| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,416,960 | (T)6→7 | intergenic (+69/‑121) | pta → / → yfcC | phosphate acetyltransferase/putative inner membrane transporter; C4‑dicarboxylate anaerobic carrier family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,416,954 | 1 | . | T | 94.2% | 395.8 / 14.8 | 121 | intergenic (+63/‑127) | pta/yfcC | phosphate acetyltransferase/putative inner membrane transporter; C4‑dicarboxylate anaerobic carrier family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/2); new base T (61/53); total (66/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
CGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGG‑T‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTAC > NC_000913/2416855‑2417048 | cgcgCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAGTGATTATTTCCgg < 1:2100440/100‑1 (MQ=255)cgcgCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCgg > 1:2930678/1‑100 (MQ=255) gcgcTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAGTGATTATTTCCGG‑t < 1:1485432/100‑1 (MQ=255) gcgcTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAGTGATTATTTCCGG‑t < 2:1649894/100‑1 (MQ=39) gcgcTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGG‑t < 1:1261341/100‑1 (MQ=255) cgcTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAGTGATTATTTCCGG‑t‑t < 2:2309602/100‑1 (MQ=39) cgcTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAGTGATTATTTCCGG‑t‑t < 1:1870833/100‑1 (MQ=39) gccgACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCGCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAGTGATTATTTCCGG‑t < 2:2840663/95‑1 (MQ=38) cTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAGTGATTATTTCCGG‑t‑tca < 1:1437657/100‑3 (MQ=38) tGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGG‑t‑tttt < 1:2381912/100‑1 (MQ=255) tGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGG‑t‑tttt < 1:2425868/100‑1 (MQ=255) gACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAGTGATTATTTCCGG‑t‑tcaga < 2:1063491/100‑5 (MQ=38) gACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGG‑t‑ttttt < 2:2534347/100‑1 (MQ=255) 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cAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTa < 2:1709682/100‑1 (MQ=255) cAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGG‑T‑TTTTTATTCTCTTaa < 2:2178415/100‑1 (MQ=255) aGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTaa > 2:2225308/1‑100 (MQ=255) aGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTaa > 1:2857871/1‑100 (MQ=255) gTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAATCGTAAATAATCACTATTTCCGG‑T‑TTTTTATTCTCTTAAtt > 2:2758834/1‑100 (MQ=255) cTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAAttt > 2:1204888/1‑100 (MQ=255) cTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAAttt > 1:789957/1‑100 (MQ=255) tGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATTCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTg < 2:1297801/100‑1 (MQ=255) tGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTg < 1:1737489/100‑1 (MQ=255) cacaGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCa < 1:2668305/100‑1 (MQ=255) cacaGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCa < 2:1977458/100‑1 (MQ=255) cagcagcagTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCAtt < 2:2213591/100‑1 (MQ=255) cagcagcagTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCAtt < 1:694509/100‑1 (MQ=255) cagcagcagTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCAtt > 2:524671/1‑100 (MQ=255) gcagcagTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTaa > 1:860/1‑100 (MQ=255) agcagTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATc < 2:2300337/100‑1 (MQ=255) agcagTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGG‑TGTTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAAt > 1:1656544/1‑99 (MQ=255) gcagTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATcc < 1:2220156/100‑1 (MQ=255) gcagTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATcc < 1:524677/100‑1 (MQ=255) agTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCtt < 2:1041286/100‑1 (MQ=255) tAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTc < 1:2457829/100‑1 (MQ=255) aaTCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCt < 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catcatCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCt < 1:2723281/100‑1 (MQ=255) tcatcCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTg > 2:681696/1‑100 (MQ=255) tcatcCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTg < 2:2927414/100‑1 (MQ=255) catcCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGc < 1:2615951/100‑1 (MQ=255) cGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGCTTATCTTGCTTaa > 2:1498568/1‑100 (MQ=255) cGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTaa < 2:2368036/100‑1 (MQ=255) gCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAAc > 2:767669/1‑100 (MQ=255) cagcgcaaagcTGCGGATGTCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACt > 1:900529/10‑100 (MQ=255) cAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACt < 2:909/100‑1 (MQ=255) gcgcaaagcTGCGGATGTCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTgc < 2:900521/93‑1 (MQ=255) gCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTgc > 1:2881371/1‑100 (MQ=255) cTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTgcg > 1:29030/1‑100 (MQ=255) ttGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCt < 2:2415790/100‑1 (MQ=255) tGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCt > 2:30197/1‑99 (MQ=255) gcgcTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGc > 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ggAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATcc > 1:1337059/1‑100 (MQ=255) gAAATAATCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATccc < 1:681703/100‑1 (MQ=255) tcatCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACtt > 1:2054078/3‑100 (MQ=255) taatCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACtt < 1:2241448/100‑1 (MQ=255) aatCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACttt > 2:1383642/1‑100 (MQ=255) atCACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTg < 1:1383655/100‑1 (MQ=255) cACTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCa < 1:1076558/100‑1 (MQ=255) aCTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCAt > 2:43349/1‑100 (MQ=255) aCTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCAt > 2:1123736/1‑100 (MQ=255) cTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATa < 1:1665681/100‑1 (MQ=255) cTATTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATa < 2:2857845/100‑1 (MQ=255) aTTTCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACt > 1:2606058/1‑100 (MQ=255) tttCCGGTT‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACtt < 2:2818262/100‑1 (MQ=255) tCCGG‑TATTTTTATTCTCTTAATTTGCATTACTCCTTTCTAATTCTCTTACTTAACTACGCTACATCACTGAATTGCGCCATCCCACTTTCCCTACTTAc > 2:1323487/1‑100 (MQ=255) | CGCGCTGACTGCGATTCAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGG‑T‑TTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTAC > NC_000913/2416855‑2417048 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |