| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,128,359 | C→T | A13T (GCT→ACT) | metJ ← | transcriptional repressor, S‑adenosylmethionine‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,128,359 | 0 | C | T | 99.2% | 406.8 / NA | 120 | A13T (GCT→ACT) | metJ | transcriptional repressor, S‑adenosylmethionine‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (57/62); total (58/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
TGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGATGTGGGTAC > NC_000913/4128262‑4128455 | tGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAgtgt < 1:103131/100‑1 (MQ=255) gacgacGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTa > 2:3185490/1‑100 (MQ=255) acgCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATggg > 1:2619631/1‑100 (MQ=255) gcgtgcgtTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCt < 2:2958427/100‑1 (MQ=255) cgtgcgtTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGTCTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTg > 1:1693820/1‑100 (MQ=255) gtgcgtTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTgn < 2:1652269/100‑2 (MQ=255) 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2:650738/1‑100 (MQ=255) cATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTc > 1:607293/1‑100 (MQ=255) aTCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTcg < 2:1335139/100‑1 (MQ=255) aTCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTcg > 1:1850198/1‑100 (MQ=255) aTCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTcg < 2:79124/100‑1 (MQ=255) tCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTcgc < 2:515531/100‑1 (MQ=255) cGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTcgcc < 2:1474556/100‑1 (MQ=255) cGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTcgcc < 2:3135454/100‑1 (MQ=255) 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2:2062215/1‑100 (MQ=255) aGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTcc > 1:212411/1‑100 (MQ=255) aTTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCAtt > 2:2521872/1‑100 (MQ=255) tttttAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTc < 2:2631708/100‑1 (MQ=255) tttttAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTc < 1:798184/100‑1 (MQ=255) tttAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAg < 2:2497450/100‑1 (MQ=255) tttAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATATTTTTGACTTGTCCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGATGATATATTCGCCGCTCCATTCAg > 2:2759751/1‑100 (MQ=255) aaCACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCa > 1:2928343/1‑100 (MQ=255) acacCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCAt > 2:797412/1‑100 (MQ=255) cacCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTTTTTTTTTTTCTCTTCTTACCGTGCTCAGTGTATGGTCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCAt > 2:3031522/1‑99 (MQ=255) cacCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATg < 2:2619598/100‑1 (MQ=255) cacCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATg < 1:1910134/100‑1 (MQ=255) acCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATga < 1:2284580/100‑1 (MQ=255) acCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATga < 2:3193651/100‑1 (MQ=255) ccTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATgag > 1:2716310/1‑100 (MQ=255) ccTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATgag > 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2:1669173/100‑1 (MQ=255) ccGTAATCTTTGTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTTCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGt < 2:2858856/100‑1 (MQ=255) cGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTc < 1:1304528/100‑1 (MQ=255) cGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTc < 2:2860501/100‑1 (MQ=255) cGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTc < 1:1393956/100‑1 (MQ=255) gTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCa < 1:687732/100‑1 (MQ=255) tAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCaa < 1:844587/100‑1 (MQ=255) tCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATaa < 2:686974/100‑1 (MQ=255) 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gCTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCCTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGATGTggg < 2:1746676/100‑1 (MQ=255) cTCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAGATTGAGACCAGACCACACAGTTGATGTGGGt > 2:1233236/1‑100 (MQ=255) tCAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGATGTGGGTa > 1:833741/1‑100 (MQ=255) cAGTGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGATGTGGGTAc > 2:2665273/1‑100 (MQ=255) | TGACGACGCGTGCGTTCATCGGTGAGGATTTTTAACACCTTAAGAGGAATGGAAACCGTAATCTTTTTGACTTGTTCACTCTTCTTGCCGTGCTCAGCGTATGGGCTGATATATTCGCCGCTCCATTCAGCCATGAGATACTTAATCCTCTTCGTCAATAAATTGAGACCAGACCACACAGTTGATGTGGGTAC > NC_000913/4128262‑4128455 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |