| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,111,961 | T→C | 15.2% | pseudogene (130/963 nt) | yghE ← | pseudogene, secretion pathway protein, L‑type protein homology; putative general secretion pathway for protein export (GSP) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,111,961 | 0 | T | C | 15.2% | 327.2 / 50.8 | 145 | pseudogene (130/963 nt) | yghE | pseudogene, secretion pathway protein, L‑type protein homology; putative general secretion pathway for protein export (GSP) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/72); new base C (7/15); total (58/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
CCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGC > NC_000913/3111863‑3112058 | ccGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATg > 2:2365976/1‑100 (MQ=255) cGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGt < 1:626237/100‑1 (MQ=255) tGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTgc < 1:360584/100‑1 (MQ=255) gcgcATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTgcg < 1:2880393/100‑1 (MQ=255) gcgcATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTgcg > 2:2105002/1‑100 (MQ=255) cgcATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTgcgc > 2:2688782/1‑100 (MQ=255) cgcATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTgcgc < 2:545697/100‑1 (MQ=255) cgcATCGCAAGCCATAAACCAACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTgcgc > 1:1909558/1‑100 (MQ=255) cgcACCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGCCATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTgcgc < 1:870510/100‑1 (MQ=255) gcATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTgcgc > 1:2877378/1‑99 (MQ=255) gcATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCa > 2:1875833/1‑100 (MQ=255) gcATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCa < 1:2285767/100‑1 (MQ=255) gcATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCa > 1:40368/1‑100 (MQ=255) cATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCag < 2:289077/100‑2 (MQ=255) atcacAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagt < 2:106863/96‑3 (MQ=255) aTCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCata < 2:2477611/100‑1 (MQ=255) aTCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCata < 2:872809/100‑1 (MQ=255) aTCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagt < 1:1172948/100‑3 (MQ=255) tCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCata > 2:950192/1‑99 (MQ=255) tCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagtg < 2:2105237/100‑4 (MQ=255) tCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagtg < 2:1490812/100‑4 (MQ=255) tCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagtg < 2:1567170/100‑4 (MQ=255) tCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagtg < 1:2745262/100‑4 (MQ=255) cGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATg < 2:2697657/100‑1 (MQ=255) gCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGc > 1:2716709/1‑100 (MQ=255) gCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagtggt < 1:2421094/100‑6 (MQ=255) gCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagtggt < 1:743121/100‑6 (MQ=255) cAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCt > 1:605300/1‑100 (MQ=255) cAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagtggtt < 1:1889227/100‑7 (MQ=255) aaGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTg > 2:1007048/1‑100 (MQ=255) aaGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAACATTGCGCagtggttg < 2:2852126/100‑8 (MQ=255) gCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGtt < 2:809048/100‑1 (MQ=255) ccATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTg < 2:2918697/100‑1 (MQ=255) ccATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTg < 1:1138328/100‑1 (MQ=255) cATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTTCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTgg > 2:550950/1‑100 (MQ=255) tAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTg < 2:17783/100‑1 (MQ=255) tAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTg < 1:2030259/100‑1 (MQ=255) aaCCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGaa < 2:946475/100‑1 (MQ=255) ncccACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAAt > 2:1670863/2‑100 (MQ=255) aCCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAAt < 1:2305513/100‑1 (MQ=255) cccACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATc > 2:2146554/1‑100 (MQ=255) cccACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATc < 2:644497/100‑1 (MQ=255) ccACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCa > 2:1999025/1‑100 (MQ=255) caAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTg < 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gACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTg > 2:2137432/1‑100 (MQ=255) gACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATATTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACg > 1:303043/1‑96 (MQ=255) cATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGcc < 2:2907151/100‑1 (MQ=255) cATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGcc > 2:2747091/1‑100 (MQ=255) cATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGcc < 2:751517/100‑1 (MQ=255) cATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGcc < 1:394010/100‑1 (MQ=255) tCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAg < 1:1095925/100‑1 (MQ=255) tCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAg > 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tCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCt > 2:921433/1‑100 (MQ=255) ccGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTg < 2:1877774/100‑1 (MQ=255) cGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTgg < 2:2177458/100‑1 (MQ=255) ggCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGt > 2:548183/1‑100 (MQ=255) gcgcGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTc < 2:605303/100‑1 (MQ=255) gcgcGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTc < 2:2588567/100‑1 (MQ=255) gcgACGGTAGCGCGGGTGATTCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGGTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCg > 1:805120/1‑99 (MQ=255) cgACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGat < 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gcgcAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGtt > 2:2169779/1‑100 (MQ=255) gcAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCa > 2:1268393/1‑100 (MQ=255) cAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACCGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAg > 1:1554224/1‑100 (MQ=255) aaTGTTGCGCATATACTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGc < 1:2366199/100‑1 (MQ=255) | CCGTTGCGCATCGCAAGCCATAAACCCACAAGGAATGGACATCCAGTCCGGCGCGACGGTAGCGCGGGTGATGCCGTTTTCCTGCAACCACTGCGCAATGTTGCGCATATGCTGTTGGTGAATCACTGCTACGGTTGCCAGTTGCTGGTCGATATTCAACGGGGCGAAATGCAGTTCATCGATATCCTGGTTCAGC > NC_000913/3111863‑3112058 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |