| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1436228 | 64 (0.620) | 12 (0.130) | 5/162 | NT | 17.1% | coding (666/1134 nt) | ompN | outer membrane pore protein N, non‑specific |
| ? | NC_000913 | = 1436244 | 58 (0.620) | coding (650/1134 nt) | ompN | outer membrane pore protein N, non‑specific | |||||
TAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTT > NC_000913/1436146‑1436343 | tAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGc > 2:1015412‑M2/1‑99 (MQ=255)tAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGc < 1:1516263‑M2/100‑2 (MQ=255) aTCGTATTTGAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTCCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGACGAGGTGTATGccgca > 1:1809431‑M2/1‑95 (MQ=255) tCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGccgcac < 1:117516‑M2/100‑7 (MQ=255) cGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGccgcacc > 1:1567929‑M2/1‑93 (MQ=255) tttAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAgcgc < 2:437511/100‑1 (MQ=255) tttAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAgcgc > 2:509636/1‑100 (MQ=255) ttAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCt > 2:175828/1‑100 (MQ=255) tAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTa > 2:994604/1‑100 (MQ=255) aGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTaa < 2:1531210/100‑1 (MQ=255) cccAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAg < 2:889982/100‑1 (MQ=255) cagcagTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGcc < 2:1192370/100‑1 (MQ=255) agTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATg < 2:1898875/100‑1 (MQ=255) tCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGcc < 2:838870/100‑1 (MQ=255) ccACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCt > 1:714840/1‑100 (MQ=255) ccACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCt < 1:645966/100‑1 (MQ=255) cACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTa > 2:407861/1‑100 (MQ=255) aCGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTaa > 1:1866258/1‑100 (MQ=255) cgcgTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTaaa > 2:242059/1‑100 (MQ=255) cgcgTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTaaa > 1:1088411/1‑100 (MQ=255) cgTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATc > 2:2860039/1‑100 (MQ=255) cgTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATc < 2:1866266/100‑1 (MQ=255) cgTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATc < 1:1013285/100‑1 (MQ=255) cgTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATc < 1:2085897/100‑1 (MQ=255) tGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCatat < 2:1088413/100‑1 (MQ=255) gCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATAtg > 1:959469/1‑100 (MQ=255) tttATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATAtgtt > 2:1470568/1‑100 (MQ=255) tttATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATAtgtt > 1:836151/1‑100 (MQ=255) aTCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATAtgttgt > 1:2522445/1‑99 (MQ=255) aTCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATAtgttgt > 1:2567370/1‑99 (MQ=255) tCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTgg > 1:2475578/1‑100 (MQ=255) caccacCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGa < 1:2794290/100‑1 (MQ=255) accaccCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGaa > 2:2568666/1‑100 (MQ=255) ccaccCGCCGCAGTATGGTTAAGCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGaaa > 1:1685966/1‑100 (MQ=255) ccgccgCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGAcc < 2:864251/100‑1 (MQ=255) ccgccgCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGAc > 1:194455/1‑99 (MQ=255) cgccgtAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGCGGGGTCACAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCGCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGAccc < 1:2288458/100‑1 (MQ=255) cgcAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCa > 1:1825430/1‑99 (MQ=255) gTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATTGCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCg < 1:1894669/99‑1 (MQ=255) gTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCg < 2:940875/100‑1 (MQ=255) ttAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGt < 2:1931438/100‑1 (MQ=255) tAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGtt < 1:1728690/100‑1 (MQ=255) tAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGtt < 1:2082637/100‑1 (MQ=255) ttccgatcttGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTc < 2:1629450/92‑1 (MQ=255) tGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGccgcaccaatgaccaggttaaccatactgcggcgggtggtgataaagcagacgcgtggactgctgggct < 1:2339031‑M2/100‑70 (MQ=255) tGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCAt < 1:149974/100‑1 (MQ=255) gTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATgg < 2:2192564/100‑1 (MQ=255) cATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCg < 1:2203875/100‑1 (MQ=255) aTTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGccgcaccaatgaccaggttaaccatactgcggcgggtggtgataaagcagacgcgtggactgctgggctaaaat < 1:2510908‑M2/100‑75 (MQ=255) aTTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGGGCTAAGGCCCATGCGTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCGCCGTTTTCATGGCg > 1:2759805/1‑99 (MQ=255) aTTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGa < 2:2191915/100‑1 (MQ=255) ttGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGccgcaccaatgaccaggttaaccatactgcggcgggtggtgataaagcagacgcgtggactgctgggctaaatac < 1:625969‑M2/100‑76 (MQ=255) ttGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGccgcaccaatgaccaggttaaccatactgcggcgggtggtgataaagcagacgcgtggactgctgggctaaaata < 2:2779598‑M2/100‑76 (MQ=255) tGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGccgcaccaatgaccaggttaaccatactgcggcgggtggtgataaagcagacgcgtggactgctgggctaaaatac < 2:2459411‑M2/100‑77 (MQ=255) tGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCagatcggaa > 1:1629446/1‑92 (MQ=255) tGGTGCGGTCAAAAGAGGTGTATGccgcaccaatgaccaggttaaccatactgcggcgggtggtgataaagcagacgcgtggactgctgggctaaaatac < 2:2270473‑M2/100‑77 (MQ=255) ggTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGccgcaccaatgaccaggttaaccatactgcggcgggtggtgataaagcagacgcgtggactgctgggctaaaatacg < 2:2366165‑M2/100‑78 (MQ=255) ggTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGccgcaccaatgaccaggttaaccatactgcggcgggtggtgataaagcagacgcgtggactgctgggctaaaatacg < 2:54594‑M2/100‑78 (MQ=255) ggTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGccgcaccaatgaccaggttaaccatactgcggcgggtggtgataaagcagacgcgtggactgctgggctaaaatacg < 2:2461553‑M2/100‑78 (MQ=255) ggTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGccgcaccaatgaccaggttaaccatactgcggcgggtggtgataaagcagacgcgtggactgctgggctaaaatacg < 1:2692792‑M2/100‑78 (MQ=255) ggTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGccgcaccaatgaccaggttaaccatactgcggcgggtggtgataaagcagacgcgtggactgctgggctaaaatacg < 1:2606298‑M2/100‑78 (MQ=255) ggTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGccgcaccaatgaccaggttaaccatactgcggcgggtggtgataaagcagacgcgtggactgctgggctaaaatacg < 2:1570388‑M2/100‑78 (MQ=255) ggTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACa < 1:994602/100‑1 (MQ=255) ggTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACa > 2:1921504/1‑100 (MQ=255) tGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATc > 1:746892/1‑100 (MQ=255) ggggTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATc < 1:862150/97‑1 (MQ=255) gCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCa < 1:1130236/100‑1 (MQ=255) ccgTCAGAAGATGTGTATTCCGTACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGTAAATCCCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCa < 1:1871217/97‑1 (MQ=255) cGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGCGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCa > 2:731018/1‑99 (MQ=255) ggTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACg > 2:787521/1‑100 (MQ=255) ggTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACg > 1:2566835/1‑100 (MQ=255) gTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCTGCCGTCACCGTTTTCATTGCGAACATCAcat < 2:1956985/100‑3 (MQ=255) gTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGt > 2:1789590/1‑100 (MQ=255) gTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGt > 2:308686/1‑100 (MQ=255) gaagaGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCgt > 1:1006900/1‑100 (MQ=255) gaagaGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCgt < 1:212707/100‑1 (MQ=255) ggTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGttgttg > 2:1911835/1‑100 (MQ=255) gtgtATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTgg < 2:2729338/100‑1 (MQ=255) gtATGCCGCTCCAGCGCTAAAGCCCGTGCCTAAATTATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGttgttg < 1:435127/97‑1 (MQ=255) gtATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTg > 2:2825200/1‑100 (MQ=255) gtATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTg < 2:820301/100‑1 (MQ=255) aTGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGcc > 2:520974/1‑100 (MQ=255) aTGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGcc < 2:1137395/100‑1 (MQ=255) aTGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGcc < 2:1241853/100‑1 (MQ=255) aTGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGcc < 2:1242899/100‑1 (MQ=255) gCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCtt > 2:2555338/1‑100 (MQ=255) | TAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATATGTTGTGGAAAGACCCCAGCCGTCACCGTTTTCATGGCGAACATCACGTCCGTTGTTGGTGCCTT > NC_000913/1436146‑1436343 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |