| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,465,945 | G→A | V215V (GTG→GTA) | yfdC → | putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,465,945 | 0 | G | A | 99.2% | 392.7 / ‑4.9 | 118 | V215V (GTG→GTA) | yfdC | putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (47/70); total (48/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
CCCCCAGCGAGATGTTTGCCAACGCGATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTG > NC_000913/2465848‑2466041 | cccccAGCGAGATGTTTGCCAACGCGATCATTTCCGGCTGGCTGATAGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAAt > 1:2085359/1‑100 (MQ=255) ccccAGCGAGATGTTTGCCAACGCGATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAAtt > 1:2498511/1‑100 (MQ=255) cAGCGAGATGTTTGCCAACGCGATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATtata < 1:1019822/100‑1 (MQ=255) gcgaTGTTTGCCAACGCGATCATTTCCAGCTGGCTGATCGCCACTATGTTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAGGATTGTCGTAATTatatn < 2:222349/96‑2 (MQ=255) gagaTGTTTGCCAACGCGATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATtga < 2:471082/100‑1 (MQ=255) gagaTGTTTGCCAACGCGATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATtga > 1:1532068/1‑100 (MQ=255) gagaTGTTTGCCAACGCGATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATtga > 2:198402/1‑100 (MQ=255) agaTGTTTGCCAACGCGATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATtgat > 2:359827/1‑100 (MQ=255) gaTGTTTGCCAACGCGATCATGTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATtg < 2:2332872/97‑1 (MQ=255) gTTTGCCAACGCGATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGAcc > 1:180978/1‑100 (MQ=255) gTTTGCCAACGCGATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGAcc > 2:2113714/1‑100 (MQ=255) gTTTGCCAACGCGATCATTTCCCGCTGGCTGATCGCCACTATGGCTTGGATGTTTCCTGCCGCGGGTGCGGCAAGCATTGTGGTAATTATATTGATGAc > 2:2908157/1‑99 (MQ=255) gCCAACGCTATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATCTTGATGACCTGGc < 2:1453174/100‑1 (MQ=255) gCCAACGCGATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGc < 2:2278843/100‑1 (MQ=255) gCCAACGCGATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGc > 1:283044/1‑100 (MQ=255) gCCAACGCGATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGc > 1:1038660/1‑100 (MQ=255) ccAACGCGATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCt > 1:2506159/1‑100 (MQ=255) ccAACGCGATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCt < 1:10979/100‑1 (MQ=255) aaCGCGATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGGGGTAATAATATTGATGACCTGGCTTa > 2:718147/1‑100 (MQ=255) cgcgATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTAtt < 2:1296532/100‑1 (MQ=255) gcgATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTg < 1:1113367/100‑1 (MQ=255) gATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGcc < 1:492616/100‑1 (MQ=255) aTCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGccc < 2:2858522/100‑1 (MQ=255) tCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGCGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCt < 2:1069745/100‑1 (MQ=255) cATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCtn < 2:1685162/100‑2 (MQ=255) cATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTg < 2:1882100/100‑1 (MQ=255) cATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTg < 1:1863515/100‑1 (MQ=255) aTTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTgg < 1:2089651/100‑1 (MQ=255) tCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTg < 1:2978006/100‑1 (MQ=255) ccGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGa > 1:2995955/1‑100 (MQ=255) ggctggctGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGaca < 1:220330/100‑1 (MQ=255) gctggctgATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTTATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGacac < 2:287510/100‑1 (MQ=255) gctggctgATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGacac < 1:1641422/100‑1 (MQ=255) gctggctgATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGacac > 2:132279/1‑100 (MQ=255) ctggctgATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGAcacc < 1:1062001/100‑1 (MQ=255) ctggctgATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGAcacc < 2:2691207/100‑1 (MQ=255) ggctgATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGAcaccac > 1:1237025/1‑100 (MQ=255) ggctgATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGAcaccac > 1:1408255/1‑100 (MQ=255) ggctgATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGAcaccac > 1:1632217/1‑100 (MQ=255) ctgATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCAccc > 2:1122010/1‑100 (MQ=255) ctgATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCAccc < 1:1535429/100‑1 (MQ=255) ctgATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCAccc > 1:580232/1‑100 (MQ=255) ctgATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGCGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCAccc < 1:2883277/100‑1 (MQ=255) tgATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGATGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCa < 1:2128465/100‑1 (MQ=255) gATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCat < 1:1051480/100‑1 (MQ=255) gATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCat < 1:1048179/100‑1 (MQ=255) aTCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCata < 1:213658/100‑1 (MQ=255) aTCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGAAACCACCCa > 2:127578/1‑98 (MQ=255) cGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATc > 2:348818/1‑100 (MQ=255) cGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATc > 1:1370177/1‑100 (MQ=255) aCTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTAATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTgg > 2:935275/1‑100 (MQ=255) 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tggtaATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTGTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCt > 1:2128994/1‑100 (MQ=255) tggtaATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCt > 2:1423460/1‑100 (MQ=255) ggtaATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTTACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTg > 2:1619763/1‑100 (MQ=255) ggtaATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTg > 1:2978339/1‑100 (MQ=255) | CCCCCAGCGAGATGTTTGCCAACGCGATCATTTCCGGCTGGCTGATCGCCACTATGGTTTGGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTG > NC_000913/2465848‑2466041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |