| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,698,281 | A→G | 31.1% | V300V (GTT→GTC) | malI ← | transcriptional repressor of Mal regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,698,281 | 0 | A | G | 31.1% | 153.2 / 101.2 | 119 | V300V (GTT→GTC) | malI | transcriptional repressor of Mal regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/45); new base G (21/16); total (58/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTT > NC_000913/1698184‑1698377 | taaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGAGTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAAc > 1:2075615/1‑100 (MQ=255) aaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACa > 2:1083550/1‑100 (MQ=255) aGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAg < 2:1678356/100‑1 (MQ=255) gATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAgg < 2:608272/100‑1 (MQ=255) gATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAgg < 2:1897296/100‑1 (MQ=255) aTTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGt < 2:2090954/100‑1 (MQ=255) tGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGtat > 2:130493/1‑100 (MQ=255) gCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGtata > 2:2101199/1‑100 (MQ=255) cGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTatat < 2:3397388/100‑1 (MQ=255) cGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTatat > 2:186885/1‑100 (MQ=255) cGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTatat > 2:1999824/1‑100 (MQ=255) cGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTatat > 2:3069788/1‑100 (MQ=255) aaTGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATatcatc < 1:878173/100‑1 (MQ=255) aTGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATAtcatca < 2:68478/100‑1 (MQ=255) gCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAg < 1:1752615/100‑1 (MQ=255) gTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGGGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAgtg > 2:1020772/1‑100 (MQ=255) tctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGtgg < 1:949248/100‑1 (MQ=255) tctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGtgg > 1:2510052/1‑100 (MQ=255) ctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGCGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGtgtg > 1:148665/1‑98 (MQ=255) ttCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGtggtt < 1:1947375/100‑1 (MQ=255) cATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGtggttgg < 2:3452152/100‑1 (MQ=255) cATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGtggttgg < 2:1850896/100‑1 (MQ=255) cATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGtggttgg < 2:3427354/100‑1 (MQ=255) cATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGtggttgg < 1:2222143/100‑1 (MQ=255) tGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGgtg < 1:1714363/100‑1 (MQ=255) tGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGgtg < 1:1157362/100‑1 (MQ=255) tGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGgtg < 1:1631190/100‑1 (MQ=255) gggTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGgtgt > 2:1006212/1‑100 (MQ=255) ggTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTc < 2:482153/100‑1 (MQ=255) ggTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTc > 2:1639505/1‑100 (MQ=255) gTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTc > 1:1558067/1‑99 (MQ=255) gTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCg > 2:2529292/1‑100 (MQ=255) gTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCg < 2:820682/100‑1 (MQ=255) tGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGc < 2:1760927/100‑1 (MQ=255) tGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGc < 1:2651328/100‑1 (MQ=255) cttttttGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCGAGTGTGGTTGGTGTCGCAt > 1:3067971/2‑100 (MQ=255) ttttttGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATc > 2:1652155/1‑100 (MQ=255) tttttGCATCATGCGATCCGGAAGTGTGATACCAGGTTCCCGCGCTGGCGTGCTTGCCCAGGTAACAGGTAGATCATCAAGTGTGGTTTGTGTCGCATc < 1:1139416/99‑1 (MQ=255) tttGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGt < 1:1992450/100‑1 (MQ=255) tGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTaa < 1:415891/100‑1 (MQ=255) catcatGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAAt < 1:2025827/100‑1 (MQ=255) atcatGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATg > 1:1238545/1‑100 (MQ=255) atcatGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATg < 2:2181464/100‑1 (MQ=255) tcatGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATgc > 1:847012/1‑100 (MQ=255) tGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATgccgc < 2:2585711/100‑1 (MQ=255) cGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCa > 1:804355/1‑100 (MQ=255) gaaccGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAg < 1:288584/97‑1 (MQ=255) gATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAg < 2:1849519/100‑1 (MQ=255) aTCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGc > 1:1635317/1‑100 (MQ=255) aTCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGc > 2:1178531/1‑100 (MQ=255) tCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCg < 1:674679/100‑1 (MQ=255) tCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCg < 2:1620009/100‑1 (MQ=255) ccGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGa < 2:1741601/100‑1 (MQ=255) ccGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGa > 2:2991105/1‑100 (MQ=255) cGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGaa > 1:2462567/1‑100 (MQ=255) gCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGaaa > 1:3071879/1‑100 (MQ=255) aaGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAAcc < 2:2085602/100‑1 (MQ=255) aGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCt > 2:3362955/1‑100 (MQ=255) tgtgATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGt < 2:1558082/100‑1 (MQ=255) tgtgATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGATAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGt > 1:1846589/1‑100 (MQ=255) gtgATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGtt > 2:3276134/1‑100 (MQ=255) tgATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTg > 1:566857/1‑100 (MQ=255) gATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGc < 2:2442912/100‑1 (MQ=255) gATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGc < 1:1031264/100‑1 (MQ=255) aTACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCt < 1:3110750/100‑1 (MQ=255) tACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTc > 1:2282041/1‑100 (MQ=255) tACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTc > 1:1733588/1‑100 (MQ=255) aCCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCa < 1:2316474/100‑1 (MQ=255) ccAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCaa > 2:3376949/1‑100 (MQ=255) ccAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCaa < 2:3195918/100‑1 (MQ=255) ccAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCaa > 2:2492468/1‑100 (MQ=255) ccAAGTTCCCGCGATGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCaa > 2:2343938/1‑100 (MQ=255) aaGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAg < 2:2073966/100‑1 (MQ=255) aaGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAg < 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aGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCt < 1:1205233/100‑1 (MQ=255) ggTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCtt > 2:3061584/1‑100 (MQ=255) ggTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCtt > 1:2815755/1‑100 (MQ=255) ggTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCt < 1:2770133/99‑1 (MQ=255) | TAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTT > NC_000913/1698184‑1698377 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |