| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,800,268 | (T)8→7 | 100% | coding (698/699 nt) | waaY ← | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,800,261 | 0 | T | . | 69.8% | 216.7 / 197.0 | 139 | intergenic (‑65/+6) | waaZ/waaY | lipopolysaccharide KdoIII transferase; lipopolysaccharide core biosynthesis protein/lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/21); new base . (48/49); total (69/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
ACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATT > NC_000913/3800162‑3800359 | aCATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGAt < 2:2508009/100‑1 (MQ=255) cATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGTCATGTAATTGTGGGAtt > 2:2765385/1‑100 (MQ=255) cTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGAttttt < 2:2020804/100‑1 (MQ=255) cTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGAttttt < 1:1585169/100‑1 (MQ=255) ttttttGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGAtttttt < 1:528115/100‑1 (MQ=255) ttttttGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGAtttttt < 2:1498849/100‑1 (MQ=255) tttGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTa < 2:245284/100‑1 (MQ=255) ttGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGAtttttttagc > 1:2431013/1‑97 (MQ=255) ttGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAg < 2:91240/100‑1 (MQ=255) tGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGAtttttttagcg > 2:2426567/1‑96 (MQ=255) tCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAgcgcg > 2:459336/1‑100 (MQ=255) tCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAgcgcg < 2:323874/100‑1 (MQ=255) aaTGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCt > 2:2683640/1‑100 (MQ=255) aTGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTg < 1:43855/100‑1 (MQ=255) aTGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTg < 1:241371/100‑1 (MQ=255) tGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTgg < 1:376325/100‑1 (MQ=255) aTCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGtt > 2:2518760/1‑100 (MQ=255) aTCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGttt < 1:1123776/100‑1 (MQ=255) cTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGTTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTc > 1:1672933/1‑100 (MQ=255) cTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTcc > 1:2036081/1‑100 (MQ=255) cTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTcc > 2:2452661/1‑100 (MQ=255) cTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTcc < 1:228523/100‑1 (MQ=255) cTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTcc > 2:1001302/1‑100 (MQ=255) tAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGtt > 1:979929/1‑97 (MQ=255) tAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTccc > 2:1347801/1‑100 (MQ=255) tAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTccc > 1:1029127/1‑100 (MQ=255) tAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTccc > 2:2120700/1‑100 (MQ=255) tAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTcc > 1:2167673/1‑99 (MQ=255) aaTATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTccc < 2:313431/100‑1 (MQ=255) aaTATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTccc < 1:588604/100‑1 (MQ=255) atTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCttt < 1:787018/100‑1 (MQ=255) atTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTc < 2:399203/100‑1 (MQ=255) atTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTc < 2:775785/100‑1 (MQ=255) ttcttcATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTc < 1:2642966/100‑1 (MQ=255) tcttcATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCaa < 2:389899/100‑1 (MQ=255) cttcATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTTGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCaaa < 1:2698948/100‑1 (MQ=255) cttcATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCaa > 2:1828488/1‑100 (MQ=255) cttcATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCaa < 2:3010472/100‑1 (MQ=255) cttcATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCaaa > 2:1924245/1‑100 (MQ=255) cttcATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCaaa > 2:1450833/1‑100 (MQ=255) catcATGATAAACATGTGAAATAAATAACTCGGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCaaa > 2:2059350/3‑100 (MQ=255) ttcATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCaaa > 1:1079234/1‑100 (MQ=255) ttcATGATAAACCTGGGAAATAAATAACTCTGCTTAAAACTGTCCTTGTGTAGACATGTAATTGTGTGA‑TTTTTTTAGCTCGCTGGTTTCCCTTTc < 1:453362/96‑1 (MQ=255) aTGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTTGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgcc < 1:77411/100‑1 (MQ=255) aTGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgc > 1:756189/1‑100 (MQ=255) aTGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgcc < 2:1314484/100‑1 (MQ=255) tGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgccg < 2:1708387/100‑1 (MQ=255) tGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgc > 1:2183472/1‑98 (MQ=255) gATAACCCTGTGAAATAAATACCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgccgc < 2:1210638/100‑1 (MQ=255) gATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgccgc > 2:283786/1‑100 (MQ=255) aTAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGTTCTGGTTTCCCTTTCAAGcgctgc > 1:2849119/1‑100 (MQ=255) 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< 2:918575/100‑1 (MQ=255) taaataaCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGCAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCAtt > 1:59085/1‑100 (MQ=255) aaataaCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCAtt < 1:1525862/100‑1 (MQ=255) aaataaCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCAttt < 1:2731388/100‑1 (MQ=255) aataaCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCAttt > 2:621225/1‑100 (MQ=255) ataaCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCAttttt > 1:2180328/1‑100 (MQ=255) aaCTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCAtttttt < 2:43087/100‑1 (MQ=255) cTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTAc < 1:719457/100‑1 (MQ=255) tCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTAc < 1:706523/99‑1 (MQ=255) tCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACg < 1:184987/100‑1 (MQ=255) ctgCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGa < 2:2299452/98‑1 (MQ=255) ccGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTACTTGTGTGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGa < 1:2059338/100‑1 (MQ=255) ncTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGaag > 1:2299439/2‑98 (MQ=255) cTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGata > 2:2736514/1‑100 (MQ=255) cTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGatat > 1:120416/1‑100 (MQ=255) cTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGatat > 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2:540027/100‑1 (MQ=255) aTGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCGTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGAtc < 1:519420/100‑1 (MQ=255) tGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGAtc > 2:2942823/1‑100 (MQ=255) tGTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGAtct > 2:2987577/1‑100 (MQ=255) gTAATTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGAtctc < 1:3057351/100‑1 (MQ=255) aaTTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATctct > 1:2312261/1‑100 (MQ=255) aaTTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTa < 2:336889/100‑1 (MQ=255) aTTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTa > 2:956681/1‑100 (MQ=255) aTTGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTaa < 1:110587/100‑1 (MQ=255) ttGTGGGA‑TTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAAt < 2:2828482/100‑1 (MQ=255) tgGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAAtct < 2:2174461/100‑1 (MQ=255) gATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCAt > 2:1539790/1‑100 (MQ=255) | ACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATT > NC_000913/3800162‑3800359 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |