| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,410,053 | (T)9→8 | intergenic (+47/‑80) | rlmB → / → yjfI | 23S rRNA mG2251 2'‑O‑ribose methyltransferase, SAM‑dependent/DUF2170 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,410,045 | 0 | T | . | 94.7% | 606.3 / 26.0 | 151 | intergenic (+39/‑88) | rlmB/yjfI | 23S rRNA mG2251 2'‑O‑ribose methyltransferase, SAM‑dependent/DUF2170 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/2); new base . (59/84); total (65/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.56e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
CCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATG‑AAAAGCCATCCAGATTTGGATGGTTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAAT‑ATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACATGG > NC_000913/4409946‑4410141 | ccTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATG‑AAAAGCCATCCAGATTTGGATGGt > 1:3011621/1‑100 (MQ=255)ccTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATG‑AAAAGCCATCCAGATTTGGATGGt > 1:1770527/1‑100 (MQ=255) gAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATG‑AAAAACCATCCAAATCTGGATGGcttt < 1:231185/100‑1 (MQ=38) cgatctggTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATG‑AAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttt < 2:278523/94‑1 (MQ=255) gTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTATTTTCTCAGAATTATG‑AAAAGCCATCCAGATTTGGATGGtttttttt < 2:1817913/100‑1 (MQ=255) gTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATG‑AAAAACCATCCAAATCTGGATGGcttttcat < 2:2638610/100‑4 (MQ=37) 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gAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATG‑AAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAg < 2:2496909/100‑1 (MQ=255) aaTTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATG‑AAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGa < 2:1535222/100‑1 (MQ=255) aaTTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATG‑AAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGa > 1:294784/1‑100 (MQ=255) aTTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATG‑AAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGAt > 2:2656548/1‑100 (MQ=255) tttGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCTGAATTATG‑AAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATa < 2:569954/100‑1 (MQ=255) ttGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATG‑AAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATaa > 1:2468022/1‑100 (MQ=255) cTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATG‑AAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTa < 2:935506/100‑1 (MQ=255) 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aaaaGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAAT‑ATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTatat < 1:1471078/100‑1 (MQ=255) aaaccATCCAAATCTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAAT‑ATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATgg > 1:416467/4‑100 (MQ=255) aGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAAT‑ATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATgg < 2:2207320/99‑1 (MQ=255) gCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAAT‑ATTCATTTTATTAATATTTAATCTTAATCTATATGGaa > 2:335709/1‑100 (MQ=255) ccATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAAT‑ATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGaat < 1:1675/100‑1 (MQ=255) tCCAAATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGTTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAAT‑ATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGaataat < 2:738224/100‑1 (MQ=255) ccAGATTTGGATGGTTTTTTTTT‑TTTTTTTTTTGTAAGATAATTACGTATTGCAAAT‑ATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAataata > 2:679359/1‑100 (MQ=255) 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gATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAAT‑ATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACATg < 2:485424/100‑1 (MQ=255) gATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAAT‑ATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACATg < 1:2053455/100‑1 (MQ=255) | CCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATG‑AAAAGCCATCCAGATTTGGATGGTTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAAT‑ATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACATGG > NC_000913/4409946‑4410141 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |