| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,327,213 | C→T | 16.4% | T121I (ACC→ATC) | rluB → | 23S rRNA pseudouridine(2605) synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,327,213 | 0 | C | T | 16.4% | 194.9 / 24.9 | 79 | T121I (ACC→ATC) | rluB | 23S rRNA pseudouridine(2605) synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/38); new base T (3/10); total (31/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.36e-01 | |||||||||||
GTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCG > NC_000913/1327114‑1327312 | gTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTcaccac > 2:2533480/1‑100 (MQ=255) tCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCaccacc < 1:2096813/100‑1 (MQ=255) ccAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCg > 2:556259/1‑100 (MQ=255) ccAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCg < 2:2542841/100‑1 (MQ=255) cAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGa > 2:538225/1‑100 (MQ=255) aCGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCTCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGa < 1:941578/98‑1 (MQ=255) aCGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATg < 1:2454339/100‑1 (MQ=255) cgatgtTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTAGCGCACTCTTGATTGCCGTGGTTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGGTCACCCCCGAtt < 1:496633/96‑2 (MQ=255) cGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATgg < 2:2416064/100‑1 (MQ=255) ggTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCATCggtggt < 2:1608799/100‑1 (MQ=255) tttGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCATCGGTGGTGAAc < 2:196626/100‑1 (MQ=255) tttGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCATCGGTGGTGAAc < 2:2133253/100‑1 (MQ=255) tGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCGTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCATCGGTGGTGAAcag < 1:841517/100‑3 (MQ=255) gACCGTCTGGCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCATCGGTGGTGAAcagc < 1:602624/100‑4 (MQ=255) gACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCATCGGTGGTGAAcagc < 2:792636/100‑4 (MQ=255) gACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCATCGGTGGTGAAcagc < 2:714095/100‑4 (MQ=255) gACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCATCGGTGGTGAAcagc < 2:661556/100‑4 (MQ=255) gACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCATCGGTGGTGAAcagc < 2:1646433/100‑4 (MQ=255) aCCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑Gc < 2:1424088/100‑1 (MQ=255) ccGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCa < 1:460407/100‑1 (MQ=255) cGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTTCTGCTGTTCACCATCGGTGGTGAAcagcacc < 2:1961278/100‑7 (MQ=255) gCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGt > 2:1291650/1‑100 (MQ=255) gCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGt > 2:1942187/1‑100 (MQ=255) ccAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGtt < 1:2851664/100‑1 (MQ=255) ccAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGtt > 2:2851683/1‑100 (MQ=255) ccAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGtt > 2:1491263/1‑100 (MQ=255) cAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGttt < 2:892522/100‑1 (MQ=255) cAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGttt < 2:2723945/100‑1 (MQ=255) aaaCTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTaa < 2:2176882/100‑1 (MQ=255) tGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCa > 2:2879059/1‑100 (MQ=255) tGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCa < 2:2457690/100‑1 (MQ=255) gCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCAc < 2:206993/100‑1 (MQ=255) gCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCAc > 1:893789/1‑100 (MQ=255) cGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTTTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑TCAAACCGTTTAATGCAcc < 1:2710483/100‑1 (MQ=255) cGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCAcc > 2:157014/1‑100 (MQ=255) tGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAACCCGTTTAATGCAcc < 1:331069/98‑1 (MQ=255) ggCGCACGCTGGTATACCGTGGGACGCTTCGACGTTAATACCAGTGGGCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGCACTG‑‑GCAACCCGTTTAATGCAACCaa > 1:549151/1‑100 (MQ=255) ggCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCaa > 2:98483/1‑100 (MQ=255) cACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCg < 2:1476266/100‑1 (MQ=255) cACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCg < 1:2675220/100‑1 (MQ=255) cGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTg < 1:2337213/100‑1 (MQ=255) gCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGa < 2:2814085/100‑1 (MQ=255) tGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAg > 2:615907/1‑100 (MQ=255) tGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTCTGGTCGGCTGCTGTTCACCACCGATGGGGAAGTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAg < 1:1536574/100‑1 (MQ=255) gATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGtt < 2:2416335/100‑1 (MQ=255) aTTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTg < 2:2699637/100‑1 (MQ=255) aTTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTg < 2:2137169/100‑1 (MQ=255) ttGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGa < 1:2559875/100‑1 (MQ=255) gCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAAc > 2:2805527/1‑100 (MQ=255) ccGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACg > 2:2726165/1‑100 (MQ=255) ccGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACg > 2:582995/1‑100 (MQ=255) gTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTg < 2:1337071/100‑1 (MQ=255) gTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTg > 1:739635/1‑100 (MQ=255) gggTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGaa < 1:1447026/100‑1 (MQ=255) gTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAata > 2:626545/1‑100 (MQ=255) cGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATg > 1:1676729/1‑100 (MQ=255) gCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGc < 1:615904/100‑1 (MQ=255) cTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGcc > 1:1334976/1‑100 (MQ=255) tGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCcgt < 1:970222/100‑1 (MQ=255) ggACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGATCTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCcgtg < 1:881414/100‑1 (MQ=255) gACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCcgtgc > 2:459595/1‑100 (MQ=255) gACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCcgtgc > 1:2396504/1‑100 (MQ=255) gTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCcgtgcgtg < 2:1082494/100‑1 (MQ=255) tACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTAttt > 2:1881029/1‑100 (MQ=255) ccTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTgg > 2:1073760/1‑100 (MQ=255) ccTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTgg < 1:459592/100‑1 (MQ=255) ccTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTgg < 2:2320470/100‑1 (MQ=255) ggTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAgg < 1:811808/100‑1 (MQ=255) gTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGt < 2:967272/100‑1 (MQ=255) cggtttgccagTTCACCATCGGTGGTGAACAGCAGCAGACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAg > 1:416968/11‑100 (MQ=18) 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gctgTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTgacgac > 2:1700002/1‑100 (MQ=255) ctgTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGacgacg < 2:2466279/100‑1 (MQ=255) ccgTTAACCATCGGTGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTCATGCACCCAAGCCGTGAAATTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTTTTTGGTCAGGTTGacgacg > 1:666246/3‑100 (MQ=255) tCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGaa < 1:434288/100‑1 (MQ=255) accaccGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGGAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAAc > 1:1620251/1‑100 (MQ=255) ccaccGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACt > 2:2118389/1‑100 (MQ=255) accGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTg > 1:1172545/1‑99 (MQ=255) accGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGc > 1:1930242/1‑100 (MQ=255) ccGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCg < 1:588742/100‑1 (MQ=255) | GTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCG > NC_000913/1327114‑1327312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |