) tCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGt < 1:1534132/100‑1 (MQ=255) tCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGt > 2:359907/1‑100 (MQ=255) ccAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTa < 2:1740980/100‑1 (MQ=255) cAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTaa > 2:2343548/1‑100 (MQ=255) cAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTaa > 1:304265/1‑100 (MQ=255) cAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTaa > 2:1107372/1‑100 (MQ=255) aGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTaaa > 1:1246247/1‑100 (MQ=255) gcgcCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGCACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTaaaa > 1:1082746/1‑100 (MQ=255) gcCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAAcg > 1:1863549/1‑100 (MQ=255) gcCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAAcg > 1:1114068/1‑100 (MQ=255) aTTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACgcgc < 1:1107377/100‑1 (MQ=255) ttATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGcc < 2:2293282/100‑1 (MQ=255) ttATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGcc < 1:129863/100‑1 (MQ=255) aTGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCtt < 1:462707/100‑1 (MQ=255) aTGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGCACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCtt < 2:1676782/100‑1 (MQ=255) cgcATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAAc < 1:1598870/100‑1 (MQ=255) cgcATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAAc > 2:427979/1‑100 (MQ=255) cgcATTATTAATTAAGGATACTCAGGAAGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTTACCGCATAACGCACGGTAAAACGCGCCtt < 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atgGAACAGTCACTCCTCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTACGCGaa > 2:138172/1‑99 (MQ=255) atgGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGaaa > 1:883931/1‑100 (MQ=255) tgGAACAGTCACTCATCGCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAAc < 2:1561438/100‑1 (MQ=255) ggcACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACAGCACAACGCACGGTAAAACGCGACTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGAGAAACAGGAGt > 2:2110364/3‑99 (MQ=255) atctcTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAACAGGCGTg < 2:72148/96‑1 (MQ=255) tCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAACAGGCGTgg < 1:1962958/100‑1 (MQ=255) tCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAACAGGCGTgg < 2:1896464/100‑1 (MQ=255) cACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAACAGGCGTGGc > 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aTCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAACAGGCGTGGCATTCa < 1:16724/100‑1 (MQ=255) cccACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAACAGGCGTGGCATTCAcc < 1:105464/100‑1 (MQ=255) ccACAGACACCGGCACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAACAGGCGTGGCATTCACCt > 1:734494/1‑100 (MQ=255) cacaGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAACAGGCGTGGCATTCACCTc > 1:1933601/1‑100 (MQ=255) cacaGACACCGGCACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAACAGGCGTGGCATTCACCTc > 2:1188501/1‑100 (MQ=255) cacCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAACAGGCGTGGCATTCACCTCCACTCa < 1:718621/100‑1 (MQ=255) acCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAACAGGCGTGGCATTCACCTCCACTcgg > 1:1446317/1‑98 (MQ=255) ccGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAACAGGCGTGGCATTCACCTCCACTCAgg < 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ggTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAACAGGCGTGGCATTCACCTCCACTCAGgct < 1:31277/100‑1 (MQ=255) ggTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAACAGGCGTGGCATTCACCTCCACTCAGgct > 1:763868/1‑100 (MQ=255) ggTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAACAGGCGTGGCATTCACCTCCACTCAGgct > 2:1184799/1‑100 (MQ=255) ggTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAACAGGCGTGGCATTCACCTCCACTCAGgct > 2:750384/1‑100 (MQ=255) | CGGGATTACGCTCTGCAGCACCCTGAATCCAGCGCCATTATGCGCATTATTGATTAAGGATACTCATGATGGAACAGTCACTCATCCCACAGACACCGGTACTTCCACTGACCGCACAACGCACGGTAAAACGCGCCTTAACGCTGCTTGACCGACACCTGCGCGAAACAGGCGTGGCATTCACCTCCACTCAGGCT > NC_000913/2776321‑2776517 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |