| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3547887 = | NA (NA) | 10 (0.130) | 7/164 | NT | NA | noncoding (1/87 nt) | REP254 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP254 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 3547917 = | NA (NA) | noncoding (31/87 nt) | REP254 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP254 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CGAGACCATCAAATCCTGGTCGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAATTAGTAGGCCGGATAAGACGCGTCAAGCATCGCATCCGGCATCAACCGCACTC > NC_000913/3547788‑3547986 | cggcgcagagctgcagcgaagaagaagtagagtgcggttgatgccggatgcgatgcttgacgcgtcttatccggcctactaattcatcccgaatcgtagg < 1:952568‑M1/1‑1 (MQ=255)cggcgcagagctgcagcgaagaagaagtagagtgcggttgatgccggatgcgatgcttgacgcgtcttatccggcctactaattcatcccgaatcgtagg > 2:1653714‑M1/100‑100 (MQ=255) ggcgcagagctgcagcgaagaagaagtagagtgcggttgatgccggatgcgatgcttgacgcgtcttatccggcctactaattcatcccgaatcgtagGc > 2:250253‑M1/99‑100 (MQ=255) gaCCATCAAATCCTGGTCGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCg > 2:2287013/1‑100 (MQ=255) gcagagctgcagcgaagaagaagtagagtgcggttgatgccggatgcgatgcttgacgcgtcttatccggcctactaattcatcccgaatcgtagGCCgg < 2:2318910‑M1/5‑1 (MQ=255) aCCATCAAATCCTGGTCGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCgg < 1:1864160/100‑1 (MQ=255) cggagctgcagcgaagaagaagtagagtgcggttgatgccggatgcgatgcttgacgcgtcttatccggcctactaattcatcccgaatcgtagGCCGGa < 1:1060474‑M1/6‑1 (MQ=255) ccATCAAATCCTGGTCGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGa > 1:2371497/1‑100 (MQ=255) cagagctgcagcgaagaagaagtagagtgcggttgatgccggatgcgatgcttgacgcgtcttatccggcctactaattcatcccgaatcgtagGcc < 2:1803463‑M1/3‑1 (MQ=255) cATCAAATCCTGGTCGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGAt > 1:392058/1‑100 (MQ=255) aTCAAATCCTGGTCGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATg > 1:2315236/1‑100 (MQ=255) aTCAAATCCTGGTCGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATg > 1:371220/1‑100 (MQ=255) tgtaaTTCTGGTCGATGCGGGAAACCCTTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATg < 2:168779/96‑1 (MQ=255) aaaTCCTGGTCGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTGTGGTAGGCTGTCTACTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATgc > 2:1803337/1‑98 (MQ=255) aaaTCCTGGTCGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATgcg‑‑g > 2:106905/1‑100 (MQ=255) aaTCCTGGTCGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATgcg‑‑gc < 1:2212294/100‑1 (MQ=255) aaTCCTGGTCGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATgcg‑‑gc > 1:774660/1‑100 (MQ=255) cagcgaagaagaagtagagtgcggttgatgccggatgcgatgcttgacgcgtcttatccggcctactaattcatcccgaatcgtagGCCGGATGCG‑‑GCGt < 1:1657328‑M1/14‑1 (MQ=255) cTGGTCGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGa > 1:89922/1‑100 (MQ=255) cTGGTCGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGa < 1:149850/100‑1 (MQ=255) cTGGTCGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGa > 1:646189/1‑100 (MQ=255) tGGTCGCTGCTGGAAACCTTTATCTCGGTGTGTGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGGATCTGGTGATTTGATACCACTGCCTGCCGGATgcg‑‑ggg < 2:787963/96‑3 (MQ=255) cGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGcc < 1:850501/100‑1 (MQ=255) cGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGcc > 2:952565/1‑100 (MQ=255) cGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGcc < 1:1431673/100‑1 (MQ=255) gATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCt < 1:1470127/100‑1 (MQ=255) tGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCtt < 2:2259114/99‑1 (MQ=255) tGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTa > 2:2194550/1‑100 (MQ=255) cTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATc > 1:1900800/1‑100 (MQ=255) cTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATc > 1:76067/1‑100 (MQ=255) cTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATc > 1:1989826/1‑100 (MQ=255) tGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATcc > 1:2318931/1‑100 (MQ=255) gtagagtgcggttgatgccggatgcgatgcttgacgcgtcttatccggcctactaattcatcccgaatcgtagGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATcc > 2:429065‑M1/74‑100 (MQ=255) ggAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCg > 1:1070030/1‑100 (MQ=255) ggAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCg > 1:2327533/1‑100 (MQ=255) gAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCgg < 1:965145/100‑1 (MQ=255) agagtgcggttgatgccggatgcgatgcttgacgcgtcttatccggcctactaattcatcccgaatcgtagGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCgg > 2:498560‑M1/72‑100 (MQ=255) agagtgcggttgatgccggatgcgatgcttgacgcgtcttatccggcctactaattcatcccgaatcgtagGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCgg > 1:1459107‑M1/72‑100 (MQ=255) gagtgcggttgatgccggatgcgatgcttgacgcgtcttatccggcctactaattcatcccgaatcgtagGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGc > 1:978374‑M1/71‑100 (MQ=255) gagtgcggttgatgccggatgcgatgcttgacgcgtcttatccggcctactaattcatcccgaatcgtagGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGc > 1:978343‑M1/71‑100 (MQ=255) aaaCCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGc < 1:2078615/100‑1 (MQ=255) agtgcggttgatgccggatgcgatgcttgacgcgtcttatccggcctactaattcatcccgaatcgtagGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGcc > 1:969959‑M1/70‑100 (MQ=255) aaCCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGcc < 1:1819760/100‑1 (MQ=255) aaCCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGcc > 1:452222/1‑100 (MQ=255) gtgcggttgatgccggatgcgatgcttgacgcgtcttatccggcctactaattcatcccgaatcgtagGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCt > 2:1657315‑M1/69‑100 (MQ=255) gtgcggttgatgccggatgcgatgcttgacacgtcttatccggcctactaattcatcccgaatcgtagGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCt > 2:719899‑M1/69‑100 (MQ=255) aCCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCt < 1:10147/100‑1 (MQ=255) ccATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTa > 1:699790/1‑100 (MQ=255) cATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTAc < 1:294503/100‑1 (MQ=255) aTTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACg > 1:433781/1‑100 (MQ=255) ttATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTTAC‑CGCCTTATCCGGCCTACg < 2:1814998/99‑1 (MQ=255) ttATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTAc < 2:1149604/98‑1 (MQ=255) tcGGTGTTCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGTTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCgg < 2:324905/100‑1 (MQ=255) tcGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCgg < 1:808066/100‑1 (MQ=255) cggatgcgatgcttgacgcgtcttatccggcctactaattcatcccgaatcgtagGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATg > 1:117944‑M1/56‑100 (MQ=255) gtgCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGa < 2:2364744/100‑1 (MQ=255) gtgCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATGTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATg < 2:1852580/99‑1 (MQ=255) tgCGTTTTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATGTGATAACACTGACTGCCGGAGGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATACGGCCTACGATTCGGGATg < 2:495216/98‑1 (MQ=38) gCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAAt < 1:335530/100‑1 (MQ=255) cGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAAtt < 1:796464/100‑1 (MQ=255) cGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAAtt > 1:715326/1‑100 (MQ=255) cGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAAtt > 1:1053309/1‑100 (MQ=255) ggTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAATta > 2:1724613/1‑100 (MQ=255) 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ggTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAATTAGTAGGCCGGATAAGACGCGTCAAgcatcg < 1:493060/100‑1 (MQ=255) gTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGAGGGATTAGTAGGCCGGATAAGACGCGTCAGgcggcat > 2:509884/1‑95 (MQ=25) tGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAATTAGTAGGCCGGATAAGACGCGTCAAgcatcgca > 1:2067570/1‑100 (MQ=255) tGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAATTAGTAGGCCGGATAAGACGCGTCAAgcatcgca < 1:1287954/100‑1 (MQ=255) gATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAATTAGTAGGCCGGATAAGACGCGTCAAgcatcgcat < 2:642694/100‑1 (MQ=255) tttGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAATTAGTAGGCCGGATAAGACGCGTCAAGCATCGCATcc > 1:1378047/1‑100 (MQ=255) ttGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAATTAGTAGGCCGGATAAGACGCGTCAAGCATCGCATCCg > 1:1200619/1‑100 (MQ=255) tGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAATTAGTAGGCCGGATAAGACGCGTCAAGCATCGCATCCgg > 1:16391/1‑100 (MQ=255) gATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAATTAGTAGGCCGGATAAGACGCGTCAAGCATCGCATCCGGc < 1:2194570/100‑1 (MQ=255) gATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAATTAGTAGGCCGGATAAGACG‑GTCACGC‑‑CGCATCCGGCagt > 1:1395597/1‑98 (MQ=25) actgactgCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAATTAGTAGGCCGGATAAGACGCGTCAAGCATCGCATCCGGCATCAAc > 1:2235899/1‑100 (MQ=255) tgactgCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAATTAGTAGGCCGGATAAGACGCGTCAAGCATCGCATCCGGCATCAACCg < 1:464477/100‑1 (MQ=255) ctgCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAATTAGTAGGCCGGATAAGACGCGTCAAGCATCGCATCCGGCATCAACCGCAc > 1:1637301/1‑100 (MQ=255) ctgCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAATTAGTAGGCCGGATAAGACGCGTCAAGCATCGCATCCGGCATCAACCGCAc > 1:2154019/1‑100 (MQ=255) GCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAATTAGTAGGCCGGATAAGACGCGTCAAGCATCGCATCCGGCATCAACCGCActc > 2:2311258‑M1/1‑100 (MQ=255) GCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAATTAGTAGGCCGGATAAGACGCGTCAAGCATCGCATCCGGCATCAACCGCActc > 2:842886‑M1/1‑100 (MQ=255) | CGAGACCATCAAATCCTGGTCGATGCTGGAAACCATTATCTCGGTGTGCGGTCTGGTAGGCTGTCTGCTGCTGAATATGGTGATTTGATAACACTGACTGCCGGATGCG‑‑GCGTGAC‑CGCCTTATCCGGCCTACGATTCGGGATGAATTAGTAGGCCGGATAAGACGCGTCAAGCATCGCATCCGGCATCAACCGCACTC > NC_000913/3547788‑3547986 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |