| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 478,759 | A→G | 16.0% | intergenic (‑142/+22) | ylaB ← / ← ylaC | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase/DUF1449 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 478,759 | 0 | A | G | 16.0% | 278.8 / 42.0 | 124 | intergenic (‑142/+22) | ylaB/ylaC | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase/DUF1449 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (53/51); new base G (11/9); total (64/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TTGTGGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTG > NC_000913/478660‑478858 | ttGTGGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTa > 1:1923910/1‑100 (MQ=255) gtgGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACg > 1:75345/1‑100 (MQ=255) gtgGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGGAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACg > 2:349464/1‑100 (MQ=255) ggAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTTGTATTTCATGACGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGcc < 1:546685/100‑1 (MQ=255) ggAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGTAAAGCTCTGCGcc < 1:2899624/100‑1 (MQ=255) ggAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGcc > 2:51833/1‑100 (MQ=255) 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1:896497/100‑1 (MQ=255) aCGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTg > 1:712506/1‑100 (MQ=255) aCGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTg < 1:386203/100‑1 (MQ=255) aCGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTAATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTg < 1:2811089/100‑1 (MQ=255) | TTGTGGAAAAAGGCTGGCTGGAGATAAGGAGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGGAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAACTTAAGATGTTGATTCGGCGCGAGCGAGGGTAAAAATATCGTAAAAAGACAGTTCACCTTTACGGACGATCATTTTTTG > NC_000913/478660‑478858 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |