| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2714380 | NA (NA) | 15 (0.160) | 9/164 | NT | NA | noncoding (98/98 nt) | RIP188 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP188 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site |
| ? | NC_000913 | = 4554508 | NA (NA) | noncoding (4/34 nt) | REP346 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP346 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTA > NC_000913/4554410‑4554607 | ttGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGg < 2:1170432‑M2/100‑2 (MQ=255)ttGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGg < 2:2327294‑M2/100‑2 (MQ=255) gACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgcc < 2:1765272‑M2/100‑4 (MQ=255) gACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgcc < 2:317703‑M2/100‑4 (MQ=255) aCCAGTTTTCGTTTTTTTTTTTTTTTTTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGcc > 1:2054292/1‑99 (MQ=255) aCCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgccg > 1:630183‑M2/1‑96 (MQ=255) gTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATa < 1:1409016/100‑1 (MQ=255) tttCGTTTTTTTGCCCACATGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAg > 1:713740/1‑100 (MQ=255) ttCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAg > 1:165856/1‑99 (MQ=255) cGTTTTTTTGTCTATTTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAACGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTTTATGCCGGATAAGGCg > 1:1518264/1‑100 (MQ=255) cGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCg < 2:2827366/100‑1 (MQ=255) gTTTTTTTTCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCg < 2:1101517/99‑1 (MQ=255) gTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGt < 2:113173/100‑1 (MQ=255) gTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGt > 2:795615/1‑100 (MQ=255) gTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTACCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTACAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCg > 2:403062/1‑99 (MQ=255) ttttttGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTc < 2:1201715/100‑1 (MQ=255) ttttttGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTc < 1:148688/100‑1 (MQ=255) tttttGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCa < 2:1930266/100‑1 (MQ=255) ttttGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAc > 1:1994196/1‑100 (MQ=255) tttGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcg < 1:1898837/100‑1 (MQ=255) tttGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcg > 2:2158540/1‑100 (MQ=255) gCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgccg > 1:1197599/1‑100 (MQ=255) gCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgccg > 2:860738/1‑100 (MQ=255) gCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgccg < 2:1502746/100‑1 (MQ=255) gCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgccg > 2:102986/1‑100 (MQ=255) cccACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAACATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAggccgc > 1:1210798/1‑100 (MQ=255) cACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAt > 2:457360/1‑100 (MQ=255) aCCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgccggatgcggcgtgaacgccttatc > 2:1865153‑M2/1‑74 (MQ=255) aCCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAt > 1:587102/1‑99 (MQ=255) aCCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATc > 2:254361/1‑100 (MQ=255) ccTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATTGTATAGTGTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgccggatgcggcgtgaacgccttatcc > 1:2009604‑M2/1‑73 (MQ=255) tGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgccggatgcggcgtgaacgccttatccgg > 2:149923‑M2/1‑71 (MQ=255) tGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCgg < 2:2614919/100‑1 (MQ=255) tGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCgg < 1:2469790/100‑1 (MQ=255) gTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgccggatgcggcgtgaacgccttatccggc > 2:1906632‑M2/1‑70 (MQ=255) gTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgccggatgcggcgtgaacgccttatccggc > 2:1730029‑M2/1‑70 (MQ=255) gTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgccggatgcggcgtgaacgccttatccggc > 2:2894499‑M2/1‑70 (MQ=255) ttcgtGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcc > 1:1765266‑M2/3‑69 (MQ=255) tACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTGACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgccggatgcggcgtgaacgccttatccggc > 1:439154‑M2/1‑69 (MQ=255) aCGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCaa > 1:252325/1‑100 (MQ=255) gTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctac > 2:878766‑M2/1‑66 (MQ=255) tGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCaaaaa > 2:170940/1‑100 (MQ=255) tGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCaaaaa > 1:1001233/1‑100 (MQ=255) gCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCCTTGTAGGCCGCATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCaaaatt < 2:1961896/100‑3 (MQ=255) ccAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGATTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAAtt > 1:314497/1‑100 (MQ=255) aaCTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTg < 2:1622444/100‑1 (MQ=255) aCTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTTAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCAGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTg < 1:998774/99‑1 (MQ=255) aCTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGa < 1:2726363/100‑1 (MQ=255) aCTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGa < 2:2094575/100‑1 (MQ=255) aCTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGa < 2:232163/100‑1 (MQ=255) cTTTCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGGAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTg < 2:125255/98‑1 (MQ=255) ttCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGAtt > 1:1061058/1‑100 (MQ=255) aGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAAcc > 2:1120024/1‑100 (MQ=255) aGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAAcc > 2:1927921/1‑100 (MQ=255) gCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCa > 1:875092/1‑100 (MQ=255) cTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCTTTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCACTTCCGGCAAAAATTTGAttgccc < 1:663118/96‑5 (MQ=37) aTGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTa > 2:2075921/1‑100 (MQ=255) tataGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACgg < 1:1120022/100‑1 (MQ=255) taGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGac < 1:1543089/100‑1 (MQ=255) taGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGac < 2:1247616/100‑1 (MQ=255) taGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGac < 2:415686/100‑1 (MQ=255) gTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGacac > 1:1524773/1‑100 (MQ=255) tttGAGATTAACGGGTGCCGTAAAATTGCCCGGTGTAGGCCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGAcaca < 1:276050/100‑1 (MQ=255) tttGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGAcaca < 2:1539395/100‑1 (MQ=255) tttGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGAcaca < 1:642123/100‑1 (MQ=255) gaTTAGCGGGGGCCGTGAAATTGCCCGTTGTGGGCGGGATAAGGCGTTCGCGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACAcc < 1:949087/100‑1 (MQ=38) 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1:1884055/100‑1 (MQ=255) tGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGAc > 2:1935601/1‑100 (MQ=255) tGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGAc > 1:2697634/1‑100 (MQ=255) gTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGAcc > 2:248575/1‑100 (MQ=255) gTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGAcc < 2:2119854/100‑1 (MQ=255) gTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGAcc < 1:2287260/100‑1 (MQ=255) tAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCt < 1:2150835/100‑1 (MQ=255) tAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCt < 2:1875454/100‑1 (MQ=255) aGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCtt > 1:1257173/1‑100 (MQ=255) aGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCtt > 2:2036808/1‑100 (MQ=255) ggCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTa > 2:1609977/1‑100 (MQ=255) ggCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTa > 2:153281/1‑100 (MQ=255) | TTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTA > NC_000913/4554410‑4554607 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |