| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,413,964 | C→T | 16.7% | intergenic (‑37/+20) | ralR ← / ← recT | Rac prophage; restriction alleviation protein/Rac prophage; recombination and repair protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,413,964 | 0 | C | T | 16.7% | 278.5 / 43.2 | 127 | intergenic (‑37/+20) | ralR/recT | Rac prophage; restriction alleviation protein/Rac prophage; recombination and repair protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/48); new base T (9/12); total (67/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
GCTTTCACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAGGATCGATTGTCAGTGGTTCC > NC_000913/1413866‑1414062 | gCTTTCACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCa < 2:2261338/100‑1 (MQ=255) cattaaaccttACTGATGGAAAAACACAAAATGGACATAGTTAAATATTTTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCa < 1:1889319/90‑1 (MQ=255) tttCACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCAtt > 2:2058010/1‑100 (MQ=255) ttCACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTTTTATATCTCATAATTTTTCTCATATAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTa < 1:389013/100‑1 (MQ=255) tCACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTac > 1:1832888/1‑100 (MQ=255) ccGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACAcc > 1:2016890/1‑100 (MQ=255) 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ggTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAGGATCGATTGTCAGTGGt < 2:1143279/100‑1 (MQ=255) gCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAGGATCGATTGTCAGTGGTTcc > 1:2009201/1‑100 (MQ=255) gCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAGGATCGATTGTCAGTGGTTcc < 2:1309765/100‑1 (MQ=255) gCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAGGATCGATTGTCAGTGGTTcc < 2:240198/100‑1 (MQ=255) | GCTTTCACCGTTACTGATGGACAACCACAAAATGGACATGGTTTAACATTGTCATATCTCATAATTTTTCTCATAAAAAATATTTCAAGTTGGCGGTGCATTACACCGCCAGGCTGAATTATTCCTCTGAATTATCGATTACACTGTATTCCCCGGTTAATACAGAGGAATCTGCAGGATCGATTGTCAGTGGTTCC > NC_000913/1413866‑1414062 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |