| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,128,359 | C→T | 100% | A13T (GCT→ACT) | metJ ← | transcriptional repressor, S‑adenosylmethionine‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,128,359 | 0 | C | T | 87.6% | 358.1 / 37.9 | 138 | A13T (GCT→ACT) | metJ | transcriptional repressor, S‑adenosylmethionine‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/10); new base T (54/66); total (62/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.06e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CCTGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGATGTGGGTAC > NC_000913/4128260‑4128455 | tGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGCGt > 1:1659491/1‑100 (MQ=255) gacgacGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTa > 1:344045/1‑100 (MQ=255) gacgacGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTa > 2:2972307/1‑100 (MQ=255) gacgacGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTa > 1:1710662/1‑100 (MQ=255) gacgacGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGCGTa < 1:348364/100‑1 (MQ=255) acgCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATgg > 1:1846875/1‑99 (MQ=255) cgcgTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGc < 1:1306810/100‑1 (MQ=255) gcgtgcgtTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGCGTATGGGCt < 2:428703/100‑1 (MQ=255) cgtgcgtTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTg > 1:276665/1‑100 (MQ=255) cgtgcgtTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCCCAGCGTATGGGCTg < 1:534152/100‑1 (MQ=255) gtgcgtTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGa > 2:1433699/1‑100 (MQ=255) gcgtTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGat < 2:2230178/99‑1 (MQ=255) gcgtTCATCGGGGAGGATTTTTAACAGCTTGAGAGGAATGGAAACCGTAATCTGTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGata < 1:799711/100‑1 (MQ=255) tCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGCGTATGGGCTGATATAtt > 2:660725/1‑100 (MQ=255) cATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACGGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTATTGCCATGCTCATTGTATGGGCTAATATAtt > 1:1137699/1‑99 (MQ=255) cATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTc < 2:2324688/100‑1 (MQ=255) aTCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTcg < 2:2423557/100‑1 (MQ=255) tCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTcgc < 2:1537724/100‑1 (MQ=255) ggTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTcgccg > 1:973393/1‑100 (MQ=255) ggTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTcgccg > 2:1729395/1‑100 (MQ=255) ggTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTcgccg > 2:1050510/1‑100 (MQ=255) ggTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTcgccg > 2:1263421/1‑100 (MQ=255) ggTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCCTCTTGCCGTGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTcgccg > 2:1790510/1‑100 (MQ=255) tGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTTCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTcg < 1:1007774/95‑1 (MQ=255) tGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCt < 1:555670/100‑1 (MQ=255) gAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTATTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCt > 1:1833143/1‑99 (MQ=255) aGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTcc < 2:559364/100‑1 (MQ=255) ggATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCa > 2:1674792/1‑100 (MQ=255) ggATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCa > 2:1874090/1‑100 (MQ=255) ggATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCGTCTTCCCGTGCTCAGGGTATGGGCTGATACATGcgccgataca > 2:2756335/1‑95 (MQ=255) gATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCAt > 1:2691346/1‑100 (MQ=255) gATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCCCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCAt > 1:1096986/1‑100 (MQ=255) aTTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCAtt > 2:2879789/1‑100 (MQ=255) aTTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCAtt < 2:1130646/100‑1 (MQ=255) tttttAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTc > 2:1967541/1‑100 (MQ=255) tttttAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTc < 2:1577801/100‑1 (MQ=255) tttAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAg < 1:1976934/100‑1 (MQ=255) tttAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAg < 1:1263415/100‑1 (MQ=255) ttAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGc > 2:2398408/1‑100 (MQ=255) tAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGcc < 2:336847/100‑1 (MQ=255) aaCACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGccn < 1:2525408/100‑2 (MQ=255) acacCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCAt > 1:389687/1‑100 (MQ=255) acacCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCAt < 2:11623/100‑1 (MQ=255) cacCTTAATAGGAATGGATATCGTAATCTTTTTGACTTTTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCa < 1:1403601/98‑1 (MQ=255) cacCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATg > 2:2496040/1‑100 (MQ=255) cacCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCCCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATg < 1:1487140/100‑1 (MQ=255) cacCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTCTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTACGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATg < 1:1837354/100‑1 (MQ=255) acCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATga < 2:680378/100‑1 (MQ=255) ccTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTGTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATgag < 1:1956210/100‑1 (MQ=255) ccTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATgag > 1:1087072/1‑100 (MQ=255) ccTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATgag < 2:786459/100‑1 (MQ=255) cTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATgaga > 1:395006/1‑100 (MQ=255) ttAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAgatcggaaga > 1:2226947/1‑91 (MQ=255) aaGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATAc < 2:2548623/100‑1 (MQ=255) agagGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACt < 1:3030599/100‑1 (MQ=255) agagGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACt < 2:321429/100‑1 (MQ=255) gagGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACtt < 2:1659500/100‑1 (MQ=255) ggAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTaa < 1:2034202/100‑1 (MQ=255) ggAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTaa > 2:541771/1‑100 (MQ=255) ggAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTaa < 1:1300362/100‑1 (MQ=255) gAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAAt < 2:1138868/100‑1 (MQ=255) aaTGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATc > 1:1162164/1‑100 (MQ=255) aTGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATcc < 2:162168/100‑1 (MQ=255) ggAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCctc > 2:1350240/1‑100 (MQ=255) ccGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGt < 1:8404/100‑1 (MQ=255) gTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCa > 2:2244513/1‑100 (MQ=255) 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2:1597187/1‑100 (MQ=255) tGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGa > 1:2985522/1‑100 (MQ=255) nccGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGAt > 1:2948583/2‑100 (MQ=255) ccGTGCTCAGTGTGTGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGAtg > 2:1207352/1‑100 (MQ=255) ccGTGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGAtg > 2:2741760/1‑100 (MQ=255) gTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCTCTACATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACATAGTTGAtgtg > 1:2003754/1‑100 (MQ=255) gTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGAtgtg < 2:395010/100‑1 (MQ=255) tGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGATGTgg < 2:1651463/100‑1 (MQ=255) cTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGATGTGGGt < 2:1724851/100‑1 (MQ=255) tCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGATGTGGGTa < 2:1439369/100‑1 (MQ=255) cAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGATGTGGGTAc < 1:382965/100‑1 (MQ=255) cAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGATGTGGGTAc > 2:1496933/1‑100 (MQ=255) | CCTGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGATGTGGGTAC > NC_000913/4128260‑4128455 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |