| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,471,357 | C→T | 17.1% | intergenic (‑28/+43) | tufA ← / ← fusA | translation elongation factor EF‑Tu 1/protein chain elongation factor EF‑G, GTP‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,471,357 | 0 | C | T | 17.1% | 268.0 / 42.4 | 118 | intergenic (‑28/+43) | tufA/fusA | translation elongation factor EF‑Tu 1/protein chain elongation factor EF‑G, GTP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/52); new base T (14/6); total (60/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.41e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
ACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCAT > NC_000913/3471258‑3471455 | ccGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTccc > 2:77323/1‑100 (MQ=255) ccGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTcc < 1:2857059/99‑1 (MQ=255) cGTGGTCAACGTGGCCGATAATACAAACATTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTCACTATAGTGCTCTcccc > 1:91718/1‑100 (MQ=21) gTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTTCTCTCCCCt > 1:813128/1‑100 (MQ=255) tGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCtt < 1:798837/100‑1 (MQ=255) gTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCa < 2:482898/100‑1 (MQ=255) gTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCa > 1:2247428/1‑100 (MQ=255) gTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACGATAGTGCTCTCCCCTTCa < 2:578998/100‑1 (MQ=255) tCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAg > 1:2910123/1‑100 (MQ=255) tCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAg < 2:1131641/100‑1 (MQ=255) aCGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGgag < 2:1471780/100‑1 (MQ=255) gTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGgagag < 1:454345/100‑1 (MQ=255) ggCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGgaga > 1:125282/1‑97 (MQ=255) ccGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCa > 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1:1113375/100‑1 (MQ=255) aaCGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTgg < 1:334624/100‑1 (MQ=255) aaCGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTgg < 2:1879856/100‑1 (MQ=255) aCGTTAACGTGTTGTTTTGTTCGTTCAAATTATAAATTAAAAAAAGATATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGt < 1:1759235/100‑1 (MQ=255) aCGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCGATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGt < 1:1176569/100‑1 (MQ=255) cGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTgg < 1:334714/98‑1 (MQ=255) cGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTa > 2:1322632/1‑100 (MQ=255) cGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTa > 2:406370/1‑100 (MQ=255) 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ttCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTAcc < 1:1072030/100‑1 (MQ=255) cAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCa > 2:2911086/1‑99 (MQ=255) cAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCAc > 2:1885899/1‑100 (MQ=255) aaTTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTTTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACg > 1:192655/1‑99 (MQ=255) aaTTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACGATAGTGATCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACgg < 1:2050635/100‑1 (MQ=255) aTTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACggg < 2:1394420/100‑1 (MQ=255) aTTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACgg < 1:1410142/99‑1 (MQ=255) ttttCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |