| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 998439 = | 169 (1.490) | 6 (0.060) | 6/180 | 13.2 | 3.9% | intergenic (+32/‑51) | elfA/elfD | laminin‑binding fimbrin subunit/putative periplasmic pilin chaperone |
| ? | NC_000913 | 998461 = | 146 (1.420) | intergenic (+54/‑29) | elfA/elfD | laminin‑binding fimbrin subunit/putative periplasmic pilin chaperone | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
GAGTAATATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTGGAGGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/998546‑998439‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctggaggggATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAATATTACTCAGCTGCTCATCC > NC_000913/998461‑998558 GAGTAATATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACAC < 2:2765652/100‑1 AGTAATATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACT < 2:4466/100‑1 GTAATATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTG > 2:2188749/1‑100 GTAATATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTG > 2:2273378/1‑100 GTAATATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTG > 2:258587/1‑100 GTAATATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTG > 2:1212296/1‑100 TAATATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTGG < 2:1533769/100‑1 TAATATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTGG < 1:2468961/100‑1 AATATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTGGA > 1:190676/1‑100 AATATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTGGA > 1:309689/1‑100 AATATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTGGA > 1:111616/1‑100 AATATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTGGA > 1:747971/1‑100 ATATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTGGAG > 2:2729957/1‑100 ATATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTGGAG > 1:2111518/1‑100 TATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTGGAGG > 1:348190/1‑100 ATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTGGAGGG < 2:652068/100‑1 ATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTGGAGGG > 1:780276/1‑100 ATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTGGAGGG > 1:1827918/1‑100 TTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTGGAGGGG < 1:629848/100‑1 TTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTGGAGGGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGAC > 2:1276735/1‑100 AAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTGGAGGGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCG > 1:2314180/1‑100 GAATATCCCCTCCAGAACACTGGAGGGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTTCATAACAAAGAGAATTGTGACCGTAAGTTTAA > 1:134964/1‑100 ATCCCCTCCAGAACACTGGAGGGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGC > 1:1833342/1‑100 TCCCCTCCAGAACACTGGAGGGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCA > 1:1489082/1‑100 CCCTCCAGAACACTGGAGGGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAAT > 1:163955/1‑100 CTGGAGGGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAATATTACTCAGCTG > 1:820810/1‑100 CTGGAGGGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAATATTACTCAGCTG > 2:2081236/1‑100 GAGGGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAATATTACTCAGCTGCTC > 2:2206063/1‑100 AGGGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAATATTACTCAGCTGCTCA > 2:1547805/1‑100 AGGGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAATATTACTCAGCTGCTCA > 1:1116470/1‑100 GGGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGCCTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAATATTACTCAGCTGCTCAT > 2:1726565/1‑100 GGGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAATATTACTCAGCTGCTCAT > 1:667747/1‑100 GGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAATATTACTCAGCTGCTCATC > 1:919126/1‑100 GGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAATATTACTCAGCTGCTCATC < 2:410161/100‑1 GGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAATATTACTCAGCTGCTCATCC > 2:2228224/1‑100 GAGTAATATTGCCGTTAAACTTACGGTCACAATTCCCTTTGTTATGCAAGTTTTCATAAATAGTCACTCTTAAAAAATATGAATATCCCCTCCAGAACACTGGAGGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/998546‑998439‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctggaggggATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAATATTACTCAGCTGCTCATCC > NC_000913/998461‑998558 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |