| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,291,513 | T→C | 18.2% | M1A (GTG→GCG) †‡ | nrfE → | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,291,513 | 0 | T | C | 18.2% | 310.5 / 64.9 | 150 | M1A (GTG→GCG) † | nrfE | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/53); new base C (12/15); total (82/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
AGTTGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGCCTGCCATGATGCGACTCACTTGCATCGGCATTCTGGCGCAGTTCGCGCTCCTG > NC_000913/4291416‑4291610 | aGTTGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAATTCGGTTTTGTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACgtgt > 1:1888560/1‑100 (MQ=255) gTTGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGtt > 2:1297393/1‑100 (MQ=255) gTTGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGtt > 2:2628162/1‑100 (MQ=255) gTTGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGtt > 2:2628509/1‑100 (MQ=255) gTTGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGtt < 1:1297388/100‑1 (MQ=255) gTTGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGtt > 1:1496592/1‑100 (MQ=255) ttGTCGGTGGCCTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCATTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGtt < 1:1094193/99‑1 (MQ=255) ttGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTg < 2:2758544/100‑1 (MQ=255) tGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGa > 1:2187238/1‑100 (MQ=255) cGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGAAGGTTTCTGGACGTATTGCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGAccc > 1:1081914/1‑100 (MQ=255) ggTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACACGTTGAcccc < 1:222233/100‑1 (MQ=255) ggTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACACGTTGAcccc < 2:2891987/100‑1 (MQ=255) ggTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACACGTTGAcccc < 1:1889732/100‑1 (MQ=255) gTGGCGTAAGCCAGAAAAGTGGTGGTTTCTGGACGTATTGCGTCCGGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACACGTTGAcccc < 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1:1826488/1‑100 (MQ=255) ccAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACACGTTGACCCCgagacttaaca > 2:1077958/1‑90 (MQ=37) cAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCtt > 1:477694/1‑100 (MQ=255) gAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTcg < 2:1200617/100‑1 (MQ=255) gAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCCGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTcg > 2:2427284/1‑100 (MQ=255) gAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCGGCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGc < 1:2416088/95‑1 (MQ=255) aaGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCgg > 1:1978015/1‑100 (MQ=255) agagGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCggg < 2:551910/100‑1 (MQ=255) agagGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCggg < 1:2823547/100‑1 (MQ=255) agGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAg < 2:484933/100‑1 (MQ=255) ggtggtTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGt > 1:2101440/1‑100 (MQ=255) tggtTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGc > 2:1339563/1‑100 (MQ=255) gtTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCgg < 2:2466112/100‑1 (MQ=255) ctttCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCg > 1:565974/2‑99 (MQ=255) tttGTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGGGCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGGGCGGt < 1:2504549/100‑1 (MQ=255) ttCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTGTGGCGTAGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGTCCTTCGCGGAAGTGCGGtt > 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cGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTgg > 2:2154316/1‑100 (MQ=255) cGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGGTGCTAAGACTCGGGGTCAGCGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTgg < 1:2836449/100‑1 (MQ=255) aTTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGcc > 2:284515/1‑99 (MQ=255) aTTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGc > 1:2659310/1‑98 (MQ=255) ccttcctGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGCCTGcc > 2:504798/1‑100 (MQ=255) ccttcctGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGCCTGcc < 1:1403302/100‑1 (MQ=255) cttcctGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGCCGGCCTTCGCGGGAGCGCGGTTGCGCTGGACTGcc > 1:2426764/1‑99 (MQ=255) tcctGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGCCTGCCatg < 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cAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGCCTGCCATGATGCGACTCACTTGCATCGGCATTCTGGCGCAGTTCGCGCTc > 1:1192717/1‑100 (MQ=255) aaCGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGCCTGCCATGATGCGACTCACTTGCATCGGCATTCTGGCGCAGTTCGCGCTcc > 2:1590369/1‑100 (MQ=255) cGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGCCTGCCATGATGCGACTCACTTGCATCGGCATTCTGGCGCAGTTCGCGCTCctg > 1:312920/1‑100 (MQ=255) cGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGCCTGCCATGATGCGACTCACTTGCATCGGCATTCTGGCGCAGTTCGCGCTCctg < 1:504795/100‑1 (MQ=255) | AGTTGACGGTGGCGTAAGCCAGAAAAGAGGTGGTTTCTGGACGTATTCCTTCCTGAAGTCGGTTTTCTGGCGTTGTTGTTAAGTCTCGGGGTCAACGTGTTGACCCCGTTGACGGCCTTCGCGGGAGTGCGGTTGCGCTGGCCTGCCATGATGCGACTCACTTGCATCGGCATTCTGGCGCAGTTCGCGCTCCTG > NC_000913/4291416‑4291610 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |