| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,698,281 | A→G | V300V (GTT→GTC) | malI ← | transcriptional repressor of Mal regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,698,281 | 0 | A | G | 98.2% | 388.4 / ‑2.9 | 111 | V300V (GTT→GTC) | malI | transcriptional repressor of Mal regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base G (55/54); total (57/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTT > NC_000913/1698187‑1698377 | gATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAgg > 2:1240095/1‑100 (MQ=255)gATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAgg < 1:2781488/100‑1 (MQ=255)gATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAgg < 1:1817499/100‑1 (MQ=255) ttGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGta < 1:2424825/100‑1 (MQ=255) ttGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGta < 1:871992/100‑1 (MQ=255) gCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGtata < 1:2145008/100‑1 (MQ=255) gCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGtata > 2:2144989/1‑100 (MQ=255) gCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGtata < 2:283331/100‑1 (MQ=255) cGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTatat > 1:1371532/1‑100 (MQ=255) tGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATatca < 2:69007/100‑1 (MQ=255) tGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATatca > 1:2121033/1‑100 (MQ=255) gAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATatcat > 1:1664993/1‑100 (MQ=255) aaTGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATatcatc > 2:2048392/1‑100 (MQ=255) aTGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATAtcatca < 2:2871823/100‑1 (MQ=255) aTGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATAtcatca < 1:115974/100‑1 (MQ=255) cGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGGGTCCCGGATCCGGCGCTGGCGTGCTGGCCCACGGGACAGATATATCATCCAg > 1:136480/1‑99 (MQ=255) cGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAgt > 1:2242087/1‑100 (MQ=255) cGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAgt > 2:2631982/1‑100 (MQ=255) ctctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGtgtg < 1:2569761/100‑1 (MQ=255) ctctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGtgtg > 2:751736/1‑100 (MQ=255) tctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGtgg < 2:20969/100‑1 (MQ=255) tctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGtgg > 2:1054073/1‑100 (MQ=255) tctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGtgg > 2:457880/1‑100 (MQ=255) ctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGtggt > 2:2298759/1‑100 (MQ=255) tCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGtggttg < 1:1098220/100‑1 (MQ=255) cATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGtggtttg < 1:2048410/100‑3 (MQ=255) cATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGtggttgg < 1:2826522/100‑1 (MQ=255) cATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGtggttgg < 1:579037/100‑1 (MQ=255) aTGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGtggttggt > 1:2926593/1‑100 (MQ=255) tGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGgtg > 1:1960590/1‑100 (MQ=255) gggTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGgtgt > 2:1910889/1‑100 (MQ=255) gggTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGgtgt > 1:1091817/1‑100 (MQ=255) gggTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGgtgt > 2:2595793/1‑100 (MQ=255) gTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCg < 2:1392238/100‑1 (MQ=255) gTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCg < 2:1201068/100‑1 (MQ=255) gTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCg > 1:1846045/1‑100 (MQ=255) gTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCg < 1:2830388/100‑1 (MQ=255) gATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCa > 2:2166428/1‑100 (MQ=255) aTTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCAt < 1:2490904/100‑1 (MQ=255) tttGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGt > 2:1502688/1‑100 (MQ=255) tttGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGt < 1:289245/100‑1 (MQ=255) ttGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTa < 1:1910906/100‑1 (MQ=255) ttGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTa < 2:2320211/100‑1 (MQ=255) gCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTaaa > 2:2524043/1‑100 (MQ=255) catcatGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAAt > 2:2816544/1‑100 (MQ=255) catcatGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAAt > 2:2720914/1‑100 (MQ=255) catGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATgcc < 1:1403002/100‑1 (MQ=255) atGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATgccg < 1:2428598/100‑1 (MQ=255) atGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATgccg > 2:62896/1‑100 (MQ=255) tGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATgccgc > 1:2236861/1‑100 (MQ=255) tGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATgccgc < 1:998768/100‑1 (MQ=255) cGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCa > 1:566161/1‑100 (MQ=255) aTCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGc > 1:47592/1‑100 (MQ=255) aTCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGc > 1:1519044/1‑100 (MQ=255) tCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCg < 1:1643712/100‑1 (MQ=255) tCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCg < 1:1254902/100‑1 (MQ=255) cGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCTCATGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGaa < 2:2132474/100‑1 (MQ=255) cGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGaa < 2:380250/100‑1 (MQ=255) aaGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAAcc > 1:2727151/1‑100 (MQ=255) aaGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAAcc < 1:2477035/100‑1 (MQ=255) aGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCt < 2:855103/100‑1 (MQ=255) gtgtGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTg > 1:62526/1‑100 (MQ=255) gggtgATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTg > 1:2052256/3‑100 (MQ=255) tgATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCGAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTg > 1:564111/1‑100 (MQ=255) tgATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTg < 2:2236841/100‑1 (MQ=255) gATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGc < 1:1915904/100‑1 (MQ=255) aTACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCt > 1:1237631/1‑100 (MQ=255) tACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTc > 1:2330620/1‑100 (MQ=255) tACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTc > 1:2633624/1‑100 (MQ=255) tACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTc > 2:168106/1‑100 (MQ=255) tACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTc > 1:1498367/1‑100 (MQ=255) aCCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCa > 1:2673284/1‑100 (MQ=255) aCCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCa < 1:920900/100‑1 (MQ=255) ccAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCaa < 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2:1960572/100‑1 (MQ=255) tGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTc < 2:1354140/100‑1 (MQ=255) tGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTc < 1:2429944/100‑1 (MQ=255) ggCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTc < 1:2894381/99‑1 (MQ=255) cccAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTcccc < 1:2189458/100‑1 (MQ=255) cccAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTcccc < 1:2524066/100‑1 (MQ=255) cccAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTcccc > 2:389473/1‑100 (MQ=255) ccAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCg > 1:2009032/1‑100 (MQ=255) aGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCt < 2:1881817/100‑1 (MQ=255) ggTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCtt > 2:760717/1‑100 (MQ=255) ggTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCtt > 2:1547583/1‑100 (MQ=255) ggTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCtt > 1:636572/1‑100 (MQ=255) | GATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTT > NC_000913/1698187‑1698377 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |