| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,455,793 | G→A | intergenic (‑147/+534) | yfcV ← / ← sixA | putative fimbrial‑like adhesin protein/phosphohistidine phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,455,793 | 0 | G | A | 99.3% | 498.7 / ‑4.7 | 145 | intergenic (‑147/+534) | yfcV/sixA | putative fimbrial‑like adhesin protein/phosphohistidine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (77/67); total (78/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
GATTCAGTCAATAGCCAATGTTTATACCCAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCGAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTGATTCAATTTAATTTTACTAATGAGTAAATGTAGATTTAATTAATATATTGATAGGGGAAAGATTATCTTAAG > NC_000913/2455697‑2455889 | aTTCAGTCAATAGCCAATGTTTATACCCAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATa > 1:2713031/1‑100 (MQ=255) ttCAGTCAATAGCCAATGTTTATACCCAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATAg > 1:2659570/1‑100 (MQ=255) tCAGTCAATAGCCAATGTTTATACCCAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATAGt < 1:1182896/100‑1 (MQ=255) cAGTCAATAGCCAATGTTTATACCCAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATAGTg > 1:2173755/1‑100 (MQ=255) cAGTCAATAGCCAATGTTTATACCCAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATAGTg < 1:1961292/100‑1 (MQ=255) cAGTCAATAGCCAATGTTTATACCCAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATAGTg > 1:2777602/1‑100 (MQ=255) 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gTTTATACCCAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATAGTGATGTTTTCACTcccc < 2:1296971/100‑1 (MQ=255) gTTTATACCCAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATAGTGATGTTTTCACTcccc < 1:3005490/100‑1 (MQ=255) ttATACCCAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTg < 2:1434912/100‑1 (MQ=255) tataCCCAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGAGTCAAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTGa > 2:1046276/1‑100 (MQ=255) ataCCCAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTGAt < 2:2114841/100‑1 (MQ=255) ataCCCAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTGAt < 1:2830094/100‑1 (MQ=255) taCCCAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACATGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTGAtt < 2:126191/100‑1 (MQ=255) aCCCAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTGATTc < 2:63132/100‑1 (MQ=255) aCCCAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTGATTc < 1:2871453/100‑1 (MQ=255) cccAGCCATTGGATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTGATTCa > 1:2063255/1‑100 (MQ=255) cccAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTGATTCa > 2:205867/1‑100 (MQ=255) cccAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTGATTCa > 1:824956/1‑100 (MQ=255) ccAGCCATTGAATACGGCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTGATTCaa > 2:241708/1‑100 (MQ=255) ccAGCCATTGAATACGGAATGCGATCCAAAAAAACAGGACGTAAAAACTGTATTAGATGGTGTGGGGACAAATAGTGATGTTTTCACTACCCTGATTCa > 2:2263450/1‑99 (MQ=255) caaccATTGAATACATCATGCGATCCAAAAAAACAGGTCGTAAAAAATGTATTCGTTGGTGTGGGGTCAAATAGTGATGTTTTCACTCCCCTGATTCaa < 2:1692989/96‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |