| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,489,197 | C→T | 100% | D322D (GAC→GAT) | aldA → | aldehyde dehydrogenase A, NAD‑linked |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,489,197 | 0 | C | T | 94.7% | 266.8 / 4.6 | 94 | D322D (GAC→GAT) | aldA | aldehyde dehydrogenase A, NAD‑linked |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/3); new base T (45/44); total (47/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
ACGTGTTTATGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGACATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGTTCGGT > NC_000913/1489098‑1489293 | aCGTGTTTATGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGAc > 2:2541687/1‑100 (MQ=255) tgtTTATGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATAtt > 1:2166124/1‑100 (MQ=255) gtTTATGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTg > 2:2355818/1‑100 (MQ=255) gtTTATGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTg > 2:931027/1‑100 (MQ=255) gtTTATGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTg < 1:1604605/100‑1 (MQ=255) ggttATGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTg > 2:1967374/3‑100 (MQ=255) tttATGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGc > 1:338818/1‑100 (MQ=255) tttATGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGc > 1:2630798/1‑100 (MQ=255) aTGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGAt < 2:2670567/100‑1 (MQ=255) gTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATgg < 2:1077254/100‑1 (MQ=255) tACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGACATTGCGATggg > 2:2568814/1‑100 (MQ=255) cAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGc > 1:2861731/1‑100 (MQ=255) gAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCCATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCg > 1:895639/1‑100 (MQ=255) gAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCg > 1:615582/1‑100 (MQ=255) gAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCg > 2:71758/1‑100 (MQ=255) gAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCg > 1:1408525/1‑100 (MQ=255) aaaGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGt > 1:1337938/1‑100 (MQ=255) aaaGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGATGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCg > 1:2277216/1‑99 (MQ=255) aGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGACGGGGCCGTTg < 1:1605540/100‑1 (MQ=255) gCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAATCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTATCCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGAt < 2:1996002/100‑1 (MQ=255) cATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCTCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGAtt < 1:1562266/100‑1 (MQ=255) 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2:1354944/100‑1 (MQ=255) cAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCgcgg < 2:615583/100‑1 (MQ=255) tCGTCAATGGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCTGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAGCGACATTGCGATGGTGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCt < 1:1290138/100‑1 (MQ=255) tCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGTAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCt > 2:1770887/1‑100 (MQ=255) cGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAAcgcagatcggaag > 1:1516376/1‑90 (MQ=255) cGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTg < 1:2720057/100‑1 (MQ=255) cGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTg > 1:2817002/1‑100 (MQ=255) cGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGACATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTg < 1:1280545/100‑1 (MQ=255) cGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACAATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGTGGCGCTg < 2:1521532/100‑1 (MQ=255) cGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAAAGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGGTg > 2:2156301/1‑100 (MQ=255) gTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGCTGATTAACGCCGCGGCGCTgg > 1:972028/1‑100 (MQ=255) cAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGaa > 2:947117/1‑100 (MQ=255) aaTCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGaaa > 2:309032/1‑100 (MQ=255) aTCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAg > 1:2602616/1‑100 (MQ=255) ggCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAgggg > 2:773734/1‑99 (MQ=255) ggCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCGGGGAAggg > 2:1346077/1‑99 (MQ=255) gCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTc > 1:1517473/1‑100 (MQ=255) cTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCg < 2:2025130/100‑1 (MQ=255) cTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCg < 2:478877/100‑1 (MQ=255) tGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGa < 2:119874/100‑1 (MQ=255) tGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGa < 1:48448/100‑1 (MQ=255) gggTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAg < 1:1477364/100‑1 (MQ=255) gggTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAg < 2:958997/100‑1 (MQ=255) gggTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGACATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAg < 2:2118573/100‑1 (MQ=255) tGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCaa > 1:2863838/1‑100 (MQ=255) gAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCaaa > 2:2565227/1‑100 (MQ=255) gCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAg < 2:2445103/100‑1 (MQ=255) gATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTg > 2:1733025/1‑100 (MQ=255) gATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATGAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTg > 2:2040781/1‑100 (MQ=255) gATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATGGCGACGGTGACGTGGATGAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGGAAGAAGTg > 2:2305169/1‑100 (MQ=255) tGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGgc < 2:2121911/100‑1 (MQ=255) ncAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGgcg > 1:1070920/2‑100 (MQ=255) cAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGgcgc > 1:645049/1‑100 (MQ=255) cAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGGCGAGCAAAAAGTGgcgc > 2:1876111/1‑100 (MQ=255) ggCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGgcgcgc < 2:1210254/100‑1 (MQ=255) ggCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGACATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGgcgcgc > 1:1041390/1‑100 (MQ=255) ggTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCa > 2:1157063/1‑100 (MQ=255) ttCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGt < 1:1326613/100‑1 (MQ=255) ttCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGt > 2:2532462/1‑100 (MQ=255) ttCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGt < 2:2265043/100‑1 (MQ=255) ttCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGt < 2:2329754/100‑1 (MQ=255) tCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTa < 1:350993/100‑1 (MQ=255) tCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATAGTGCGATGGTGCCGTTGATGAACGCCGCTGCGCTGGGCAGGTTGGAGCAAGAAGTGGCGCGCGCAGt > 2:2909327/1‑99 (MQ=255) cAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGTGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTag < 1:1528733/100‑1 (MQ=255) aaTTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTaga > 1:213954/1‑100 (MQ=255) aaTTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTaga > 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ccccGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCg > 1:2286328/1‑100 (MQ=255) ccGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCgag > 2:211790/1‑100 (MQ=255) ccGCTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCgag < 1:2820113/100‑1 (MQ=255) cTGAACGCAAGGATATGGCGATTGGGCCGTTGATTAACGGCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGC‑AAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGTGAGt < 1:2463218/99‑1 (MQ=255) cTGAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAACAAAAAGTGGCGCGCGCAGCAGAAGAAGGGGCGAGAGt < 1:428222/100‑1 (MQ=255) gAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTgg < 1:2517455/100‑1 (MQ=255) gAACGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTgg < 1:1057636/100‑1 (MQ=255) aaCGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTggn < 2:1070922/100‑2 (MQ=255) cGCAACGCTAGTGCGATGGGGACGTTGATGAGCGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAGAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGctt < 1:21236/100‑3 (MQ=255) cGCAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGt > 2:1008895/1‑100 (MQ=255) cAACGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGTTc < 2:1400155/100‑1 (MQ=255) aaCGATATTGAGATGGGGTCGTTAATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGTTc < 2:350779/99‑1 (MQ=255) cGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGTTCGGt > 2:1072821/1‑100 (MQ=255) cGATATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGTTCGGt < 1:1346075/100‑1 (MQ=255) | ACGTGTTTATGTACAGAAAGGCATTTATGATCAGTTCGTCAATCGGCTGGGTGAAGCGATGCAGGCGGTTCAATTTGGTAACCCCGCTGAACGCAACGACATTGCGATGGGGCCGTTGATTAACGCCGCGGCGCTGGAAAGGGTCGAGCAAAAAGTGGCGCGCGCAGTAGAAGAAGGGGCGAGAGTGGCGTTCGGT > NC_000913/1489098‑1489293 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |