| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3217490 | NA (NA) | 7 (0.090) | 4/164 | NT | NA | noncoding (57/89 nt) | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences |
| ? | NC_000913 | = 3217522 | NA (NA) | noncoding (89/89 nt) | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
CAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCG > NC_000913/3217391‑3217588 | cAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAACTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAg > 2:1303783/1‑100 (MQ=255) aaCTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGTATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGg < 1:1389119‑M1/100‑2 (MQ=255) cTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGgcc < 1:659336‑M1/100‑4 (MQ=255) cTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGgcc < 2:769316‑M1/100‑4 (MQ=255) cTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGgcc < 2:57532‑M1/100‑4 (MQ=255) tGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGgcc < 1:603281‑M1/99‑4 (MQ=255) ggATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGgcctg > 2:440455‑M1/1‑95 (MQ=255) aTTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGgcctgat < 2:364577‑M1/100‑8 (MQ=255) tcaaTCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATa < 2:1445081/98‑1 (MQ=255) aaTCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAg < 2:586140/100‑1 (MQ=255) aaTCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAg < 1:807063/100‑1 (MQ=255) aaTCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAg > 1:1625950/1‑100 (MQ=255) aTCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGa > 1:1482878/1‑100 (MQ=255) aTCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGa > 1:1733678/1‑100 (MQ=255) aTCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGa > 2:1112483/1‑100 (MQ=255) gccgcATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATgc < 1:1847683/100‑1 (MQ=255) ccgcATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATgcg < 2:1926652/100‑1 (MQ=255) ccgcATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATgcg < 1:1273572/100‑1 (MQ=255) cATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCa > 1:1243413/1‑100 (MQ=255) tCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAgc > 1:17310/1‑100 (MQ=255) cGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAgcat > 1:137998/1‑100 (MQ=255) gCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAgcatc > 1:1540635/1‑100 (MQ=255) gCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAgcatc < 1:1977739/100‑1 (MQ=255) ccAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAgcatcg < 1:423633/100‑1 (MQ=255) ccAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAgcatcg > 2:497654/1‑100 (MQ=255) cAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAgcatcgc > 2:1872464/1‑100 (MQ=255) tGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGgcctgatgcgatgctggcgcatcttatc < 1:496‑M1/100‑29 (MQ=255) gcgcGGTGCACTTAACCGATGCGCCGATTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCTCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAG > 1:349714‑M2/1‑100 (MQ=255) cgcgGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGTCGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcagg < 2:803971‑M1/100‑32 (MQ=255) cgcgGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGG < 2:1234740‑M2/100‑1 (MQ=255) cgcgGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGG > 1:1345141‑M2/1‑100 (MQ=255) gcgGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggc < 2:208060‑M1/100‑33 (MQ=255) gcgGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggc < 1:504972‑M1/100‑33 (MQ=255) gcgGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggc < 1:504943‑M1/100‑33 (MQ=255) gcgGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcagg < 2:493419‑M1/99‑32 (MQ=255) gcgGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGC > 1:2216880‑M2/1‑100 (MQ=255) cgGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTAACGCACCTTATCCGGCCTACACACGATACACACGCAGCAGGCCTGAAAAAATCAGACAGAATCGCATCAGGCa > 2:1377352/1‑100 (MQ=21) ggTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGgcctgatgcgatgctggcgcatcttatcaggcct < 1:1818944‑M1/100‑35 (MQ=255) gTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCAtt < 2:965744/100‑1 (MQ=255) tGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATtg < 1:2244056/100‑1 (MQ=255) gCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATtgt > 2:952215/1‑100 (MQ=255) gCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATtgt < 1:868702/100‑1 (MQ=255) cAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCACCTTATCCGGCCTACACCCGCTCCACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCCCATCCGGCATtgtg > 2:657143/1‑100 (MQ=38) cAATTGCCGGAAGGGGCGGTTTCCGCGGCTTATTCGGCCGACAGCAGCTAGACACCCAACAGGACTGCTATGATGCGCCAGCATCGCAGCAGGCCTtgta > 2:180587/1‑99 (MQ=255) aaTTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGc < 1:1659942/100‑1 (MQ=255) aaTTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGc < 1:1259869/100‑1 (MQ=255) aTTGCGGGATGCGTCGCTTGACGCGCCTTGCCCGGGCTACATCCGCTGCACACCCCTCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGc < 2:2034894/99‑1 (MQ=25) gCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCa > 2:2141399/1‑100 (MQ=255) cGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCAGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAAc > 1:1993221/1‑100 (MQ=255) ggATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAAcc > 1:729875/1‑100 (MQ=255) tGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAAccgcc < 2:729873/100‑1 (MQ=255) gCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAAccgccg < 1:392207/100‑1 (MQ=255) gCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAAccgccg < 2:682070/100‑1 (MQ=255) cGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCgg > 1:2307293/1‑100 (MQ=255) cGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCgg > 1:556671/1‑100 (MQ=255) cGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCgg > 1:1667868/1‑100 (MQ=255) cGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATc < 1:241885/100‑1 (MQ=255) cTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCg > 2:2215379/1‑100 (MQ=255) cTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGACTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTACAACCGCCGGATcc > 1:436396/1‑99 (MQ=255) tGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGc < 1:250867/100‑1 (MQ=255) gACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCa > 1:765106/1‑100 (MQ=255) gACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCa < 1:1459514/100‑1 (MQ=255) aCGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCa < 2:785499/99‑1 (MQ=255) cgcgCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCAt < 2:1791323/99‑1 (MQ=255) cttccgatctcGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATAc < 2:25713/90‑1 (MQ=255) ncTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGa > 2:2058424/2‑100 (MQ=255) ttATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGAtt < 2:1959143/100‑1 (MQ=255) tATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTa > 2:2359709/1‑100 (MQ=255) aTCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTaa < 1:1594411/100‑1 (MQ=255) aTCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTaa < 1:1594434/100‑1 (MQ=255) ccGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATg > 1:495794/1‑100 (MQ=255) ccGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATg > 2:1168746/1‑100 (MQ=255) cGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGc < 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2:609065/1‑98 (MQ=255) acacacCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCAGCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACcgcg < 1:2150227/100‑1 (MQ=255) acacCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCCTTGTGCTCCAACCGCCGGATCCCGCCTACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTc > 2:1011149/1‑100 (MQ=255) acacCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTc < 1:2155156/100‑1 (MQ=255) cacCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCt < 2:798408/100‑1 (MQ=255) ccccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTc < 1:1425567/100‑1 (MQ=255) ccccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTc > 1:371954/1‑100 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAGCCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTcc < 1:2032270/100‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTcc < 2:203162/100‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTcc < 2:695675/100‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTcc < 2:137997/100‑1 (MQ=255) gCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGt < 1:186389/100‑1 (MQ=255) aGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCctgcggggtgtgtagcgggtgtaggccggataaggcgcgtcaagcgtcgcatccggcaattgcacc < 1:1818944‑M2/100‑67 (MQ=255) | CAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCG > NC_000913/3217391‑3217588 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |