| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 72136 = | NA (NA) | 9 (0.110) | 6/164 | NT | NA | noncoding (1/85 nt) | REP7 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP7 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 72169 = | NA (NA) | noncoding (34/85 nt) | REP7 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP7 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
GGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCC > NC_000913/72037‑72235 | ggtggCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTg > 2:1982141/1‑100 (MQ=255)aaggcgagtgcttcggcactattggggattacgggttagtatgcactgtcggatgcggcgtgaacgccttatccgacctacgggtagtgcgttttgtagg > 2:1630443‑M1/100‑100 (MQ=255) tggCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGcc > 2:246513/1‑100 (MQ=255) ggcgagtgcttcggcactattggggattacgggttagtatgcactgtcggatgcggcgtgaacgccttctccgacctacgggtagtccgttttgtagGcc > 1:1604698‑M1/98‑100 (MQ=255) ggcgagtgcttcggcactattggggattacgggttagtatgcactgtcggatgcggcgtgaacgccttatccgacctacgggtagtgcgttttgtagGcc < 1:730626‑M1/3‑1 (MQ=255) ggcgagtgcttcggcactattggggattacgggttagtatgcactgtcggatgcggcgtgaacgccttatccgacctacgggtagtgcgttttgtagGcc < 1:440497‑M1/3‑1 (MQ=255) ggcgagtgcttcggcactattggggattacgggttagtatgcactgtcggatgcggagtgaacgccttatccgacctacgggtagtgcgttttgtagGcc < 2:583724‑M1/3‑1 (MQ=255) taagacgcggcaagcgtcgcatcaggcatcggagcacttattgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacggttctggcaccttttgtagGcc > 1:1110203‑M1/97‑99 (MQ=255) gcgcTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTg < 1:1325022/100‑1 (MQ=255) cgagtgcttcggcactattggggattacgggttagtatgcactgtcggatgcggcgtgaacgccttatccgacctacgggtagtgcgttttgtagGCCTg > 1:611587‑M1/96‑100 (MQ=255) aagacgcggcaagcgtcgcatcaggcatcggagcacttattgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacggttctggcaccttttgtagGCCTg > 2:444873‑M1/96‑100 (MQ=255) gagtgcttcggcactattggggattacgggttagtatgcactgtcggatgcggcgtgaacgccttatccgacctacgggtagtgcgttttgtagGCCTGa < 1:446818‑M1/6‑1 (MQ=255) cgcTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGa < 1:1245802/100‑1 (MQ=255) cgcTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGGTGCCTGa < 1:1247519/100‑1 (MQ=255) gacgcggcaagcgtcgcatcaggcatcggagcacttattgctggatgcggagtgaccgccttatccggcctacggttctggcaccttttgtgggccttat < 2:777534‑M1/7‑4 (MQ=255) cTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATg < 1:1183039/100‑1 (MQ=255) cTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATg < 2:859426/100‑1 (MQ=255) cgcggcaagcgtcgcgtcaggcatcggagcacttattgccggatgcggcgtgaacgccttatccgggctacggttctggcaccttttgtagGCCTGAt > 2:631390‑M1/92‑98 (MQ=255) cgcggcaagcgtcgcatcaggcatcggagcacttattgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacggttctggcaccttttgtagGCCTg < 2:1290176‑M1/5‑1 (MQ=255) ggtggtGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCg < 1:2327412/100‑1 (MQ=255) tggtgTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGAc < 1:1218448/100‑1 (MQ=255) ggtgTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGGGTAACGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGc > 2:1978630/1‑96 (MQ=255) gcaagcgtcgcgtcatgcatcgtagcgcttattgccggatgcggcgtgaacgacgtatcgggcctacggttctggcaccttttgtagGCCTg > 2:2260064‑M1/88‑92 (MQ=255) gcaagcgtcgcatcaggcatcggagcacttattgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacggttctggcaccttttgtagGCCTg > 2:1122362‑M1/88‑92 (MQ=255) gtgtTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGc < 1:1541315/100‑1 (MQ=255) tgtTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCt > 1:1338762/1‑100 (MQ=255) tAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGc > 2:127758/1‑100 (MQ=255) aaTTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGcc < 1:2102836/100‑1 (MQ=255) aTTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCcg < 1:246515/100‑1 (MQ=255) ttCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCcgc > 2:1909588/1‑100 (MQ=255) tCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCcgcg < 2:2036049/100‑1 (MQ=255) tCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGAGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCcgcg > 2:1267789/1‑100 (MQ=255) cGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGt > 1:924923/1‑100 (MQ=255) ccACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCt > 2:960164/1‑100 (MQ=255) ccACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCt < 2:1786962/100‑1 (MQ=255) cACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTCGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCtt > 1:1700115/1‑100 (MQ=255) gattacgggttagtatgcactgtcggatgcggcgtgaacgccttatccgacctacgggtagtgcgttttgtagGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTa > 1:388334‑M1/74‑100 (MQ=255) cccGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTAt < 1:127759/100‑1 (MQ=255) cccGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTAt > 1:1601986/1‑100 (MQ=255) ccGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATc < 2:433848/100‑1 (MQ=255) tccgggttagtatgcactgtcggatgcggcgtgaacgccttatccgtcctacggggagtgcgttttgtagGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTatn > 1:950412‑M1/71‑98 (MQ=255) tacgggttagtatgtactgtcggctgcggtttgaacgccttatccgacctacgggtagtgcgttttgtagGCCTGATGCGCCGCTTGCCGCGTCTTATCa > 2:237802‑M1/71‑100 (MQ=255) cGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCa > 1:937865/1‑100 (MQ=255) cGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCa < 2:68122/100‑1 (MQ=255) cGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCa > 1:113406/1‑100 (MQ=255) gTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAg < 1:83409/100‑1 (MQ=255) gTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAg < 1:2349011/100‑1 (MQ=255) tcggagcacttattgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacggttctggcaccttttgtagGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAgg > 1:836240‑M1/69‑100 (MQ=255) tGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGc < 2:551146/100‑1 (MQ=255) cggagcacttattgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacggttctggcaccttttgtagGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGc > 1:40676‑M1/68‑100 (MQ=255) ggagcacttattgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacggttctggcaccttttgtagGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGcc > 1:172076‑M1/67‑100 (MQ=255) ggagcacttattgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacggttctggcaccttttgtagGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGcc > 2:1231974‑M1/67‑100 (MQ=255) gttagtatgcactgtcggatgcggcgtgaacgccttatccgacctacgggtagtgcgttttgtagGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCt > 1:1972086‑M1/66‑100 (MQ=255) gCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTAc < 1:743551/100‑1 (MQ=255) gtatgcactgtcggatgcggcgtgaacgccttatccgacctacgggtagtgcgttttgtagGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACaa > 1:156088‑M1/62‑100 (MQ=255) ggTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACaaa > 1:745571/1‑100 (MQ=255) gtgtATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACaa < 2:1123401/98‑1 (MQ=255) tataTCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGAGACGATTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGc > 2:2063632/1‑100 (MQ=255) atatCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCa < 1:1543174/100‑1 (MQ=255) tatCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGCTGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCa > 1:1495523/1‑99 (MQ=255) tatCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCAc > 2:2324739/1‑100 (MQ=255) atCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACt > 1:1811978/1‑100 (MQ=255) tCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTa > 1:1442442/1‑100 (MQ=255) cGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTAc > 2:446816/1‑100 (MQ=255) gATATTTTGCGTACAGTGGTTGGCGGTTAGGGGCTAGTCTTGTGCTGTTTGCCTGATGCGACGCCCGCCGCGTCGTATCAGGCCTACAAAAGGCACtgc > 2:1840531/1‑97 (MQ=18) gATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTAcc < 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2:712408/100‑1 (MQ=255) gtgCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCa > 2:1751233/1‑100 (MQ=255) cGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATAc < 1:247381/100‑1 (MQ=255) GCCTGATGCGTCGCTGGCCGCGTCTTATCAGGCGTACAAAGCGCACTGCCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAAcc > 2:1824572‑M1/1‑99 (MQ=255) GCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAAccc < 2:2163959‑M1/100‑1 (MQ=255) | GGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCC > NC_000913/72037‑72235 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |