| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 481,228 | C→A | 17.9% | intergenic (‑520/+26) | tomB ← / ← acrB | Hha toxicity attenuator; conjugation‑related protein/multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 481,228 | 0 | C | A | 17.9% | 328.2 / 53.9 | 121 | intergenic (‑520/+26) | tomB/acrB | Hha toxicity attenuator; conjugation‑related protein/multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/54); new base A (18/4); total (63/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
TTATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGACAGTATGGCTGTGCTCGATATCTTCATTCTTGCGGCTAAAGCGGCGGCGAACCACCACAA > NC_000913/481132‑481327 | ttATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTAcgcg > 2:1423058/1‑100 (MQ=255)ttATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTAcgcg < 2:404294/100‑1 (MQ=255)ttATCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTAcgcg > 1:2192381/1‑100 (MQ=255) aTCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGc < 2:400815/100‑1 (MQ=255) aTCCGTGGTTAATACTGGTTTTCGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTGCAATTACGCCTTAATGTTCTTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGc > 1:1036146/1‑100 (MQ=255) cGTGGTTAATACTGGATTTCGTATGAGATCCTGAGCCGGAGGTTCAACTACTCCCTAATGATAGCAAGTTATGCATAAAAAAGCCAGCTTACGCGGCCtt > 2:245320/1‑100 (MQ=255) 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2:289044/100‑1 (MQ=255) cGTATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATc < 1:1842289/100‑1 (MQ=255) tATGAGATCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCaa > 1:2306/1‑100 (MQ=255) agaTCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAatgat > 2:1211861/1‑100 (MQ=255) tCCTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATgatgat > 2:937473/1‑100 (MQ=255) cTGAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCg > 2:214309/1‑100 (MQ=255) gAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATc < 2:913890/97‑1 (MQ=255) gAGTTGGTGGTTCAATTACTCCTTAATGTTCGTAGGTTATGCATAAAAAAGGCCGCTTACGCGGCCTTAGTGATTACACGTTGTATCAATGATGATCGAc < 2:2256681/100‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |