| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,573,528 | A→G | 100% | pseudogene (1115/1503 nt) | yjiT → | pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,573,528 | 0 | A | G | 99.4% | 581.2 / ‑4.9 | 160 | pseudogene (1115/1503 nt) | yjiT | pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (76/82); total (77/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
GTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGACAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGCA > NC_000913/4573429‑4573623 | aaaGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTATTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAg < 1:3418505/100‑1 (MQ=255) aGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTg > 2:750144/1‑100 (MQ=255) aGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTg > 2:2575837/1‑100 (MQ=255) aGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTg > 2:2271468/1‑100 (MQ=255) gAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGaaa < 1:3312023/100‑1 (MQ=255) gAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGaaa > 2:1278650/1‑100 (MQ=255) 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1:683903/100‑1 (MQ=255) aaaTCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCg < 2:1068574/100‑1 (MQ=255) aaTCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGt < 2:125255/100‑1 (MQ=255) aTCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGtt < 2:1693290/100‑1 (MQ=255) tCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTa < 2:1757189/100‑1 (MQ=255) cATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTaa > 2:1553839/1‑99 (MQ=255) aTCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGTCTCGTGCTGGACGGGTGGTTGTTGGGCGCACTAACCTTGACGTCAGCGACATCGCCCTCGGTGAGGTGCCGATAAc > 1:798773/1‑99 (MQ=255) aTCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAAcc > 2:3387538/1‑100 (MQ=255) 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aaCTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCg > 2:2550094/1‑100 (MQ=255) aCTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGa > 2:3176696/1‑100 (MQ=255) cTTGATGGCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGaa > 2:1420018/1‑100 (MQ=255) gatggCAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAagca < 2:1477896/100‑1 (MQ=255) | GTAAAAGCGAAGTGAGATTTGGCAGGCAAAATCCATCGGCAGGTTTGTCGTTAGTGGCTCGTGCTGGAGGGATGATTGTTGGGAGCATTAAACTTGATGACAGTGAAATTGCCATTGGTGAGGTGCCGTTAACCTTCATCGTTGATGCAGATCAATGGCTGTTACAGGGACAGGCTTCTTGCAGTGTGCGAAGCA > NC_000913/4573429‑4573623 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |