| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,062,371 | A→T | 18.4% | N42I (AAT→ATT) | yihN → | MFS transporter family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,062,371 | 0 | A | T | 18.4% | 295.2 / 59.2 | 130 | N42I (AAT→ATT) | yihN | MFS transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/57); new base T (12/12); total (60/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
ATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATAC > NC_000913/4062273‑4062468 | aTTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGTTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGAAGGAATATTTCCATTTGACCAAt > 1:1297304/1‑100 (MQ=255) tttAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATg > 1:1861170/1‑100 (MQ=255) tAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGt > 2:1702111/1‑100 (MQ=255) aGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTc < 2:1886136/100‑1 (MQ=255) aGTCTATTAACACTGTGTAGCGGTACAAATTCTAAATTACCGTCGCTGAAAAATGCGTCTTATATCCCGATGCAGAAATATTTCCATTTGACCACTGGt < 1:2225793/99‑1 (MQ=255) gTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCa > 2:789294/1‑100 (MQ=255) 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aaCACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGt < 1:1844631/100‑1 (MQ=255) acacTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTa > 2:1365283/1‑100 (MQ=255) cacTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTGCCATTTGACCAATGGTCGAATTGGTaa > 1:2869013/1‑100 (MQ=255) acTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAAt < 1:1368434/100‑1 (MQ=255) tgtgtgGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTTAAATTGGTAAtac < 2:1974479/100‑3 (MQ=255) tgtgtgGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGc < 1:20025/100‑1 (MQ=255) gtgtgGCGGTACAATTTATAAATTACCTTCGCTGAACGATGCGATTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCt < 1:1031274/100‑1 (MQ=255) gtgtgGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTGTATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCt < 1:2131443/100‑1 (MQ=255) gtgtgGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCt > 2:2414906/1‑100 (MQ=255) tgtgGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTa < 1:1364473/100‑1 (MQ=255) tgtgGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTa < 1:2850578/100‑1 (MQ=255) gtgGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTAt > 1:1291711/1‑100 (MQ=255) gtgGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTAt < 2:1313991/100‑1 (MQ=255) gtgGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTAt > 2:12491/1‑100 (MQ=255) gCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTc < 2:421155/100‑1 (MQ=255) gCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTCGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTc < 2:2643249/100‑1 (MQ=255) cGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCg < 2:1291713/100‑1 (MQ=255) tACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTa < 1:1575524/100‑1 (MQ=255) aCAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTaa > 2:2589286/1‑100 (MQ=255) aaTTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAAc > 2:1819236/1‑100 (MQ=255) ttATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCa < 2:2057201/100‑1 (MQ=255) ataAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCAtt < 2:932953/100‑1 (MQ=255) ataAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCAtt < 1:1187624/100‑1 (MQ=255) taAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCAttt > 2:2118991/1‑100 (MQ=255) aaTTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGt < 1:10555/100‑1 (MQ=255) aCCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTcacc < 2:1216731/100‑1 (MQ=255) gTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACcaca > 2:1070751/1‑100 (MQ=255) gTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACcaca > 1:1076626/1‑100 (MQ=255) cTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTgg > 1:800542/1‑100 (MQ=255) tGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTggg > 1:663734/1‑100 (MQ=255) gAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGc > 1:1977191/1‑100 (MQ=255) aaaGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCt < 2:2802808/100‑1 (MQ=255) aaGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCtt < 2:1431510/100‑1 (MQ=255) gATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCtttt > 1:926090/1‑100 (MQ=255) aTGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCttttt < 2:1931287/100‑1 (MQ=255) aTGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCttttt < 2:1544520/100‑1 (MQ=255) gCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACAAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTc < 1:105966/100‑1 (MQ=255) cGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCt < 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2:1218000/100‑1 (MQ=255) aaTTTGACCATTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATGTTGCCTATAAACTACcg > 2:246985/2‑99 (MQ=255) ttGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTGCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCa < 1:1432429/100‑1 (MQ=255) tGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAg < 1:1377461/100‑1 (MQ=255) tGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAg < 1:989972/100‑1 (MQ=255) tGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTCGCCGATAAACTATCGCGCa > 1:478269/1‑99 (MQ=255) gACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCgcgc > 1:448704/1‑97 (MQ=255) gACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGa < 2:3934/100‑1 (MQ=255) ccAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATa > 2:2568123/1‑100 (MQ=255) ccAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATa > 2:892663/1‑100 (MQ=255) ccAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATa < 1:2144155/100‑1 (MQ=255) cAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATac < 2:1548581/100‑1 (MQ=255) | ATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATAC > NC_000913/4062273‑4062468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |