| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 702,939 | T→C | T225A (ACC→GCC) | nagB ← | glucosamine‑6‑phosphate deaminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 702,939 | 0 | T | C | 98.2% | 396.6 / ‑4.6 | 109 | T225A (ACC→GCC) | nagB | glucosamine‑6‑phosphate deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base C (55/51); total (57/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGTCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTGCAGCGCCAGTGCTTTCTGGCTACCCAGCACCAGAATCATCACTTCTTCGGCATCCAGCAG > NC_000913/702842‑703035 | tCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGccc < 1:1180647/100‑1 (MQ=255)tCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGccc < 2:2979953/100‑1 (MQ=255) cATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCca > 1:1216343/1‑100 (MQ=255) cATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCca > 2:490689/1‑100 (MQ=255) ttGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCcaca < 2:834526/100‑1 (MQ=255) gAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACata > 2:2912860/1‑100 (MQ=255) 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aaaGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGc > 2:1072101/1‑100 (MQ=255) aGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCaa < 2:887925/100‑1 (MQ=255) aGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCaa > 2:1424536/1‑100 (MQ=255) tCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAAcc < 1:2502529/100‑1 (MQ=255) cTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCt > 1:479357/1‑100 (MQ=255) cTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCt > 1:2826268/1‑100 (MQ=255) tAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTc > 2:1413091/1‑100 (MQ=255) tAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTc > 2:1861879/1‑100 (MQ=255) tttCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAAcg < 1:786649/100‑1 (MQ=255) ttCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAAcgg < 1:397929/100‑1 (MQ=255) tCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAAcggc > 1:1856424/1‑100 (MQ=255) gCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAATggcggc > 1:374282/1‑100 (MQ=255) gCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACggcggc > 1:2627254/1‑100 (MQ=255) cTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGcc > 2:2762103/1‑100 (MQ=255) ccATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTg < 1:2617198/100‑1 (MQ=255) ccATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTg < 2:2187554/100‑1 (MQ=255) ccATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTg > 2:198758/1‑100 (MQ=255) ccATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTg > 2:123970/1‑100 (MQ=255) ggtggAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTGCAgc < 1:1501474/100‑1 (MQ=255) ggtggAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTGCAgc > 1:1615779/1‑100 (MQ=255) gtggAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTGCAgcg > 2:2960115/1‑100 (MQ=255) gtggAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTGCAgcg < 1:1424544/100‑1 (MQ=255) gtggAAGGTCCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTGCAgcg < 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ggTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTGCAGCGCCAGTg < 1:1242495/100‑1 (MQ=255) ggTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTGCAGCGCCAGTg < 2:1615770/100‑1 (MQ=255) ggTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTGCAGCGCCAGTg > 1:1589681/1‑100 (MQ=255) gTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTGCAGCGCCAGTGc > 2:1674304/1‑100 (MQ=255) cATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTGCAGCGCCAGTGCttt > 2:2727457/1‑100 (MQ=255) aTCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTGCAGCGCGAGTGCTTTc > 2:2767846/1‑100 (MQ=255) tCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTGCAGCGCCAGTGCTTTCt < 2:907802/100‑1 (MQ=255) tCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTGCAGCGCCAGTGCTTTCt < 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gCTGATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTGCAGCGCCAGTGCTTTCTGGCTACCCAGCACCAGAATCACCACTTCTTCGGCATcc > 1:95205/1‑100 (MQ=255) gATGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTGCAGCGCCAGTGCTTTCTGGCTACCCAGCACCAGAATCATCACTTCTTCGGCATCcagc < 1:1072106/100‑1 (MQ=255) aTGGCCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTGCAGCGCCAGTGCTTTCTGGCTACCCAGCACCAGAATCATCACTTCTTCGGCATCcagca < 1:2732750/100‑1 (MQ=255) tGGCCCACATATGGTTCACGAAACCTTCAACGGCGGCCTGCAGCGCCAGTGCTTTCTGGCTACCCAGCACCAGAATCATCACTTCTTCGGCATCcagcag > 2:2713994/1‑100 (MQ=255) | TCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGGTTCATCGCACACCATGATCGCTTTCGGATGCAGTTGCAGACAGCTGATGGTCCACATATGGTTCACGCAACCTTCAACGGCGGCCTGCAGCGCCAGTGCTTTCTGGCTACCCAGCACCAGAATCATCACTTCTTCGGCATCCAGCAG > NC_000913/702842‑703035 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |