| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,469,733 | (T)8→7 | coding (603/1332 nt) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,469,726 | 0 | T | . | 93.1% | 504.8 / 30.8 | 131 | coding (596/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/3); new base . (55/67); total (61/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
ACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAGGTGTT > NC_000913/2469627‑2469820 | aaTAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttt > 1:1554661/1‑100 (MQ=255) aaaTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttt < 2:1634441/100‑1 (MQ=255) aaTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttt < 1:633506/100‑1 (MQ=255) aaTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttt < 2:2290247/100‑1 (MQ=255) aaTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttt < 2:901587/100‑1 (MQ=255) aTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAGCCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttg < 1:2713837/100‑2 (MQ=255) 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ataataTCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAat < 2:623621/100‑1 (MQ=255) ataataTCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAat < 1:297127/100‑1 (MQ=255) aataTCTACTNCTNAANATNAANTTATATTNACNCCACNAANAGTGNATTCNTNTTATA‑TNTTTTTGATNGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAanat > 2:2446947/1‑100 (MQ=255) aataTCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCTCTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAatat < 2:2569450/100‑1 (MQ=255) tatCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGc < 2:22587/100‑1 (MQ=255) tCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCgt > 1:2871934/1‑100 (MQ=255) cTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCgtg < 2:811019/100‑1 (MQ=255) tACGGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTATTAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCgtg < 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gtATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCaa > 1:1871659/1‑100 (MQ=255) gtATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCaa > 1:927601/1‑100 (MQ=255) tATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCaga > 2:2228237/1‑98 (MQ=255) aTTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCaaa < 2:338884/100‑1 (MQ=255) aTTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCaaaa < 1:2733357/100‑1 (MQ=255) ttCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAg < 2:2307686/100‑1 (MQ=255) tCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAgg < 2:2572060/100‑1 (MQ=255) tCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCATGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAgg > 2:2049847/1‑100 (MQ=255) cATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGTTGTGATTGTTTGCTTTAATATTTGTATTATCTTAttacc > 2:2421292/1‑92 (MQ=255) atattata‑ttTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAGgtg < 1:794085/100‑1 (MQ=255) atattata‑ttTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAGgtg < 1:856256/100‑1 (MQ=255) tattata‑ttTTTTTGGTAGCCACAAGATAATTAACAAATTTGTAATATGCTTGGTGTTCTTTCTTGCGTCAATAGTTGCATGATCTTCTTGCAAAGgtgt > 2:592686/1‑100 (MQ=255) attata‑ttTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAGGtgtt > 1:1717610/1‑100 (MQ=255) | ACAATAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAGGTGTT > NC_000913/2469627‑2469820 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |