| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,657,494 | T→C | L167P (CTG→CCG) | hdeD → | acid‑resistance membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,657,494 | 0 | T | C | 97.7% | 446.2 / ‑1.4 | 132 | L167P (CTG→CCG) | hdeD | acid‑resistance membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base C (61/67); total (63/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
AGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATC > NC_000913/3657397‑3657590 | aGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACcgg > 1:2598862/1‑100 (MQ=255) tGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACcggtgg > 2:2914908/1‑100 (MQ=255) ggCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTggg < 1:2170240/100‑1 (MQ=255) ggCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTggg > 2:2391153/1‑100 (MQ=255) gCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGa > 1:366937/1‑100 (MQ=255) gCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGa > 1:144481/1‑100 (MQ=255) cTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGaa < 1:901313/100‑1 (MQ=255) cTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGaa > 2:1507227/1‑100 (MQ=255) tACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAAt > 1:2363174/1‑100 (MQ=255) gCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAATTGaa > 2:2596820/1‑100 (MQ=255) gCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAATTGaa > 1:977474/1‑100 (MQ=255) gCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAATTGaa > 2:1816975/1‑100 (MQ=255) gCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGATGGTTTCCACACCGGTGGGAATTg < 2:1000188/98‑1 (MQ=255) cTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAATTGAAc > 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2:2381586/1‑100 (MQ=255) tGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGcgccgc > 2:416923/1‑100 (MQ=255) tGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGcgccg > 1:1197604/1‑99 (MQ=255) tatCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGc < 1:228417/100‑1 (MQ=255) atCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGcc < 2:128690/100‑1 (MQ=255) atCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGcc < 2:1364373/100‑1 (MQ=255) tCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCt < 2:540624/100‑1 (MQ=255) cGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTg > 1:2648302/1‑100 (MQ=255) cATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTc < 1:24982/100‑1 (MQ=255) cATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTc > 1:2739066/1‑100 (MQ=255) gttGGCTGGATATTCCTTGGTGCACCGTGGATGGTGTCTGTAACGCTGGTGGCCACACCGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCa < 2:2099452/99‑1 (MQ=255) aTTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCa < 1:181212/100‑1 (MQ=255) aTTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCa < 2:105391/100‑1 (MQ=255) tGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTACCGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAATTGAACTGATATTGAGCGCCGCCAGCCTGTTCa < 2:2773334/98‑1 (MQ=255) tGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAgn < 2:1376057/100‑2 (MQ=255) tGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACCGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGc < 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cacaCCGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGa > 1:1509999/1‑100 (MQ=255) acacCGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCATTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGAt < 1:2131511/100‑1 (MQ=255) cacCGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGAt < 1:2803196/99‑1 (MQ=255) cacCGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATc < 2:236104/100‑1 (MQ=255) | AGCTGGCTACAGCTCGTTATTGGTGTGCTGGATATCGTCATTGCCTGGATATTCCTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATC > NC_000913/3657397‑3657590 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |