| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 460,991 | G→A | A702T (GCA→ACA) | lon → | DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 460,991 | 0 | G | A | 95.5% | 349.1 / 4.2 | 110 | A702T (GCA→ACA) | lon | DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/4); new base A (65/40); total (66/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAG > NC_000913/460894‑461087 | ggAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACa < 1:1152184/100‑1 (MQ=255) gAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACaa > 1:914597/1‑100 (MQ=255) aGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATg > 1:1017491/1‑100 (MQ=255) gTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGAc > 2:731672/1‑100 (MQ=255) tGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGAcc < 2:1161308/100‑1 (MQ=255) gCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCg > 2:1871085/1‑100 (MQ=255) gACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGt < 2:2418948/100‑1 (MQ=255) aCGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTg < 1:2169503/100‑1 (MQ=255) aCGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTg < 2:3026245/100‑1 (MQ=255) aCGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTACCGATGTGACAATGACCGGTg < 2:258762/100‑1 (MQ=255) gCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTgag > 1:30408/1‑100 (MQ=255) cGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGAt > 2:323902/1‑100 (MQ=255) gAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATc > 2:383244/1‑100 (MQ=255) gATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCActc < 2:3194204/100‑1 (MQ=255) gATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCActc > 2:2755162/1‑100 (MQ=255) ggTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGc > 1:509611/1‑100 (MQ=255) ggTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGc > 2:171268/1‑100 (MQ=255) ggTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGc > 2:2400982/1‑100 (MQ=255) ggTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGc > 1:199585/1‑100 (MQ=255) ggTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGc > 1:1128913/1‑100 (MQ=255) gTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCg < 2:2324684/100‑1 (MQ=255) gTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCg > 1:1264454/1‑100 (MQ=255) gTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCg < 2:920840/100‑1 (MQ=255) gTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCg < 1:2307896/100‑1 (MQ=255) gTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCg < 1:731680/100‑1 (MQ=255) ccGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTg > 2:2189625/1‑100 (MQ=255) cGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTgg > 1:1048762/1‑100 (MQ=255) gCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAgg > 2:933862/1‑100 (MQ=255) gCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAgg > 2:1105148/1‑100 (MQ=255) gCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAgg > 1:666975/1‑100 (MQ=255) ccGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGt < 1:2259635/100‑1 (MQ=255) ccGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGt > 1:2333927/1‑100 (MQ=255) ccGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGt > 1:1774477/1‑100 (MQ=255) ggTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTAc > 1:3014358/1‑100 (MQ=255) gTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACt > 2:3005879/1‑100 (MQ=255) tATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTg < 2:1181490/100‑1 (MQ=255) ttGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCTGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGcc < 2:2079751/100‑1 (MQ=255) ttGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGcc < 2:2333900/100‑1 (MQ=255) gCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGa > 1:1895749/1‑100 (MQ=255) gCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGa > 1:772818/1‑100 (MQ=255) gCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGa > 1:2036297/1‑100 (MQ=255) gCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGa > 2:3013488/1‑100 (MQ=255) cTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGAt > 2:1372862/1‑100 (MQ=255) cTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGAt < 2:707197/100‑1 (MQ=255) tATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATc > 1:1628108/1‑100 (MQ=255) tATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATc > 2:3202313/1‑100 (MQ=255) tgtgCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCgg > 1:2968464/1‑100 (MQ=255) tgCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCggtg < 1:75022/100‑1 (MQ=255) tgCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCggtg > 2:3223648/1‑100 (MQ=255) tgCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCggtg < 2:2458663/100‑1 (MQ=255) gCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCggtgg > 1:1158393/1‑100 (MQ=255) gCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCggtgg > 2:338655/1‑100 (MQ=255) gCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCggtgg > 1:1456451/1‑100 (MQ=255) ccGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGttt < 2:1597041/100‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCggtggt < 2:1253403/97‑1 (MQ=255) cgcgCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTg < 2:1628089/100‑1 (MQ=255) gcgcTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTg > 1:794095/1‑99 (MQ=255) cgcTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTgaa < 2:902763/100‑1 (MQ=255) gcTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTgaaa < 1:1077783/100‑1 (MQ=255) gcTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTgaaa > 1:628507/1‑100 (MQ=255) cTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATTGGTGGTTTgaaag < 2:2021282/100‑1 (MQ=255) cTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTgaaag < 2:914585/100‑1 (MQ=255) cTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTgaaa > 1:2474896/1‑99 (MQ=255) cTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTACCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTgaaag > 2:2154619/1‑100 (MQ=255) tGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTgaaaga > 2:1938081/1‑100 (MQ=255) tGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTgaaaga < 1:379916/100‑1 (MQ=255) ggTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTgaaagaa > 1:1508091/1‑100 (MQ=255) ggTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTgaaagaa < 2:620235/100‑1 (MQ=255) gTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTgaaagaaa < 2:3014322/100‑1 (MQ=255) tttCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTATGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGGTTGAAAGacaa > 1:2765407/1‑100 (MQ=255) tCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAAc < 1:3029429/100‑1 (MQ=255) cTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACt > 1:2406565/1‑100 (MQ=255) tGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCAATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTc > 2:763555/1‑99 (MQ=255) ngCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTc > 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1:550352/1‑100 (MQ=255) ttCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGcggcgg < 1:644048/100‑1 (MQ=255) ttCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGcggcgg < 1:2451529/100‑1 (MQ=255) ttCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGcggcgg < 1:2004152/100‑1 (MQ=255) tCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCggg < 2:227539/100‑1 (MQ=255) tCGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCggg > 2:176867/1‑100 (MQ=255) cGTGCCGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGa > 2:2419521/1‑100 (MQ=255) taccGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTATGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGAtt > 1:2197242/3‑100 (MQ=255) tGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGAtt < 1:1590405/100‑1 (MQ=255) cGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTaaa < 1:933874/100‑1 (MQ=255) cGATGTGACAATGACCGGTGAGATCACTCTGAGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTaaa < 1:2970037/100‑1 (MQ=255) gtgACAATGACCGGTGAGATCAGTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAg > 2:1892324/1‑100 (MQ=255) | GGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCACTCTGCGTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAG > NC_000913/460894‑461087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |