| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,410,053 | (T)9→8 | 100% | intergenic (+47/‑80) | rlmB → / → yjfI | 23S rRNA mG2251 2'‑O‑ribose methyltransferase, SAM‑dependent/DUF2170 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,410,045 | 0 | T | . | 95.6% | 564.9 / 14.6 | 131 | intergenic (+39/‑88) | rlmB/yjfI | 23S rRNA mG2251 2'‑O‑ribose methyltransferase, SAM‑dependent/DUF2170 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/2); new base . (56/69); total (60/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
CCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGTTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACATGGA > NC_000913/4409946‑4410142 | ccTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGt > 1:1811370/1‑100 (MQ=255) aaCGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttt > 1:2152989/1‑100 (MQ=255) cGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttt > 2:2663989/1‑100 (MQ=255) cGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttt < 2:2384616/100‑1 (MQ=255) cGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttt > 2:124829/1‑100 (MQ=255) cGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttt > 2:2608934/1‑100 (MQ=255) cGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAACCATCCAAATCTGGATGGcttttca < 2:2876549/100‑3 (MQ=38) cGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAACCATCCAAATCTGGATGGcttttca < 2:901183/100‑3 (MQ=38) gTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGtttttttt < 2:1039786/100‑1 (MQ=255) gTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAACCATCCAAATCTGGATGGcttttcat < 1:949225/100‑4 (MQ=37) tttCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttg < 2:498319/100‑2 (MQ=255) tttCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttg < 1:1769351/100‑2 (MQ=255) tttCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttg > 1:2311282/1‑99 (MQ=255) tttCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttg < 2:394953/100‑2 (MQ=255) tttCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttg < 2:1575299/100‑2 (MQ=255) ttCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGTTTTTTTTTg < 2:2410794/100‑1 (MQ=255) tCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttgtc < 2:1452967/100‑4 (MQ=255) tCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAACCATCCAAATCTGGATGGcttttcataat < 2:1762140/100‑7 (MQ=37) cGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttgtct < 2:2990646/100‑5 (MQ=255) gTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCtat < 2:3343676/100‑1 (MQ=255) gCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGc < 2:1343594/100‑1 (MQ=255) cGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCt > 1:214815/1‑100 (MQ=255) cGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCt > 2:2074634/1‑100 (MQ=255) cGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCt > 2:260279/1‑100 (MQ=255) cGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCt > 2:765715/1‑100 (MQ=255) aCCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTgg < 2:1648420/100‑1 (MQ=255) ccGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGt > 2:408662/1‑100 (MQ=255) cGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTa < 1:2496471/100‑1 (MQ=255) ggAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTaa < 1:1706723/100‑1 (MQ=255) ggAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTaa < 1:1706939/100‑1 (MQ=255) ggAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTaa < 2:2501060/100‑1 (MQ=255) ggAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTaa > 1:1819792/1‑100 (MQ=255) gAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAg < 1:2354013/100‑1 (MQ=255) aTTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGAt > 2:1758774/1‑100 (MQ=255) tGCTTATGTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCATAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATa < 1:2873662/98‑1 (MQ=255) gCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAAtt > 1:2988259/1‑100 (MQ=255) cTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCCTCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATa > 1:760536/1‑96 (MQ=255) tATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACg < 1:2754910/100‑1 (MQ=255) tATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACg > 2:1993595/1‑100 (MQ=255) aTTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGt > 1:1570700/1‑100 (MQ=255) tttGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTa > 1:562998/1‑100 (MQ=255) tGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGTTTTTTTTT‑TTTTTTGTTGGTAAGATAATTACGTAtt > 1:1179738/1‑100 (MQ=255) tGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTAtt < 2:2241195/100‑1 (MQ=255) tGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTAtt > 1:1592604/1‑100 (MQ=255) aaGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGc > 2:1224663/1‑100 (MQ=255) gCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCaa > 1:1201277/1‑100 (MQ=255) gTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAata > 1:514711/1‑100 (MQ=255) tGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAatat > 2:385291/1‑100 (MQ=255) gcgcCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATAtt < 2:1646460/100‑1 (MQ=255) cgcCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTc > 2:1530763/1‑100 (MQ=255) ccAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGTTTTTTTTT‑TCTTTTTCTTGTAAGATAATTACGTATTTCAAATATTCAt > 1:2051542/1‑100 (MQ=255) ccAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCAt < 1:1344342/100‑1 (MQ=255) aGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGTAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCAtt < 1:722997/99‑1 (MQ=255) gcgcAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCAtttt < 2:2043649/100‑1 (MQ=255) cgcAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTtta < 1:813359/100‑1 (MQ=255) gcAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTttat > 1:1027956/1‑100 (MQ=255) gcAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTttat < 2:1078581/100‑1 (MQ=255) aGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGTTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTttatt > 1:930584/1‑99 (MQ=255) tAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAata < 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> 2:3345769/1‑100 (MQ=255) tCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGaataat < 1:385288/100‑1 (MQ=255) ccAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAataata < 2:1570678/100‑1 (MQ=255) ccAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAataata > 1:1499158/1‑100 (MQ=255) cAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATATCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAatat > 1:2598227/1‑100 (MQ=255) aaatctGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAatata > 2:2493160/6‑100 (MQ=255) aGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAatata < 1:2608915/100‑1 (MQ=255) aTTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATg < 2:528997/100‑1 (MQ=255) aTTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATg < 2:1027965/100‑1 (MQ=255) aTTTGGATGG‑GTTTTTTTGTCTATAGCTTGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATg < 1:2942645/100‑1 (MQ=255) tttGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGa > 2:2774531/1‑100 (MQ=255) tGGTTTTTTTTT‑TCTATAACTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGATTAATATATGAccttaa > 1:2437857/1‑95 (MQ=255) | CCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGTTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACATGGA > NC_000913/4409946‑4410142 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |