| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4102697 = | NA (NA) | 7 (0.090) | 7/168 | NT | NA | noncoding (2/26 nt) | REP300 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP300 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 4102721 = | NA (NA) | noncoding (26/26 nt) | REP300 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP300 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
AAGTCAAAGCCAGAGCAGCGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCTATTGAGTTCCTGCCTGGATACTTACCGCGAAAACAGCACGCCTGACATAAAATAAATATGGTCTAATGGGGAAATTTCTCGTGGAGAGGGAACA > NC_000913/4102624‑4102820 | aaGTCAAAGCCAGAGCAGCGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGttt < 2:2317151/100‑1 (MQ=255)aaGTCAAAGCCAGAGCAGCGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGttt > 2:1141737/1‑100 (MQ=255) ttagaccatatttattttatgtcaggcgtgctgttttcgcggtaagtatccaggcaggaactcaatagcaaaCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTg > 1:2328123‑M1/73‑100 (MQ=255) aGTCAAAGCCAGAGCAGCGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTg > 1:1307224/1‑100 (MQ=255) gTCAAAGCGAGAGCGGCGAAGATCGAAATTTTAGGTACGGGGAAATAAACCTGCTTCCTTGAGCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGc < 2:952378/100‑1 (MQ=255) gTCAAAGCCAGAGCAGCGAAAATCGAACTTTTAGGTACGGTGAACTACACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGGAGGATGAACTAACGTTCTTCCGGttt > 2:1067934/1‑98 (MQ=255) gTCAAAGCCAGAGCAGCGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGc < 2:1829994/100‑1 (MQ=255) gTCAAAGCCAGAGCAGCGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGc > 1:329940/1‑100 (MQ=255) tCAAAGCCAGAGCAGCGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCt < 1:2181357/100‑1 (MQ=255) tCAAAGCCAGAGCAGCGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCt < 2:697093/100‑1 (MQ=255) agaccatatttattttatgtcaggcgtgctgttttcgcggtaagtatccaggcaggaactcaatagcaaaCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCt > 1:1412745‑M1/71‑100 (MQ=255) cAAAGCCAGAGCAGCGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCt > 2:442962/1‑99 (MQ=255) aaaGCCAGAGCAGCGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCTAt > 1:861846/1‑100 (MQ=255) aaaGCCAGAGCAGCGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCTAt > 2:1201165/1‑100 (MQ=255) catatttattttatgtcaggcgtgctgttttcgcggtaagtatccaggcaggaactcaatagcaaaCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCTATTg > 1:1549726‑M1/67‑100 (MQ=255) catatctattttatgtcacgcgtgctgttttagcggtaagtatccagtaaggaactcaatagcaacCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCTAt > 2:652557‑M1/67‑98 (MQ=255) aGCCAGAGCAGCGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCTATTg < 2:1154275/100‑1 (MQ=255) aGCCAGAGCAGCGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCTATTg < 1:424764/100‑1 (MQ=255) ccAGAGCAGCGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCTATTGAg > 1:1911566/1‑100 (MQ=255) ccAGAGCAGCGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCTATTGAg > 2:825884/1‑100 (MQ=255) tttattttatgtcaggcgtgctgttttcgcggtaagtatccaggcaggaactcaatagcaaaccggatgaactaacgttcgtccggTTTGCTATTGAGt < 1:742436‑M2/13‑1 (MQ=255) tttattttatgtcaggcgtgctgttttcgcggtaagtatccaggcaggaactcaatagcaaaCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCTATTGAGtt > 1:752027‑M1/63‑100 (MQ=255) gcGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAGCCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCTATTGAGTTcctgcc > 2:1577983/1‑100 (MQ=255) gcGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCTATTGAGTTcctgcc < 2:977593/100‑1 (MQ=255) gcGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCTATTGAGTTcctgcc < 1:2316159/100‑1 (MQ=255) gcGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCTATTGAGTTcctgcc < 1:595339/100‑1 (MQ=255) gAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCTATTGAGTTcctgcctg > 1:1496955/1‑100 (MQ=255) aaaaTCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTTCGGTTTGCTATTGAGTTCCTGCCTgg > 2:555712/1‑100 (MQ=255) aaaaTCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCTATTGAGTTCCTGCCTgg < 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2:283611/1‑99 (MQ=255) tccggTTTGCTATTGAGTTCCTGCCTGGATACTTACCGCGAAAACAGCACGCCTGACATAAAATAAATATGGTCTAATGGGGAAATTTCTCGTGGAGAgg > 1:723510‑M2/6‑100 (MQ=255) ccggTTTGCTATTGAGTTCCTGCCTGGATACTTACCGCGAAAACAGCACGCCTGACATAAAATAAATATGGTCTAATGGGGAAATTTCTCGTGGAGAggg < 2:2330328‑M2/96‑1 (MQ=255) gTTTGCTATTGAGTTCCTGCCTGGATACTTACCGCGAAAACAGCACGCCTGACATAAAATAAATATGGTCTAATGGGGAAATTTCTCGTGGAGAGGGAAc < 1:442701‑M2/99‑1 (MQ=255) tttGCTATGGAGTTCCTGCCTGGATACTTACCGCGAAAACAGCACGCCTGACATAAAATAAATATGGTCTAATGGGGAAATTTCTCGTGGAGAGGGAACa < 1:83028/100‑1 (MQ=255) | AAGTCAAAGCCAGAGCAGCGAAAATCGAAATTTTAGGTACGGTGAAATAAACCTGCTTCCTTAATCCCCACAGCCGGATGAACTAACGTTCGTCCGGTTTGCTATTGAGTTCCTGCCTGGATACTTACCGCGAAAACAGCACGCCTGACATAAAATAAATATGGTCTAATGGGGAAATTTCTCGTGGAGAGGGAACA > NC_000913/4102624‑4102820 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |