| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | 100% | insB1–insA | insB1, insA | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503–1979270 | 1979278 | 9–776 | 114 [0] | [1] 111 | insB1–insA | insB1, insA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 87 (0.920) | 58/162 | NT | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB1 | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/IS1 transposase B |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein | |||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCG > NC_000913/1978403‑1978601 | cTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG > 2:744009‑M1/1‑100 (MQ=255)cTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG < 2:68489‑M1/100‑1 (MQ=255) gTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:1643507‑M1/1‑98 (MQ=255) aCTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtata < 2:64764‑M1/100‑5 (MQ=255) cTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataa > 2:343006‑M1/1‑95 (MQ=255) cTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataa > 1:1871321‑M1/1‑95 (MQ=255) tCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTAAACATAAATGtataag > 1:1700443‑M1/1‑94 (MQ=255) cGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataag < 2:283179‑M1/99‑7 (MQ=255) gTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtc < 1:786759‑M1/100‑9 (MQ=255) tCACTCCACGCACCTACAACGGACGGGGGCTGCGCCTATCAATAATCCGTACTGCAAATCACACAAAACACACAATTACTTAACATAAATgtataactc > 1:1835031/1‑91 (MQ=255) aCTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcata > 2:1426040‑M1/1‑89 (MQ=255) aCTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcata > 2:1420727‑M1/1‑89 (MQ=255) cTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatac > 1:2080386‑M1/1‑88 (MQ=255) acacGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatactt > 2:1640851‑M1/1‑86 (MQ=255) cacGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttt > 2:2072422‑M1/1‑85 (MQ=255) cGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttg < 2:2222590‑M1/100‑18 (MQ=255) cGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttg < 1:2489995‑M1/100‑18 (MQ=255) acaTACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttt < 2:2871692‑M1/100‑21 (MQ=255) acaTACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttt > 2:2422804‑M1/1‑80 (MQ=255) tACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgg < 2:1001146‑M1/100‑24 (MQ=255) aCAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttggg < 1:2369219‑M1/100‑25 (MQ=255) aCAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttggg < 2:2070949‑M1/100‑25 (MQ=255) cAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACATAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttggg < 1:721167‑M1/99‑25 (MQ=255) cAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggt > 1:2335190‑M1/1‑75 (MQ=255) cAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggt > 1:1373590‑M1/1‑75 (MQ=255) cAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttggg < 1:1412368‑M1/99‑25 (MQ=255) gAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatt > 1:2791809‑M1/1‑70 (MQ=255) gAGGGGGGCTACGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCGATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgagtgta < 1:301231‑M1/98‑29 (MQ=255) gggggCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtaatacatttgttttgggtgtattt > 1:2272092‑M1/1‑67 (MQ=255) gggCTGCGATGTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTATCATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc < 1:204446‑M1/97‑33 (MQ=255) ggCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatc < 2:2632381‑M1/100‑37 (MQ=255) ggCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatc < 1:1865834‑M1/100‑37 (MQ=255) ggCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataaggcatacttttgttttgggtgtatttcaatc < 1:2071440‑M1/100‑37 (MQ=255) cTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttggttgtatttcaatctg > 1:331917‑M1/1‑62 (MQ=255) cTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctg < 2:2430939‑M1/100‑39 (MQ=255) cTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctg < 2:1627286‑M1/100‑39 (MQ=255) tGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgt > 1:1100742‑M1/1‑61 (MQ=255) gATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaa < 2:138784‑M1/100‑43 (MQ=255) aTTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACCCAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaa > 1:2468150‑M1/1‑57 (MQ=255) aTTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaa > 2:2028935‑M1/1‑57 (MQ=255) aTTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaa > 1:1539971‑M1/1‑57 (MQ=255) ttCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaag < 2:2756287‑M1/100‑47 (MQ=255) ttCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaag < 1:2447293‑M1/100‑47 (MQ=255) tCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagt > 1:2184079‑M1/1‑53 (MQ=255) aataatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttt < 2:1804845‑M1/100‑50 (MQ=255) aataatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttatgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttt > 1:2450230‑M1/1‑51 (MQ=255) taatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttttt > 2:3040‑M1/1‑49 (MQ=255) aatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttc < 1:2913933‑M1/100‑53 (MQ=255) aatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttc < 1:2641119‑M1/100‑53 (MQ=255) tGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgc > 1:543988‑M1/1‑46 (MQ=255) gCGTGATGCAGATCACACAAAACACGCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtggatttcaatctgttaaaaagtttttcg < 2:2479034‑M1/98‑54 (MQ=255) cGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgcta > 1:1073400‑M1/1‑44 (MQ=255) cGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgcta < 1:2072410‑M1/100‑57 (MQ=255) cGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgcta > 2:2067380‑M1/1‑44 (MQ=255) tGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacg > 2:1779552‑M1/1‑42 (MQ=255) 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aaTGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaatggg > 1:1176960‑M1/1‑4 (MQ=255) aaTGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaatggg < 2:840179‑M1/100‑97 (MQ=255) gtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagcaagcaaaaatgaaacaggaataatcgaaatgggatg > 2:2134607‑M1/1‑1 (MQ=255) | CTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCG > NC_000913/1978403‑1978601 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |