| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 660,616 | C→T | 16.4% | A255T (GCC→ACC) | ybeF ← | LysR family putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 660,616 | 0 | C | T | 16.4% | 278.7 / 41.0 | 116 | A255T (GCC→ACC) | ybeF | LysR family putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/54); new base T (10/9); total (53/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CCTCATTTAAGGACGGAAAAGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCGGAAACATTTCTTGAACTCTCTGCCGCAGACCGCTGAAATTTTG > NC_000913/660517‑660715 | cctcATTTAAGGACGGAAAAGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGc > 2:100561/1‑100 (MQ=255)cctcATTTAAGGACGGAAAAGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGc < 1:2217711/100‑1 (MQ=255)cctcATTTAAGGACGGAAAAGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGc > 1:52119/1‑100 (MQ=255) ctcATTTAAGGACGGAAAAGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCa < 2:3024059/100‑1 (MQ=255) ctcATTTAAGGACGGAAAAGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCa > 2:2618442/1‑100 (MQ=255) tcATTTAAGGACGGAAAAGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGTaa < 2:971803/100‑1 (MQ=255) aTTTAAGGACGGAAAAGTCAGTTTTTCCAGCGTCCAGCAGCAGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAAcc > 1:1666269/1‑100 (MQ=255) aTTTAAGGACGGAAAAGGTAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGTAAcc > 1:2523578/1‑100 (MQ=255) aGGACGGAAAAGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGc < 2:2177701/100‑1 (MQ=255) aGGACGGAAAAGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGc < 1:1507114/100‑1 (MQ=255) ggACGGAAAAGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCa > 1:461326/1‑100 (MQ=255) ggACGGAAAAGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCa > 1:2222339/1‑100 (MQ=255) ggACGGAAAAGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCa > 1:1653051/1‑100 (MQ=255) cGGAAAAGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCg > 1:2975412/1‑100 (MQ=255) cGGAAAAGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCg > 1:1243163/1‑100 (MQ=255) ggAAAAGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGa > 2:2460983/1‑100 (MQ=255) ggAAAAGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGa < 1:2618427/100‑1 (MQ=255) aaaaGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAAGAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGAtt < 1:1660326/100‑1 (MQ=255) aGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTc < 1:1676492/100‑1 (MQ=255) ggCAGTTTTTCCAGCGGCTAGCAGCGGCTAACCAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGTAACCAGTGCAGCGATTGTCa < 2:2508850/100‑1 (MQ=255) gCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCaa > 1:1403823/1‑100 (MQ=255) cAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGTAACCAGTGCAGCGATTGTCaaa > 1:872885/1‑100 (MQ=255) aGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGTAACCAGTGCAGCGATTGTCaaaa < 2:1069613/100‑1 (MQ=255) aGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCaaaa > 1:2079309/1‑100 (MQ=255) gTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAAt > 2:118639/1‑100 (MQ=255) tttttCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAAtg < 1:2629844/100‑1 (MQ=255) tttCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAAtgtt < 1:100560/100‑1 (MQ=255) tttCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAAtgtt < 2:2917192/100‑1 (MQ=255) ttCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGTAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAAtgttg > 1:2975225/1‑100 (MQ=255) ttCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAAtgttg < 2:1307858/100‑1 (MQ=255) tCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGGATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAAtgttgt < 1:1714150/100‑1 (MQ=255) tCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAAtgttgt < 1:1650316/100‑1 (MQ=255) ccAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTTAAAAtgttgt > 2:3705/1‑99 (MQ=255) ccAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTa < 2:2267592/100‑1 (MQ=255) ccAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTa > 1:530812/1‑100 (MQ=255) ccAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTa > 2:2081475/1‑100 (MQ=255) cGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTg < 2:431234/100‑1 (MQ=255) ggCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTgg < 2:1076599/100‑1 (MQ=255) gCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGt < 2:217489/100‑1 (MQ=255) cgagcagcGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGt < 1:2459726/97‑1 (MQ=255) ccAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTCTAGCTGGt > 1:2897606/1‑99 (MQ=255) gcagcGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGTAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGaaa > 2:2368036/1‑100 (MQ=255) cagcGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAAt < 1:1230881/100‑1 (MQ=255) agcGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAAtt < 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1:654386/100‑1 (MQ=255) tataAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGTAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCgg < 1:614918/100‑1 (MQ=255) tataAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCgg < 2:10276/100‑1 (MQ=255) tataAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCgg < 2:1243169/100‑1 (MQ=255) tataAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTCGCAACCAGTGCAGCGATTCTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCg > 1:2745486/1‑99 (MQ=255) tataAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGCCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCgg > 1:2305130/1‑100 (MQ=255) taAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCGGaa < 2:1401562/100‑1 (MQ=255) taAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCGGaa > 2:392748/1‑100 (MQ=255) 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2:2516886/100‑1 (MQ=255) tCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCGGAAACATTTCTTGAACTCTCTGCCGCAGACCGc > 1:2540387/1‑100 (MQ=255) cACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCGGAAACATTTCTTGAACTCTCTGCCGCAGACCGCt < 2:337805/100‑1 (MQ=255) cACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCGGAAACATTTCTTGAACTCTCTGCCGCAGACCGCt > 1:1581332/1‑100 (MQ=255) cACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCGGAAACATTTCTTGAACTCTCTGCCGCAGACCGCt > 2:1462616/1‑100 (MQ=255) aCTGTTGGTAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCGGAAACATTTCTTGAACTCTCTGCCGCAGACCGCTg > 2:1051485/1‑100 (MQ=255) ggCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCGGAAACATTTCTTGAACTCTCTGCCGCAGACCGCTGAAAttt > 1:2318657/1‑100 (MQ=255) ggCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCGGAAACATTTCTTGAACTCTCTGCCGCAGACCGCTGAAAttt > 1:571710/1‑100 (MQ=255) ggCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCGGAAACATTTCTTGAACTCTCTGCCGCAGACCGCTGAAAttt > 1:1079355/1‑100 (MQ=255) gCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCGGAAACATTTCTTGAACTCTCTGCCGCAGACCGCTGAAAtttt < 2:2989554/100‑1 (MQ=255) gCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCGGAAACATTTCTTGAACTCTCTGCCGCAGACCGCTGAAAtttt < 1:118637/100‑1 (MQ=255) cAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCGGAAACATTTCTTGAACTCTCTGCCGCAGACCGCTGAAATTTTg < 2:2305143/100‑1 (MQ=255) | CCTCATTTAAGGACGGAAAAGGCAGTTTTTCCAGCGGCCAGCAGCGGCTAAACAGGTTATAAAAACGGCTGGGAATAATCGCTAACATGTCACTGTTGGCAACCAGTGCAGCGATTGTCAAAATGTTGTAGCTGGTGAAATTGATTTGCCGGTCCGGAAACATTTCTTGAACTCTCTGCCGCAGACCGCTGAAATTTTG > NC_000913/660517‑660715 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |