| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1954509 | NA (NA) | 5 (0.060) | 4/162 | NT | NA | noncoding (81/98 nt) | RIP139 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP139 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site |
| ? | NC_000913 | 4441401 = | NA (NA) | noncoding (9/98 nt) | RIP335 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | RIP335 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences and 1 IHF site | |||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GTGAACCGGCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGGTAAGTCGTTTACGCCGCATCAGGCATAGACAAAG > NC_000913/4441303‑4441500 | gTGAACCGGCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACg > 1:2355923/1‑100 (MQ=255)gTGAACCGGCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACg > 1:1126031/1‑100 (MQ=255) tGAACCGGCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGc < 2:1310589/100‑1 (MQ=255) ccGGCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATg > 2:1642194/1‑100 (MQ=255) ccGGCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATg > 2:468148/1‑100 (MQ=255) cGGCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGc < 1:1003739/100‑1 (MQ=255) ggCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGcc < 2:145326/100‑1 (MQ=255) cATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGa > 1:2015226/1‑100 (MQ=255) ttcatgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacaagatcgtgcaaattcaatatattgcatgagccacgtaggcctgatgcgctacgcttatca < 1:220542‑M2/14‑10 (MQ=255) ttactgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacaaaaccttgctaattcaatatattgcagggactatgtaggcctgatgCGCTATGCTTATCa < 2:1801042‑M2/14‑1 (MQ=255) ttCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGTCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCa < 2:550630/99‑1 (MQ=255) catgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacaagatcgtgcaaattcaatatattgcatgagccacgtaggcctgatgCGCTACGCTTATCAgg < 2:1239818‑M2/16‑1 (MQ=255) actgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacaaaaccttgctaattcaatatattgcagggactatgtaggcctgatgCGCTATGCTTATCAgg < 1:86288‑M2/16‑1 (MQ=255) ctgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacaaaaccttgctaattcaatatattgcagggactatgtaggcctgatgCGCTATGCTTATCAGGc < 2:1921745‑M2/17‑1 (MQ=255) atgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacaagatcgtgcaaattcaatatattgcatgagctacgtaggcctgatgCGCTACGCTTATCAGGc < 2:885339‑M2/17‑1 (MQ=255) tgcctgatgcggcgtaaacgacttaccaggcctacaaaatcgtccaaattcaatatattgcaaggactgcgtagGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGcc > 1:1794435‑M1/75‑100 (MQ=255) tgccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacaagatcgtgcaaattcaatatattgcatgagccacgtaggcctgatgCGCTACGCTTATCAGGcc < 2:332911‑M2/18‑1 (MQ=255) aGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGcc < 1:194965/100‑1 (MQ=255) tGGCTAGTATCGCTTTTGGTACTGGAAAGCCGCGAGAGGATTAAAATTCATACAGCTGTAATATTCAAAACTGCCTGATACGCTATGCTTATCAGGCCTa > 2:1723314/1‑100 (MQ=19) tGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCGAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTa > 2:423834/1‑100 (MQ=255) tGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTa < 2:833329/100‑1 (MQ=255) cctgatgcggcgtaaacgacttaccaggcctacaaaatcgtccaaattcaatatattgcaaggactgcgtagGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTa > 2:415200‑M1/73‑100 (MQ=255) cctgatgcggcgtaaacgacttaccaggcctacaaaatcgtccaaattcaatatattgcaaggactgcgtagGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTa > 1:510818‑M1/73‑100 (MQ=255) cctgatgcggcgtaaacgacttaccaggcctacaaaatcgtccaaattcaatatattgcaaggactgcgtagGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTa > 1:1351691‑M1/73‑100 (MQ=255) cctgatgcggcgtaaacgacttaccaggcctacaaaatcgtccaaattcaatatattgcaaggactgcgtagGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTa > 1:1121192‑M1/73‑100 (MQ=255) ccggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacaaaaccttgctaattcaatatattgcagggactatgtaggcctgatgCGCTATGCTTATCAGGCCTa < 2:419234‑M2/20‑1 (MQ=255) ggCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTAc > 2:1972549/1‑100 (MQ=255) ggCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTAc < 1:1151177/100‑1 (MQ=255) cggatgcggcgtgaacgccttatccggcctacaagatcgtgcaaattcaatatattgcatgagccacgtaggcctgatgCGCTACGCTTATCAGGCCTAc < 1:1229879‑M2/21‑1 (MQ=255) gatgcggcgtgaacgccttatccggcctacaaaaccttgctaattcaatatattgcagggactatgtaggcctgatgCGCTATGCTTATCAGGCCtacat < 1:62995‑M2/23‑3 (MQ=255) cTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGc > 1:1691328/1‑100 (MQ=255) cTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGc > 1:884884/1‑100 (MQ=255) cTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGc < 1:1357158/100‑1 (MQ=255) tAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCa > 1:67429/1‑100 (MQ=255) agtatgaggTAGGGTACTGTGACGCCGCCATGTGGTCAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACTCTATGCCGATCAGGCCTACGc < 2:2074449/90‑1 (MQ=25) aGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAg > 2:645553/1‑100 (MQ=255) aGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAg < 2:672917/100‑1 (MQ=255) tataGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTc > 2:1340287/1‑100 (MQ=255) ggcgtaaacgacttaccaggcctacaaaatcgtccaaattcaatatattgcaaggactgcgtagGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTcc > 1:1114872‑M1/65‑100 (MQ=255) taGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCt < 1:1561844/100‑1 (MQ=255) aGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCtt > 1:2202158/1‑100 (MQ=255) gCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTg < 2:153542/100‑1 (MQ=255) gCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTg > 1:331312/1‑100 (MQ=255) taaacgacttaccaggcctacaaaatcgtccaaattcaatatattgcaaggactgcgtagGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGc > 1:1943893‑M1/61‑100 (MQ=255) cggaaGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAAGGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGc < 2:1131196/97‑1 (MQ=255) cGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCGGGCCTACGCAGTCCTTGc < 1:689657/100‑1 (MQ=255) gTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGc > 2:425633/1‑99 (MQ=255) gTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCa < 2:994884/100‑1 (MQ=255) aaGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAat > 2:1264399/1‑100 (MQ=255) aGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGTAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAata < 2:1084898/100‑1 (MQ=255) tACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATAAGGCCTACGAAGTCCTTGCAatctct > 2:930696/1‑96 (MQ=255) aCTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAAGTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATAtt < 1:259846/100‑1 (MQ=255) cTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTg > 1:97635/1‑100 (MQ=255) tGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGa < 2:2074094/100‑1 (MQ=255) tGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGAAAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGa > 1:607227/1‑100 (MQ=255) gTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGaa > 2:760427/1‑100 (MQ=255) gTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTAGCAATATATTGa > 2:2280807/1‑99 (MQ=255) aaGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAAttt < 1:1264008/100‑1 (MQ=255) aaGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAAttt < 1:837851/100‑1 (MQ=255) aGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTg < 2:1305770/100‑1 (MQ=255) gccgccAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTgg > 1:1987934/1‑100 (MQ=255) gccgccAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTg < 2:625737/99‑1 (MQ=255) cgccAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCCGTCCTTGCAATATATTGAATTTgg < 2:442355/98‑1 (MQ=255) cgccAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGAc < 2:1686017/100‑1 (MQ=255) gccAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACg > 1:1726666/1‑100 (MQ=255) gccAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACg > 1:847251/1‑100 (MQ=255) gccAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACg > 2:495807/1‑100 (MQ=255) cAGACGCTTAAAATTCATACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCTGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACg < 2:2344274/98‑1 (MQ=37) gggTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGAtttt < 2:2047094/99‑1 (MQ=255) gggTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTg < 1:1586379/100‑1 (MQ=255) gggTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTg > 1:1738676/1‑100 (MQ=255) gTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCTAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGACTACGCAGTCCTTGCAATAGATTGAATTTGGACGATTTTGTa > 2:760617/1‑100 (MQ=255) gTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTa < 2:1102643/100‑1 (MQ=255) 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aaCTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGTTAAGTCGTTTACGCCGCATCAg < 2:146915/100‑1 (MQ=255) cTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGGTAAGTCGTTTACGCCGCATCAGGc < 1:1578625/100‑1 (MQ=255) tGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGGTAAGTCGTTTACGCCGCATCAGGCa < 1:576864/100‑1 (MQ=255) tGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGGTAAGTCGTTTACGCCGCATCAGGCa < 1:1771899/100‑1 (MQ=255) cctgataCGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGGTAAGTCGTTTACGCCGCATCAGGCATa < 2:1691315‑M2/93‑1 (MQ=255) cctgataCGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTCTCAATATATGGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGGTAAGTCGTTTACGCCGCATCAGGCATa < 2:267588‑M2/93‑1 (MQ=255) ctgataCGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGGTAAGTCGTTTACGCTGCATCAGGCa > 2:511667‑M2/7‑97 (MQ=255) ctgataCGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGGTAAGTCGTTTACGCCGCATCAGGCATAg > 2:1743405‑M2/7‑100 (MQ=255) tgataCGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGGTAAGTCGTTTACGCCGCATCAGGCATAGa < 2:452269‑M2/95‑1 (MQ=255) tgataCGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGGTAAGTCGTTTACGCCGCATCAGGCATAGa > 1:1505496‑M2/6‑100 (MQ=255) taCGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGGTAAGTCGTTTACGCCGCATCAGGCATAGACaa < 1:537304‑M2/98‑1 (MQ=255) cGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGGTAAGTCGTTTACGCCGCATCAGGCATAGACAAag < 2:149897/100‑1 (MQ=255) | GTGAACCGGCATTTTCAGTGGCTAGTATAGCGTAAGGTACTGTAAAGCCGCCAGAGGGTTAAAATTCAGACAGCTGAAAAATGCAAAACTGCCTGATACGCTATGCCGATCAGGCCTACGCAGTCCTTGCAATATATTGAATTTGGACGATTTTGTAGGCCTGGTAAGTCGTTTACGCCGCATCAGGCATAGACAAAG > NC_000913/4441303‑4441500 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |