| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,481,904 | (A)8→7 | coding (273/1539 nt) | emrY ← | putative multidrug efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,481,897 | 0 | A | . | 95.5% | 470.0 / 13.5 | 112 | coding (280/1539 nt) | emrY | putative multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/4); new base . (56/51); total (57/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
CAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAA > NC_000913/2481799‑2481992 | cAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGaa > 2:1919182/1‑100 (MQ=255) aGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGaaa < 1:2671872/100‑1 (MQ=255) ggggAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGaaaa < 1:530521/98‑1 (MQ=255) gTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGaaaa > 1:1436533/1‑100 (MQ=255) tGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGaaaaa > 2:2723080/1‑100 (MQ=255) aaTTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGaaaaaaag < 2:1108180/100‑2 (MQ=255) aaTTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGAAAAAGaaaaaaag < 2:3277898/100‑2 (MQ=255) aaTTAACGCCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGaaaaaaa < 2:3046858/99‑1 (MQ=255) tAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGaaaaaaagtga > 1:2279353/1‑96 (MQ=255) tAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGaaaaaaagtg > 1:893205/1‑96 (MQ=255) aaCGGCCCCGGCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTAGACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGAc < 2:2205509/100‑1 (MQ=255) cGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACt > 1:2477511/1‑99 (MQ=255) gCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGaa < 1:194806/100‑1 (MQ=255) cccGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAg > 1:2052372/1‑100 (MQ=255) ccGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGt < 2:2564621/100‑1 (MQ=255) aTTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTaaaaa < 1:2858313/100‑1 (MQ=255) ttAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAaat > 1:2635042/1‑100 (MQ=255) ttAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAaat > 2:3231181/1‑100 (MQ=255) aCCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAaataat < 1:2634326/100‑1 (MQ=255) aCCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAaataat > 1:2400411/1‑100 (MQ=255) ccccTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATc > 1:1628226/1‑100 (MQ=255) ccccTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATc < 1:1461771/100‑1 (MQ=255) cccTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCt > 1:695465/1‑100 (MQ=255) cccTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCt > 1:2062995/1‑100 (MQ=255) cTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTa < 1:838188/100‑1 (MQ=255) tGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTaa > 2:2310097/1‑100 (MQ=255) tGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTaa < 2:2973819/100‑1 (MQ=255) tGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACAGAAAGTAAAAATAATCTTaa > 2:1487033/1‑100 (MQ=255) 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2:3258482/1‑100 (MQ=255) ctctAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCt > 1:1735258/1‑100 (MQ=255) tctAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTa < 1:2022257/100‑1 (MQ=255) ctAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTAt > 1:671052/1‑100 (MQ=255) tAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAGGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTAtt > 1:949521/1‑100 (MQ=255) tAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTAtt > 1:2233705/1‑100 (MQ=255) tAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTAtt > 1:912545/1‑100 (MQ=255) tAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTAtt > 1:1910068/1‑100 (MQ=255) 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> 2:1751444/1‑100 (MQ=255) aTCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGc > 1:1338518/1‑100 (MQ=255) tCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGcc < 2:1980149/100‑1 (MQ=255) tCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGcc < 1:3227460/100‑1 (MQ=255) tCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCG‑AAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGcc < 1:1295673/100‑1 (MQ=255) cAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGcc < 1:1252951/100‑1 (MQ=255) cAAGATTGGTCGATAGGCTACAAAAAAA‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGcc < 2:3287616/99‑1 (MQ=255) acgATTGGTCGCTAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAGCAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCTTATTCTTTGTGCCAATCTGcc > 2:1506424/3‑99 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |