| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 481,225 | T→G | 16.1% | intergenic (‑517/+29) | tomB ← / ← acrB | Hha toxicity attenuator; conjugation‑related protein/multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 481,225 | 0 | T | G | 16.1% | 326.7 / 62.1 | 132 | intergenic (‑517/+29) | tomB/acrB | Hha toxicity attenuator; conjugation‑related protein/multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/61); new base G (9/12); total (59/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
TGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCA > NC_000913/481126‑481324 | tGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCt < 2:487672/100‑1 (MQ=255) gAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCtt < 2:330321/100‑1 (MQ=255) gAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCtt > 2:1822494/1‑100 (MQ=255) gAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCtt > 1:1717336/1‑100 (MQ=255) aaTTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTa < 2:1372222/100‑1 (MQ=255) nttttATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTAc > 2:1345602/2‑100 (MQ=255) ttttATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCGTaag < 2:887364/100‑3 (MQ=255) tttATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATGCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTAcgc < 2:1579974/100‑1 (MQ=255) tATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCgg < 2:684814/100‑1 (MQ=255) aTCCGTTGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCGTAAGCGGc < 1:2016486/100‑1 (MQ=255) tCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGcc > 2:533023/1‑100 (MQ=255) ccGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCGTAAGCGGCCt < 2:1395533/100‑1 (MQ=255) gTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCTTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTa < 1:1043171/100‑1 (MQ=255) ggTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCTTGATTTGGTATTTTAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCGTAAGCGGCCttttt < 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tAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGAt < 2:185101/100‑1 (MQ=255) tAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCGTAAGCGGCCttttttat < 2:1140528/100‑7 (MQ=39) aaTACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGTGTTGTTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGAtt < 1:378873/100‑1 (MQ=255) aaTACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCGTAAGCGGCCttttttatg < 1:1976441/100‑8 (MQ=38) aaTACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCGTAAGCGGCCttttttatg < 1:1844080/100‑8 (MQ=38) aaTACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCGTAAGCGGCCttttttatg < 1:2160622/100‑8 (MQ=38) aaTACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCGTAAGCGGCCttttttatg < 1:122859/100‑8 (MQ=38) aaTACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCGTAAGCGGCCttttttatg < 1:1179076/100‑8 (MQ=38) tACTGGTTTTCTTTTGAGTTCTGTAGTTGGTGGTTTAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGAtt < 1:1085839/98‑1 (MQ=255) aCTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTTCTCCTTCATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTaca > 1:237117/1‑100 (MQ=255) aCTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTTCTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTaca < 1:1033690/100‑1 (MQ=255) aCTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTC‑ATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTacac > 2:1916528/1‑100 (MQ=255) cTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTacac > 2:1164271/1‑100 (MQ=255) tGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACg < 2:1019391/100‑1 (MQ=255) gTTTTCGTATGAGATTCTGAGTTGTTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGtt < 1:396549/100‑1 (MQ=255) 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aTCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAAtgatga < 1:517174/100‑1 (MQ=255) ccTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATc < 1:2163632/100‑1 (MQ=255) tGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGa > 2:1781091/1‑100 (MQ=255) gAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGAc < 1:582970/100‑1 (MQ=255) aGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACa < 1:737298/100‑1 (MQ=255) gTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAg > 2:2302759/1‑100 (MQ=255) ttGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGt < 1:1129162/100‑1 (MQ=255) tggtTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTAt < 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2:1438164/1‑100 (MQ=255) ccGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAac > 1:1870299/1‑99 (MQ=255) cTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAaccacc < 1:2463065/100‑1 (MQ=255) ttACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAAccacca < 1:1916546/100‑1 (MQ=255) | TGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCA > NC_000913/481126‑481324 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |