| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,379,266 | (C)7→9 | coding (732/1128 nt) | zapE ← | divisome ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,379,259 | 1 | . | C | 95.9% | 332.9 / 6.6 | 97 | coding (739/1128 nt) | zapE | divisome ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base C (47/46); total (49/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 3,379,259 | 2 | . | C | 92.8% | 320.9 / 17.9 | 97 | coding (739/1128 nt) | zapE | divisome ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/3); new base C (45/45); total (49/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
CGCACAGCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTGAGTGAGTG > NC_000913/3379160‑3379348 || gCACAGCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c < 1:796954/100‑1 (MQ=255) ctgtgCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑c > 1:1254919/5‑100 (MQ=255) caGCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccc > 1:2186667/1‑100 (MQ=255) caGCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTCT‑‑‑c‑‑ccc > 2:748744/1‑100 (MQ=255) gCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc < 1:1745034/100‑1 (MQ=255) cGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑c < 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gtaAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑cccgc > 1:1834401/1‑96 (MQ=255) aaaaGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑cccgcca > 2:1854269/1‑94 (MQ=255) aaaaGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑cccgcca > 1:2148477/1‑94 (MQ=255) aaaaGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑ccccgcc > 2:1682313/1‑94 (MQ=255) aaaaGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑cccccca > 1:1356967/1‑97 (MQ=255) aaaGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGCCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑ccgcca > 2:1687520/1‑93 (MQ=255) agagACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑cccgccagcg < 1:2173314/100‑10 (MQ=255) agagACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑cccgccagcg < 1:2175201/100‑10 (MQ=255) agagACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑cccgccagc > 2:1422292/1‑91 (MQ=255) agaCCGCCAGCGTCTGGTTCTCTACGCCCATTGTTGCCAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGcc < 2:2049925/100‑1 (MQ=255) gaCCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCa > 1:2737923/1‑100 (MQ=255) gaCCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑c‑‑ccccc‑‑ccccccggcccc > 1:1354434/1‑91 (MQ=255) ccGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAAc < 1:1530887/100‑1 (MQ=255) ccGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAAc < 1:2833483/100‑1 (MQ=255) cGCCAGCGTCTGGTTCTCGCCGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTACCGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAAcc < 2:2211871/100‑1 (MQ=255) cGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAAcc < 1:238835/100‑1 (MQ=255) cGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAAc > 2:2260283/1‑99 (MQ=255) gCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAAcc > 2:2723969/1‑99 (MQ=255) ccAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCAt < 2:2927210/100‑1 (MQ=255) gCGTCTGGTTCTCCGCGGCCCTTGGTGGTAATGGCCGATGGTTTATTTATAACGGCGGTGAATTTTTTCGTTTCCCC‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAg < 1:2824841/100‑1 (MQ=255) cGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTACCGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGtt < 1:1439704/100‑1 (MQ=255) cGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGtt < 1:630893/100‑1 (MQ=255) tCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCAGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCGGCGCCAACCATAGt > 2:1504474/1‑97 (MQ=255) tGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATc > 1:2002898/1‑100 (MQ=255) ggTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATcc > 1:2218992/1‑100 (MQ=255) gTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCa < 2:283598/100‑1 (MQ=255) cGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCCGCGCCAACCATAGTTTATCCCTTTgc > 2:1633862/1‑100 (MQ=255) cGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTgc > 2:2281309/1‑100 (MQ=255) cGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTgc > 2:806001/1‑100 (MQ=255) cGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTgc > 2:588302/1‑100 (MQ=255) cGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑CCACCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTgc > 2:178283/1‑100 (MQ=255) gACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTgcg > 1:559421/1‑100 (MQ=255) gACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTgc > 2:2433827/1‑99 (MQ=255) aCGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTC‑‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGcc < 1:1372204/100‑1 (MQ=255) cGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGcc > 2:2394867/1‑100 (MQ=255) 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ttCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTGagtgagtg < 2:2299871/100‑1 (MQ=255) ttCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTGagtgagtg < 1:429372/100‑1 (MQ=255) ttCTCGTTTCC‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTGagtgagtg < 1:196067/100‑1 (MQ=255) || CGCACAGCGTAGTAAAAGAGACCGCCAGCGTCTGGTTCTCGACGCCCATTGTTGCTAATGGCCGATGGTTGATTTCTAACGTCGGTGAATTTTCTCGTTT‑‑‑C‑‑CCCCC‑‑CGCCAGCGCCAACCATAGTTTATCCATTTGCGCCCGGGTTTCATCGTGAAGTGGCGAAAGCCACAGATGCGCCTGAGTGAGTG > NC_000913/3379160‑3379348 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |