| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,469,733 | (T)8→7 | 100% | coding (603/1332 nt) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,469,726 | 0 | T | . | 71.2% | 238.8 / 188.7 | 139 | coding (596/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/22); new base . (47/52); total (65/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
CAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAGGTGTTGTTG > NC_000913/2469628‑2469824 | cAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCatattatatt > 1:1374339/1‑100 (MQ=255) aTAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttt > 1:552046/1‑100 (MQ=255) aaaTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttt < 1:1643854/100‑1 (MQ=255) taTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttt < 1:1628283/99‑1 (MQ=255) aaTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttt < 1:1220360/100‑1 (MQ=255) aTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATGTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttta > 2:1628267/1‑99 (MQ=255) aTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttt < 2:1349836/100‑1 (MQ=255) aTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttg < 1:2472941/100‑2 (MQ=255) aTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttg < 1:2417689/100‑2 (MQ=255) aTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttg < 2:1512747/100‑2 (MQ=255) tCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCTTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTg < 2:1298704/100‑1 (MQ=255) tCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttg < 1:476836/99‑2 (MQ=255) cTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttgat < 1:789324/100‑4 (MQ=255) tATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGTTAATAATATCTACTGCTAAAAATAAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttgata < 1:921203/100‑5 (MQ=255) tATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATATTGTATTCATATTATAtttttttgat < 2:1186665/99‑4 (MQ=255) tATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttgata > 1:320837/1‑96 (MQ=255) tATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttgata < 1:2556612/100‑5 (MQ=255) tATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGAt < 2:736927/100‑1 (MQ=255) aTGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttgatan < 1:1690867/100‑6 (MQ=255) aTGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TATTTTTGATAg > 2:1745346/1‑100 (MQ=255) tGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAg < 2:2339435/100‑1 (MQ=255) 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1:2248335/100‑1 (MQ=255) ttttttCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAatt > 1:83625/1‑100 (MQ=255) ttttttCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAatt < 2:1274521/100‑1 (MQ=255) ttttCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAattat < 1:2352810/100‑1 (MQ=255) ttCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAAttatta < 2:195052/100‑1 (MQ=255) ttCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAAttatta < 2:185683/100‑1 (MQ=255) cGTTACTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTaaa < 1:2349400/100‑1 (MQ=255) gTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAAt > 1:1187724/1‑100 (MQ=255) 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1:2048436/100‑1 (MQ=255) atatCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATg < 1:1373569/100‑1 (MQ=255) ntACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGAAACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCgt > 2:312672/2‑99 (MQ=255) cTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCgtg < 2:92054/100‑1 (MQ=255) cTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCgtg < 1:1498991/100‑1 (MQ=255) cTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCgtggtg > 1:2582680/1‑100 (MQ=255) cTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAAATAATTATTAAATCTGTAATATGCgtggtg > 1:2151926/1‑100 (MQ=255) cTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAAAAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCgtggtg > 2:1752005/1‑100 (MQ=255) 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atatTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAat > 1:1342630/1‑100 (MQ=255) atTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTTTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCTTCCatat > 2:2446772/1‑100 (MQ=255) tAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATAttt > 2:2319343/1‑100 (MQ=255) aaCCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATAttt < 1:1763158/100‑1 (MQ=255) aaCCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTg < 2:2496552/100‑1 (MQ=255) aCCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGc < 1:43873/100‑1 (MQ=255) ccccACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCa < 1:1664598/100‑1 (MQ=255) 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1:2325693/1‑99 (MQ=255) atattata‑ttTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAGgtg < 2:1292345/100‑1 (MQ=255) atattata‑ttTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAGgt > 2:120841/1‑99 (MQ=255) tattTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAGGTgttgtt < 2:726578/100‑1 (MQ=255) attTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAGGTGttgttg < 1:1292433/100‑1 (MQ=255) | CAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAGGTGTTGTTG > NC_000913/2469628‑2469824 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |