Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,470,410 | (T)7→6 | coding (1280/1332 nt) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,470,404 | 0 | T | . | 97.9% | 643.6 / 5.8 | 143 | coding (1274/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base . (76/64); total (77/66) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
AATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAAT > NC_000913/2470305‑2470503 | aaTTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGt > 1:2270708/1‑100 (MQ=255) aaTTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGt > 2:849412/1‑100 (MQ=255) aTTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGtt < 1:1631766/100‑1 (MQ=255) ttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGttttt < 1:1996455/100‑1 (MQ=255) ttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGttttt < 1:854503/100‑1 (MQ=255) aTGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGtttttta < 2:2794288/100‑2 (MQ=255) gtgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGttttttaat < 2:2415627/100‑4 (MQ=255) tgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGttttttaatt < 1:1591503/100‑5 (MQ=255) tgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGttttttaatt < 1:2335231/100‑5 (MQ=255) tgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGttttttaatt < 2:1013428/100‑5 (MQ=255) gtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGttttttaatta > 1:1013421/1‑95 (MQ=255) tCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTAATTta < 2:1427440/100‑1 (MQ=255) cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTAATTtat > 2:132964/1‑100 (MQ=255) cATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTAATTtat > 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aagcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGa > 2:2019096/1‑100 (MQ=255) agcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGcaga > 1:2104621/1‑97 (MQ=255) gcaTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATg < 2:537618/100‑1 (MQ=255) caTTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGt < 2:950338/100‑1 (MQ=255) atttatttGGAATGTATTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGt > 1:372732/1‑99 (MQ=255) atttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTa > 1:372589/1‑100 (MQ=255) atttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTa < 1:359795/100‑1 (MQ=255) atttatttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCG‑TTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTa > 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |