| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3943635 | NA (NA) | 32 (0.290) | 16/164 | NT | 69.9% | intergenic (+125/‑69) | gltU/rrlC | tRNA‑Glu/23S ribosomal RNA of rrnC operon |
| ? | NC_000913 | = 4037446 | 15 (0.120) | intergenic (+111/‑73) | alaT/rrlA | tRNA‑Ala/23S ribosomal RNA of rrnA operon | |||||
CTGCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAgttgttc‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3943537‑3943635‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCACTAC < NC_000913/4037446‑4037341 CTGCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAG < 1:892129/100‑1CTGCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAG < 2:1795047/100‑1CTGCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAG > 2:2385031/1‑100CTGCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAG < 1:1329019/100‑1 TGCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGT > 1:1055713/1‑100 TGCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGT < 1:2861523/100‑1 TGCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGT > 2:284206/1‑100 TGCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGT < 2:1361900/100‑1 TGCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGT > 2:554471/1‑100 TGCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAG < 2:2885328/99‑1 GCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTT > 2:1459773/1‑100 GCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTT > 1:2083085/1‑100 GCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTT > 1:1157129/1‑100 GCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTT > 1:3039553/1‑100 CCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTG > 2:3126325/1‑100 CCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTG < 1:412196/100‑1 CCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTG < 2:3010090/100‑1 CCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTG > 2:34140/1‑100 CCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTG < 1:634848/100‑1 CTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGT > 1:1293536/1‑100 TTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTT < 1:1342247/100‑1 TAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTC < 1:2664344/100‑1 TAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTC > 1:1914268/1‑100 TATCTAAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACTTTCGTTGTTCAGT < 1:276843/100‑1 ATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACTTTCGTTGTTCAGTG < 2:2387852/100‑1 TCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACTTTCGTTGTTCAGTGT < 2:2139778/100‑1 TCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACTTTCGTTGTTCAGTGT < 2:2885386/100‑1 TCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACTTTCGTTGTTCAGTGTTT < 2:1541025/100‑1 TCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACTCTCGTTGTTCAGTGTTT < 1:2537939/100‑1 CAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACTCTCGTTGTTCAGTGTTTC < 1:3158093/100‑1 CTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACCGAACAACTTTCGTTGTTCAGTGTTTCAAT < 1:2627270/98‑1 TTTGTTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACTTTCGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCACATTTTTA < 1:1705421/95‑1 AAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTG > 1:734585/1‑100 CTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAG > 1:1362103/1‑100 CTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAG < 2:734584/100‑1 ATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACAC > 1:2463853/1‑100 TTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACT > 2:1908078/1‑100 TGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTC > 2:1259127/1‑100 AAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTG > 2:2139503/1‑100 AACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGA > 1:1602606/1‑100 AACACTGAACAACGAAAGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGA > 1:2791029/1‑100 ACACTGAACAATGAAAGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAA > 2:1267920/1‑100 ACACTGAACAACGAAAGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAA > 1:803428/1‑100 CACTGAACAATGAAAGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAG > 2:943346/1‑100 CACTGAACAACGAAAGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAG > 2:2337479/1‑100 CACTGAACAACGAAAGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAG > 2:1190898/1‑100 CACTGAACAACGAAAGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAG > 1:929994/1‑100 ACTGAACAACGAAAGTTGTTCGGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGT > 2:462458/1‑100 ACTGAACAACGAAAGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTTAA > 1:97832/1‑98 ACTGAACAACGAAAGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGT > 1:2571229/1‑100 ACTGAACAACGAAAGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGT > 2:250484/1‑100 ACTGAACAACGAAAGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGT > 2:1313167/1‑100 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TTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATC < 1:188765/100‑1 TTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATCTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATC < 1:2281650/100‑1 TTGTTCAGTGTTTCAACTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATC < 2:1903897/100‑1 TTGTTAAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATC < 2:2221170/100‑1 TGTTTAGTGTTTGAATTTTCAGGTTGATACAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCA < 1:2590381/100‑1 TGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCA > 2:1858374/1‑100 aTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCA > 2:2583183/2‑99 GTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCAC > 1:2579036/1‑100 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TCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGTAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCACTA > 1:400446/1‑100 TCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCACTA < 1:106823/100‑1 TCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCACTA > 1:1231624/1‑100 TCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCACTA > 2:202672/1‑100 CAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCACTAC > 1:781372/1‑100 CAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCACTAC < 2:308682/100‑1 CAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCACTAC > 1:898042/1‑100 CAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCACTA > 1:2865859/1‑99 CTGCCTTAATATCTCAAAACTCATCTTCGGGTGATGTTTGAGATATTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAgttgttc‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3943537‑3943635‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCACTAC < NC_000913/4037446‑4037341 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |