| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,156,112 | T→C | A117A (GCT→GCC) | holB → | DNA polymerase III, delta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,156,112 | 0 | T | C | 94.9% | 259.7 / 0.8 | 78 | A117A (GCT→GCC) | holB | DNA polymerase III, delta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base C (35/39); total (37/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
AAAATACGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCCGCGAGCCTGAA > NC_000913/1156015‑1156208 | aaaaTACGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGAtgccgc < 1:1642590/100‑1 (MQ=255) aaaTACGCGGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGAtgccgc < 2:1583862/99‑1 (MQ=255) aaTACGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCt < 1:37649/100‑1 (MQ=255) aaTACGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCt > 1:1989576/1‑100 (MQ=255) ncTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAGTGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTa > 2:767620/2‑100 (MQ=255) cTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTaa > 1:2052265/1‑100 (MQ=255) tGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAAc < 1:916064/100‑1 (MQ=255) ggCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCg > 1:2475657/1‑100 (MQ=255) tGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGAcgcc < 1:1782717/100‑1 (MQ=255) gCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCgg < 1:759038/100‑1 (MQ=255) nggTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGc > 1:1447903/2‑100 (MQ=255) cGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGc < 1:1675571/100‑1 (MQ=255) ggTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCt > 2:1086741/1‑100 (MQ=255) tgcGTGAGGTCACCGAAATGCTTGATGAGCACGCAGGCTTGGGTGGTGCGAAAGTCGTTAGGGTAACCGCTGCTGCCTTACTCAACGCCGCCGCggatc > 2:1888292/3‑96 (MQ=255) tACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTaa < 1:2667513/100‑1 (MQ=255) cGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACg < 1:1604276/100‑1 (MQ=255) cGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATCCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACg > 2:2135895/1‑100 (MQ=255) gTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGc > 2:62688/1‑100 (MQ=255) gTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGc > 2:2078530/1‑100 (MQ=255) gAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCAt < 1:1983416/100‑1 (MQ=255) ggTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTg > 2:752168/1‑100 (MQ=255) ggTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTg > 1:2406845/1‑100 (MQ=255) ggTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTg > 2:424603/1‑100 (MQ=255) gTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGc < 1:1110855/100‑1 (MQ=255) cagagAAAAGCGTAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTGTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTg < 2:2726879/96‑1 (MQ=255) cACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTg < 2:1910214/100‑1 (MQ=255) cACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGAGGCTAACGCATTGCTg > 2:1619481/1‑100 (MQ=255) ccGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGaa < 1:2599515/100‑1 (MQ=255) ccGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGaa > 2:221489/1‑100 (MQ=255) gAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGaaaa > 1:658803/1‑100 (MQ=255) gAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGaaaa > 1:2086637/1‑100 (MQ=255) gAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGaaaa > 2:854250/1‑100 (MQ=255) aaGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGc < 2:2052248/100‑1 (MQ=255) aGCTGAGTGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCt < 1:767625/100‑1 (MQ=255) aGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCt > 2:657463/1‑100 (MQ=255) aGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCt > 2:960848/1‑100 (MQ=255) aGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCt < 1:1783869/100‑1 (MQ=255) aGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCt < 1:1684701/100‑1 (MQ=255) gCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCtt < 2:1427794/100‑1 (MQ=255) gCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCtt > 2:2163356/1‑100 (MQ=255) gCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCtt < 1:1086748/100‑1 (MQ=255) gCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCtt < 1:952721/100‑1 (MQ=255) cTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTg < 2:715939/100‑1 (MQ=255) tGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGa > 1:2129612/1‑100 (MQ=255) gAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGaa < 2:2475638/100‑1 (MQ=255) gAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGaa > 1:1728285/1‑100 (MQ=255) tGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAagag < 1:1661496/100‑1 (MQ=255) naGCACGCACGCTCAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCCGAAACCGCTTGAAGAGc > 2:1711244/2‑100 (MQ=255) aGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGcc < 1:304538/100‑1 (MQ=255) aGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGcc < 2:444059/100‑1 (MQ=255) cacgcacgCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGcc > 2:2276655/1‑98 (MQ=255) acgcacgcTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGccacc < 1:1732839/100‑1 (MQ=255) acgcacgcTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGccacc < 2:1999001/100‑1 (MQ=255) acgcacgcTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGccacc < 1:421048/100‑1 (MQ=255) cacgcTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACcagc < 1:2523215/100‑1 (MQ=255) ggtggtGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACtt > 1:840674/1‑100 (MQ=255) ggtggtGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACtt > 1:2614442/1‑100 (MQ=255) tggtgCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTgg < 1:1595653/100‑1 (MQ=255) ggtgCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGt < 1:782553/100‑1 (MQ=255) tgCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGttt > 1:1044744/1‑100 (MQ=255) tgCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGACGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCAACAGCAGGAACGTGGt > 2:2564554/1‑98 (MQ=255) gCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGtttt > 2:2159333/1‑100 (MQ=255) gCGAAAGCCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGttt > 1:1450687/1‑99 (MQ=255) gAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTc < 2:1056601/100‑1 (MQ=255) aaaGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTcc < 2:1728271/100‑1 (MQ=255) aaGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCt < 1:2116260/100‑1 (MQ=255) aaGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCt < 2:2614423/100‑1 (MQ=255) aaGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCt < 2:543364/100‑1 (MQ=255) aGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCCGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTg > 2:1766435/1‑100 (MQ=255) gTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTgg < 1:2578080/100‑1 (MQ=255) tCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGc < 2:1562183/100‑1 (MQ=255) tCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGc < 2:1225578/100‑1 (MQ=255) gTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTa > 2:2044130/1‑100 (MQ=255) gTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCcgcg > 1:196604/1‑100 (MQ=255) aCCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCCGCGAgn < 2:2689456/100‑2 (MQ=255) aCCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCCGCGAGc > 1:2032844/1‑100 (MQ=255) aCCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCCGCGAGc > 2:13437/1‑100 (MQ=255) ccGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCCGCGAGcc < 1:1619494/100‑1 (MQ=255) ccGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCCGCGAGcc < 2:39706/100‑1 (MQ=255) cGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCCGCGAGCCt > 1:2414823/1‑100 (MQ=255) tgccgcCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCCGCGAGCCTGaa > 2:1304228/1‑100 (MQ=255) tgccgcCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCCGCGAGCCTGaa > 1:2089282/1‑100 (MQ=255) | AAAATACGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCCGCGAGCCTGAA > NC_000913/1156015‑1156208 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |