| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,891,662 | C→T | 71.0% | P16P (CCC→CCT) | mdtL → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,891,662 | 0 | C | T | 71.0% | 153.9 / 78.4 | 113 | P16P (CCC→CCT) | mdtL | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/15); new base T (33/47); total (51/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGG > NC_000913/3891566‑3891759 | ctTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCctgcc < 1:1138674/100‑1 (MQ=255)ctTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCctgcc < 2:2408401/100‑1 (MQ=255) ccacGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGAt > 2:1258360/1‑100 (MQ=255) ccacGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGa > 1:39107/1‑99 (MQ=255) ccacGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGAt < 2:2902662/100‑1 (MQ=255) ccacGTATGCTTTGAGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGa > 1:2450718/1‑99 (MQ=255) gTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGTTTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTgtt > 2:2202353/1‑98 (MQ=255) tATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGata > 2:1710061/1‑100 (MQ=255) tATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGata < 2:2402024/100‑1 (MQ=255) tATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGata < 1:1687922/100‑1 (MQ=255) tATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGata > 2:1374871/1‑100 (MQ=255) tATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGata < 2:1754947/100‑1 (MQ=255) aTGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGatat < 1:316018/100‑1 (MQ=255) tGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATg < 1:997953/100‑1 (MQ=255) tGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATg > 1:279732/1‑100 (MQ=255) gCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGt > 1:2818944/1‑100 (MQ=255) tttGCGTCAGCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTa < 1:1910310/99‑1 (MQ=255) gCGTCACCTTACTATCAGGACGCGTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTc > 1:1251026/1‑100 (MQ=255) gTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGt > 2:1802591/1‑100 (MQ=255) gTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGt > 2:36579/1‑100 (MQ=255) aCCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTgg < 2:1732060/100‑1 (MQ=255) aCCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTg > 1:799168/1‑99 (MQ=255) ccTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGt < 1:1339841/100‑1 (MQ=255) ccTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGt > 1:1888667/1‑100 (MQ=255) ccTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGt < 2:169593/100‑1 (MQ=255) ccTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGt > 2:423449/1‑100 (MQ=255) cTTACTATCGGGACGTTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGtt < 1:2084354/100‑1 (MQ=255) tACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGAAATGTACCTCGTTGGTTTa > 2:246454/1‑100 (MQ=255) aCTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTAc < 1:682123/100‑1 (MQ=255) cTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTAcc > 2:2601779/1‑100 (MQ=255) cTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTAcc > 2:886392/1‑100 (MQ=255) aTCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTCCCTCGTTGGTTTACcgc < 2:2692989/100‑1 (MQ=255) tCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATTCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACcgcg < 1:1547342/100‑1 (MQ=255) tCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTGCcgcg < 1:1710056/100‑1 (MQ=255) tCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACcgcg < 2:1791962/100‑1 (MQ=255) tCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACcgcg > 1:904279/1‑100 (MQ=255) cAGGACGCTTTAGCTCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCgcgc < 2:661056/100‑1 (MQ=255) cAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACcgcg < 2:906006/99‑1 (MQ=255) cAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCgcgc < 1:11578/100‑1 (MQ=255) ggACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCa < 1:2865145/99‑1 (MQ=255) ggACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCAt > 2:1979527/1‑100 (MQ=255) aCGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATcg < 2:465784/100‑1 (MQ=255) cccTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATcgc > 2:1966767/3‑100 (MQ=255) cGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATcgc > 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gCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGAt < 1:1191761/100‑1 (MQ=255) gCCCATGTCCCGCTTCTTGATTGGTAGTTTTGCCCTGGTTTGACTTGATCCCGCCGCGATTGTTATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGGAGCgccgcc < 1:1859572/97‑1 (MQ=255) ccATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGAtct < 2:1213149/100‑1 (MQ=255) ccATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGAtct < 2:2674244/100‑1 (MQ=255) cATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCACCGAtctc < 1:1151687/100‑1 (MQ=255) tGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCaa < 1:505757/100‑1 (MQ=255) tCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATg < 2:531796/100‑1 (MQ=255) cccGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTATCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGc > 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2:2836107/1‑100 (MQ=255) tAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTg < 1:2838250/100‑1 (MQ=255) aGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGc < 1:343431/100‑1 (MQ=255) aGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGc < 2:279147/100‑1 (MQ=255) gatttGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCa < 2:1503362/98‑1 (MQ=255) ttttGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCat < 2:910320/100‑1 (MQ=255) tGCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATAtt < 2:1512325/100‑1 (MQ=255) gCCCTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTg < 2:2840919/100‑1 (MQ=255) cccTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGc < 1:150303/100‑1 (MQ=255) cccTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGc < 1:2583072/100‑1 (MQ=255) ccTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCg < 2:1729538/100‑1 (MQ=255) ccTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCg > 2:1801656/1‑100 (MQ=255) cTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTg < 1:804082/97‑1 (MQ=255) cTGGTTTTACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGt < 2:2115589/100‑1 (MQ=255) gTTTTACTTTATTCCGCCTGGACGCATATGCACCTCCTTGGTTGACCCCGCATCGCCGCCTATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATAGTGCGTtct < 1:1306493/100‑1 (MQ=255) ttttACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTtctc > 2:1914866/1‑100 (MQ=255) tttACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTcc < 2:1275983/100‑1 (MQ=255) tACTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGt > 1:2326641/1‑100 (MQ=255) aCTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGta < 2:2596964/100‑1 (MQ=255) aCTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGta < 2:244307/100‑1 (MQ=255) cTTTATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGATGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGtat > 2:1482900/1‑100 (MQ=255) tttATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGtata > 2:2402745/1‑100 (MQ=255) ttATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTatat > 2:2361984/1‑100 (MQ=255) ttATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTatat > 1:1294434/1‑100 (MQ=255) tATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATc > 1:2837665/1‑100 (MQ=255) tATCCTGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATc < 1:2576815/100‑1 (MQ=255) tCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTg > 2:1672153/1‑100 (MQ=255) | CTTCACCACGTATGCTTTGCGTCACCTTACTATCAGGACGCTTTAGCCCATGTCCCGCTTTTTGATTTGTAGTTTTGCCCTGGTTTTACTTTATCCCGCCGGGATTGATATGTACCTCGTTGGTTTACCGCGCATCGCCGCCGATCTCAATGCCAGCGAAGCGCAGTTGCATATTGCGTTCTCCGTATATCTGG > NC_000913/3891566‑3891759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |